(CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAO(COPY NUMBER VARIATIONS) CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM

CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAOCOPY NUMBER VARIATIONS CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM Ths BS.. Nội dung trình bày• CNV là gì và ứng dụng phát hiện CNV trong lâm sà

(CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAO

(COPY NUMBER VARIATIONS)

CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM

Ths BS Tăng Hùng Sang và Cộng Sự

Viện Di Truyền Y Học _Genesolutions

Nội dung trình bày

• CNV là gì và ứng dụng phát hiện CNV trong lâm sàng

• Phương pháp phát hiện CNV từ NGS (CNV-seq)

• Tỷ lệ và phổ di truyền chẩn đoán của CNV-seq trên 5008

ca thai

Nguyên nhân bất thường bẩm sinh

7-8%

6-7%

55% nguyên nhân do bất thường di truyền

THOMPSON & THOMPSON GENETICS IN MEDICINE 8 th

condition, 2016

Mục tiêu của sàng lọc và chẩn đoán trước sinh là cung cấp thông tin cho phụ nữ mang thai và các cặp vợ chồng về nguy cơ sinh con bị dị tật hoặc bất thường di truyền và với đầy đủ những lựa chọn về cách quản lý rủi ro

TÍNH HỮU DỤNG LÂM SÀNG CỦA CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH

• Chấm dứt thai kỳ vs tiếp tục thai kỳ

• Quản lý trước sinh và chu sinh

• Tư vấn nguy cơ tái phát

• Các phương án quản lý/chăm sóc sức khoẻ sinh sản

ACMG CONFERENCE 2023

Copy number variation - CNV

Là biến thể số lượng bản sao có kích thước ≥ 1 kilobase

​Copy​Number​Variation​(CNV)​–​National​Human​Genome​Research​Institute

Vi mất đoạn

Vi lặp đoạn

Vi lặp đoạn nhỏ Chuyển đoạn

CNV syndromes - diseases

22q11 deletion syndrome (Velocardiofacial / DiGeorge syndrome) 22:19022279-21098156 GRCh38 2.08 MbAngelman syndrome 15:22677345-28193120 GRCh38 5.52 MbCharcot-Marie-Tooth syndrome type 1A (CMT1A) 17:14194598-15567589 GRCh38 1.37 MbCri du Chat Syndrome (5p deletion) 5:10001-12533192 GRCh38 12.52 MbMiller-Dieker syndrome (MDS) 17:150208-2685615 GRCh38 2.54 MbPrader-Willi syndrome 15:22677345-28193120 GRCh38 5.52 MbRCAD (renal cysts and diabetes) 17:36459259-37856298 GRCh38 1.40 MbWilliams-Beuren Syndrome (WBS) 7:73330452-74728334 GRCh38 1.40 MbWolf-Hirschhorn Syndrome 4:1567470-2108509 GRCh38 541.04 kb

? Tất cả CNV đều gây bệnh

Liều lượng gen - Dosage sensitivity

Gene

Dosage sensitive genes

Triplosensitivity Haploinsufficiency

A - A

-AA A A

-Enough function in haploinsufficiency

So sánh các xét nghiệm phát hiện CNV

NGS cho ưu thế vượt trội

về độ chính xác cao, chi phí thấp, thời gian trả kết quả ngắn

Phân tích CMA/CNV có độ phân giải chẩn đoán gấp khoảng 100 lần so với karyotyping, giúp tăng tỷ lệ phát hiện các biến thể số lượng bản sao có ý nghĩa lâm sàng :

• 6% thai nhi có dị tật về cấu trúc

• 1,2%–1,7% trường hợp mang thai có cấu trúc bình thường được lấy mẫu để chẩn đoán khi thai phụ cao tuổi, sàng lọc dương tính hoặc thai phụ

Society for Maternal-Fetal Medicine "Committee Opinion No 682: Microarrays and next-generation sequencing technology: the use of advanced genetic diagnostic tools in obstetrics and

gynecology." Obstetrics and gynecology 128.6 (2016): e262-e268.

Levy, Brynn, et al "Chromosomal microarrays and next-generation sequencing for diagnosis of fetal

abnormalities." Human Reproductive and Prenatal Genetics Academic Press, 2023 767-787.

Hướng dẫn chuyên môn hiện nay

Hướng dẫn chuyên môn hiện nay

Chẩn đoán tiền sinh

SMFM-ACOG

• Bất thường cấu trúc thai nhi trên siêu âm trước khi sinh hoặc thai chết lưu

- CNV thay thế karyotype thông thường

SOGC & CCMG

• CNV nên được chỉ định khi:

- Nhiều dị tật thai nhi được phát hiện hoặc

- NT ≥3,5 mm

https://www.obgproject.com/2017/11/30/use-microarrays-prenatal-postnatal-setting-current-professional-guidelines/

Phạm vi khảo sát phù hợp của CNV

Các bất thường CNV nên được khảo sát ở độ phân giải lớn hơn

400kb

South, S., Lee, C., Lamb, A. et al. ACMG Standards and Guidelines for constitutional

cytogenomic microarray analysis, including postnatal and prenatal applications: revision

2013. Genet Med 15, 901–909 (2013) https://doi.org/10.1038/gim.2013.129

Phân loại CNV

Lành tính

Chưa rõ chức năng Gây bệnh

Quy trình đánh giá CNV

1 So sánh với các hội chứng được biết

ghi nhận trong y văn

2 ACMG / CNV guidelines

3 So sánh với hệ thống dữ liệu ghi nhận các CNV tương tự

CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH CÁC BIẾN THỂ SỐ LƯỢNG BẢN SAO

(COPY NUMBER VARIATIONS) CHO ĐOÀN HỆ 5.008 THAI KỲ VIỆT NAM

https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-2410361/v1

1 National Hospital of Obstetrics and Gynecology, Ha Noi, Vietnam 2 Gene Solutions, Ho Chi Minh, Vietnam 3 Medical Genetics Institutes, Ho Chi Minh, Vietnam 4 Hanoi Obstetrics and Gynecology, Ha Noi, Vietnam

5 Tu Du Hospital, Ho Chi Minh, Vietnam 6 Hung Vuong Hospital, Vietnam 7 University Medical Center, Ho Chi Minh, Vietnam 8 University of Medicine and Pharmacy, Hue University, Hue, Vietnam

9 Hanoi Medical University, Ha Noi, Vietnam 10 Vinmec Hospital, Ha Noi, Vietnam 11 University of Medicine and Pharmacy at Ho Chi Minh City, Vietnam

MỤC TIÊU

Khảo sát tỷ lệ và đặc điểm của CNV bất thường trong 5008 mẫu sinh phẩm thai nhi thai phụ Việt Nam được chỉ định làm xét nghiệm chẩn đoán trước sinh xâm lấn.

PHƯƠNG PHÁP

 Nghiên cứu mô tả cắt ngang-hồi cứu, đa trung tâm

 Thời gian chọn mẫu: 10/2018 – 5/2021

 Đối tượng: tất cả cả thai phụ phát hiện có bất thường hình thái thai nhi trên siêu âm trước sinh (quý 1-2-3) thai kỳ, được tư vấn di truyền và đồng ý tiến hành chẩn đoán trước sinh bằng xét nghiệm CVNseq

TỔNG QUAN

MÔ GAI NHAU/ ỐI/ MÔ THAI SẨY

QC thư viện

Rehm et al ACMG clinical laboratory standards for NGS Genet Med., 2013

Roy et al Standards and guidelines for Validating NGS Bioinformatics pipelines AMG-CAP, 2018

QUY TRÌNH ỨNG DỤNG: GIẢI TRÌNH TỰ

Xác định biến thểgây bệnh

QC dữ liệu

Bất thường lệch bội NSTBất thường vi mất/lặp đoạn NST

Submitted manuscript All rights reserved

Submitted manuscript All rights reserved

Tỷ lệ bất thường cấu trúc NST : 4.6% (231):

4.6% (231) có vi mất đoạn/vi lặp đoạn được phân lớp gây bệnh/có thể gây bệnh

Ba hội chứng vi mất/lặp đoạn thường gặp nhất:

• 22q11 deletion syndrome (/ DiGreoge syndrome)

• Cri du Chat Syndrome (5p deletion)

• Angelman syndrome/Prader-Willi syndrome

KẾT QUẢ - BÀN LUẬN

22q11 deletion syndrome (DiGreoge syndrome)

27 11.69 Cri du Chat Syndrome (5p deletion)

14 6.06 Angelman syndrome/Prader-Willi syndrome

12 5.19 16p13.11 recurrent microduplication

7 3.03 22q11 duplication syndrome

7 3.03 Wolf-Hirschhorn Syndrome

7 3.03 16p11.2-p12.2 microdeletion syndrome

4 1.73 16p13.11 recurrent microdeletion

4 1.73 3q29 microduplication syndrome

22q11.2 distal deletion syndrome

2 0.87 15q26 overgrowth syndrome

2 0.87 Smith-Magenis Syndrome

2 0.87 3q29 microdeletion syndrome

2 0.87 8p23.1 duplication syndrome

2 0.87 Hereditary Liability to Pressure Palsies (HNPP)

2 0.87 8p23.1 deletion syndrome

2 0.87 Williams-Beuren Syndrome (WBS)

2 0.87 16p11.2 microduplication syndrome

2 0.87 1q21.1 recurrent microduplication

2 0.87 Others

109 47.19

KẾT QUẢ - BÀN LUẬN

Các bất thường cấu trúc và soft-maker được phát hiện bằng siêu âm có tương quan với bất thường CNV ( p < 0.01)

 Tăng độ mờ da gáy : Odd ratio 1,43

 Đa dị tật: : Odd ratio 1,61

 Nhiều bất thường soft-makers : Odd ratio 1,43

 Dị tật sọ mặt: : Odd ratio 0,55

 Giãn não thất: : Odd ratio 0,34

 Thai chậm tăng trưởng trong tử cung : Odd ratio 0,45

BẤT THƯỜNG NHỎ (SOFT MARKERS)

Thai chậm tăng trưởng 481

Bất thường nước ối 61

Bất thường bánh nhau 17

Bất thường dây rốn 18

Sẩy thai/thai lưu 29

Submitted manuscript All rights reserved

MỐI THƯƠNG QUAN GIỮA CNV VÀ TUỔI MẸ

Không phát hiện tương quan giữa tuổi mẹ và các bất

thường CNV (mất – lặp đoạn)

KẾT QUẢ - BÀN LUẬN

KẾT LUẬN

chẩn đoán trước sinh

truyền để hiểu rõ tác động của CNV lên thai kỳ

giúp chẩn đoán trước sinh toàn diện các bất thường di truyền