Bài giảng công nghệ ADN trong xét nghiệm huyết thống ở người việt

Bài giảng công nghệ ADN trong xét nghiệm huyết thống ở người việt

HỘI THẢO AMVI SẢN XUẤT ADN/ARN VÀ CÁC ỨNG DỤNG

Viện VSV & CNSH, ĐHQG Hà Nội

CÁC LOCUT ĐA HÌNH

VÀ ỨNG DỤNG

LOCUT D1S80

(115 nu.) (14 nu.) (16 nu.) (32 nu.)

Một số đoạn lặp của alen 18 :

1) TCAGC CCA -A GG -AA G

Commonly used STR kits

for analysis

D3S1358, TH01, D21S11, D18S51, Penta E, D5S818, D13S317, D7S820, D16S539,

CSF1PO, PentaD, Amelogenin, VWA, D8S1179, TPOX, FGA

B, G, Y

16 lociPromega

3 PowerPlex

D3S1358, VWA, D16S539, D2S1338 Amelogenin, D8S1179, D21S11, D18S51

D9S433, TH01, FGA

B, G, Y

11 lociABI

2 SGM Plus

D3S1358, VWA, FGA Amelogenin, D8S1179, D21S11, D18S51

D5S818, D13S317, D7S820

B, G, Y

10 lociABI

GIÁ TRỊ THỰC TIỄN

1/29 = 1/29 1/29 x 1/14 = 1/406 1/29 x 1/14 x 1/15 = 1/6090 1/29 x 1/14 x 1/15 x 1/27 = 1/164 430

GENETIC ANALYZERS

Đang dùng ở

TT ADN

Chứng minh thư ADN của mẹ

Hơn 500 chứng minh

thư ADN với 16 locut gen

đã được tạo ra tại Trung

tâm phân tích ADN và

Chứng minh thư ADN của con

Chứng minh thư ADN của bố

KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU

Tần số alen của 23 lôcut đa hình

ở người Việt Nam

Lê Đình Lương, Nguyễn Xuân Hùng Trung Tâm Công nghệ Sinh học, Đại học Quốc gia Hà Nội

MỞ ĐẦU

Các lôcut đa hình mang các đoạn ADN lặp lại trong hệ gen ở động vật nóichung và ở người nói riêng được sử dụng rộng rãi trong việc xác định đặctrưng cá thể nhằm đáp ứng hàng loạt nhu cầu của thực tiễn xã hội và sảnxuất như chọn cặp lai theo các tiêu chuẩn mong muốn, xác định quan hệhuyết thống ở người và động vật, trong đó có quan hệ cha mẹ - con cái,quan hệ họ hàng nói chung, xác lập cây phả hệ Những vấn đề của khoahọc hình sự, lập chứng minh thư ADN, truy tìm thủ phạm v.v cũng đượcxác đinh nhanh chóng và chính xác nhờ những locut đa hình và các đoạnADN mang các đoạn lặp nhiều lần trong hệ gen người (9) Tần số alen của

23 locut đa hình được trình bầy trong báo cáo này đã và đang được sửdụng trong thực tế xét nghiệm tại Trung tâm phân tích ADN và Công nghệ di

truyền từ nhiều năm nay

Kỷ yếu Hội nghị Khoa học toàn quốc "Công nghệ sinh học trong nghiên

Lê Đình Lương, Nguyễn Xuân Hùng, Phạm Văn Long, Đào Thị Hồng Chiêm

Viện VSV và CNSH, Đại học Quốc gia Hà Nội Trung tâm Phân tích ADN và Công nghệ di truyền

MỞ ĐẦU

Trong hàng loạt các bài báo trước đây (10, 11, 12 và 13) chúng tôi đãcông bố tần số alen của nhiều lôcut đa hình ở người Việt Nam Trong bàinày, chúng tôi công bố tiếp các dữ liệu liên quan đến 18 lôcut đa hình mớikhảo sát ở người Việt Nam, bao gồm các lôcut trên nhiễm sắc thể thường

và trên các nhiễm sắc thể giới tính

Di truyền học và ứng dụng Số 3-4/2007

TẦN SỐ ALEN CỦA 18 LÔCUT

ĐA HÌNH Ở NGƯỜI VIỆT NAM

Tần số alen các locut trên NST thường

2,45 173

16,0 288

0,45 801

41

6,95 169

20,0 284

0,85 128

0,12

~1150 B

0,04 785

40

8,99 165

22,0 280

4,24 124

2,26

~1100 A

0,25 769

39

18,40 161

25,0 276

15,25 120

2,26 1003

58 0,49

753

38

27,20 157

12,0 272

11,44 116

1,61 957

55 737

37

14,72 153

2,0 268

2,54 112

1,07 927

53 0,20

721

36

14,93 149

264 0,85

108 1,43

897 51

0,08 705

35

5,52 145

260 104

2,03 867

49 0,20

689

34

0,82 141

3,0 256

2,54 100

4,11 837

47 0,08

673

33

D16S539 (489 mẫu, DHT: 68%)

252 12,71

96 18,77

807 45

0,66 657

32

1,45 169

248 29.66

92 26,82

777 43

0,74 641

31

6,54 165

244 19,92

88 13,11

762 42

1,15 625

30

12,97 161

10,61 747

41 3,99

609

29

22,41 157

D8S306 (50 mẫu, DHT: 46%)

CD4 (118 mẫu, DHT: 51% )

6,08 717

39 2,22

593

28

25,00 153

0,19 1080

B14 3,52

687 37

4,52 577

27

17,12 149

1020 0,19

1010 B13

0,06 687

37.1 7,52

561

26

8,09 145

0,10 970

1,13 940

B12 1,55

672 36

11,05 545

25

1,45 141

0,30 920

1,46 870

B11 0,06

653 35.3

12,86 529

24

3,11 137

3,66 870

3,10 800

B10 3,07

657 35.2

8,63 513

23

1,87 133

7,62 820

5,16 730

B9 0,06

655 35.1

12,00 497

22

D5S818 (482 mẫu, DHT: 69%)

2,77 770

8,73 660

B8 0,42

627 33

9,20 481

21

0,33 207

1,29 720

8,080 590

B7 0,24

597 31

4,23 465

20

2,17 203

2,28 670

12,54 520

B6 0,06

567 29

1,97 449

19

14,11 199

5,45 620

11,13 450

B5 0,06

537 27

9,00 433

18

22,72 195

8,22 570

14,60 380

B4 0,06

522 26

5,18 417

17

17,61 191

2,97 520

9,86 310

B3 0,06

507 25

1,93 401

16

19,11 187

54,85 470

7,51 240

B2 0,06

477 23

0,29 385

15

23,94 183

10,50 420

16,34 170

B1 0,06

447 21

0,29 369

14

Tần số(%) Độdài (bp)

Tần số(%) Độdài (bp)

Tần số(%) Độdài (bp)

Alen Tần số(%)

Độdài (bp) Alen

Tần số(%) Độdài (bp)

Alen

HUMTHO1 (900 m ẫu, DHT: 66%))

IgJh (505 mẫu, DHT: 53%)

YNZ22 (1065 mẫu, DHT: 86% )

ApoB (839 mẫu, DHT: 66% ) D1S80

(1217 mẫu, DHT: 85%)

Tần số alen của locut ApoB

0,12

~1150 B

27

2,26

~1100 A

26

2,26 1003

58 25

1,61 0,30

957 55

24

1,07 927

53 23

1,43

1,40 897

51 22

2,03

1,60 867

49 21

4,11 10,0

6,00 837

47 20

18,77

2,50 807

45 19

26,82

2,50 777

43 18

13,11 762

42 17

10,61

1,10 747

41 16

6,08

5,70 717

39 15

3,52 42,8

25,1 687

37 14

0,06 42,8

25,1 687

37 mut 13

1,55 0,30

672

36 * 12

0,06 20,4

24,5 653

35 2 11

3,07 20,4

24,5 657

35 1 10

0,06 20,4

24,5 655

35 B 9

0,42

9,00 627

33 8

0,24

16,1 597

31 7

0,06

1,90 567

29 6

0,06 0,80

537

27 * 5

0,06 522

26 4

0,06 0,30

507

25 * 3

0,06 0,50

477

23 * 2

0,06 0,50

447

21 * 1

Việt Nam Caucasian

Arab

Tần số (%) Kích thước

(bp) Alen

STT

Tần số alen các locut trên NST Y

0,60 0,30

7,85 12,69

9,97 5,44

3,02 1,51

0,91 Tần số(%)

324 308

304 300

296 292

288 284

283 282

281

Đ ộdài (bp)

28 24

23 22

21 20

19 18

17.3 17.2

17 Alen

DYS385a/b (331 mẫu) - B

3,93 9,97

13,60 4,53

10,57 9,37

3,02 1,81

0,91

T ần số(%)

280 277

273 269

265 261

257 253

249 245

241 Độdài (bp)

16.3 16

15 14

13 12

11 10

9 8

7 Alen

DYS385a/b (331 mẫu) - A

2, 25 2,25

13,48 33,71

26,97 12,36

6,75 2,25

T ần số(%)

17 3 168

163 158

153 148

143 138

133

Đ ộdài (bp)

14 13

12 11

10 9

8 7

6 Alen

DYS438 (89 mẫu)

7,27 4,54

5,45 7,27

1,82

67,27

6,36 Tần số(%)

315 309

309 303

297

291

285 279

Độdài (bp)

26 25'

25 24

23

22

21 20

Alen

DYS448 (110 mẫu)

35,57 36.66

21,04 4,77

1,95

T ần số(%)

131 127

123 119

115

Đ ộdài (bp)

15 14

13 12

11 Alen

DYS393 (461 mẫu)

16.06 37,70

26,23 6,56

6,56 5,57

0,65 0.65

Tần số(%)

227 223

219 215

211 207

203 199

195 191

Đ ộdài (bp)

27 26

25 24

23 22

21 20

19 18

Alen

DYS390 (305 mẫu)

28,54 18,07

19,51 16,43

7,60 2,67

3,90 1,85

1.44

T ần số(%)

387 383

379 375

371 367

363 359

355 Độdài (bp)

34 33

32 31

30 29

28 27

26 Alen

DYS389-II (487 mẫu)

41,31 29,65

18.81 8,18

1.23 0,41

0,41 Tần số(%)

263 259

255 251

247 243

239

Đ ộdài (bp)

16 15

14 13

12 11

10 Alen

DYS389-I (489 mẫu)

336 18

50,77 53,66

50,00 332

17

32,64 26,83

34,20 328

16

18,75 3,85

19,60 161

17.2

4,14 7,30

3,29 324

15 11,72

15,38 12,75

159 17

2,07 2,44

1,97 320

14 7,80

7,70 8,82

157 16.2

2,07 2,63

316 13

22,66 3,85

20,59 155

TRÊN NHIỄM SẮC THỂ X

312 12

3,12 30,77

2,94 153

15.2

308 11

23,44 3,85

22,55 151

15

304 10

5,47 26,92

4,90 147

14

0.52 2,44

300 9

3,12 7,70

2,94 143

13

7,77 7,30

7,89 296

8 3,90

3,85 4,90

139 12

STRX1 (nữ: 76, nam: 41) DXS9895 (nữ: 51, nam: 26)

3,52 3,77

3,45 252

53 37

3,96 3,77

4,02 249

52 10,20

11,11 10,00

132 12

36

6,60 11,32

5,17 246

51 20,40

33,33 17,50

128 11

35

11,89 15,09

10,92 243

50 34,69

33,33 35,00

124 10

324 34

12,77 15,09

12,07 240

49 18,37

11,11 20,00

120 9

321 33

15,86 9,43

17,82 237

48 14,28

11,11 15,00

116 8

318 32

10,57 5,66

12,07 234

47 112

7 315

31

3,96 3,77

4,02 231

46 2,04

2,50 108

6 312

30

9,25 3,77

10,92 228

45

GATA172D05 (nữ:20, nam:9)

309 29

15,86 18,88

14,94 225

44 12,26

5,26 14,20

233 32

306 28

7,93 5,66

8,62 222

43 14,94

15,79 14,70

227 30

1,26 1,62

303 27

2,64 2,35

219 42

11,49 15,79

10,30 224

29 6,75

7,55 6,52

300 26

3,08 3,77

2,87 216

41 22,99

26,31 22,05

221 28

24,05 24,53

23,91 297

25

207 38

14,18 12,28

14,70 218

27 20,25

18,80 20,65

294 24

DXS8377 (nữ: 87, nam: 53)

4,21 7,00

3,43 215

26 9,28

11,32 8,69

291 23

19,86 22,20

19,05 303

17

9,58 7,00

10,30 212

25 13,92

16,98 13,04

288 22

49,82 45,14

51,42 299

16

3,45 3,50

3,43 209

24 8,86

7,55 9,24

285 21

19,50 19,40

19,52 295

15

2,68 3,50

2,46 206

23 4,64

5,66 4,35

282 20

8,16 9,03

7,86 291

14 1,53

1,75 1,47

203 22

3,80 1,88

4,35 279

19

1,59 2,78

1,19 287

13 2,30

1,75 2,45

200 21

2,95 3,80

276 18

0,89 0,69

0,95 283

12 0,38

0,49 197

20 2,95

3,77 2,72

273 17

279 11

194 19

0,84 1,08

270 16

275 10

191 18

1,26 1,88

1,08 267

15

271 9

188 17

264 14

267 8

185 16

0,42 0,54

261 13

0,18 0,69

263 7

182 15

258 12

259 6

179 14

255 11

Nữ+ nam (%)

Nam, (%)

Nữ , (%) (bp)

Alen Nữ+

nam (%)

Nam, (%)

Nữ , (%) (bp)

Alen Nữ+

nam (%)

Nam, (%)

Nữ , (%) (bp)

Alen

HPRTB (nữ: 210, nam: 144) DXS101 (nữ: 102, nam: 57)

HUM-ARA (nữ: 92, nam: 53)

For 9 loci on autosomes:

69% 68%

7/12 10/11

7/7 12/13

14/14 25/25

29/29

Detected alleles

482 489

150

118 900

505 1065

839 1217

Samples

D5S818 D16S539

D8S306 CD4

HUMTHO1 IgJh

YNZ22 ApoB

D1S80 Loci

For 7 loci on Y chromosome:

12,69 33,71

67,27 36,66

37,70%

28,54 41,31%

Highest frequency

18/22 8/9

7/8 5/5

8/10 9/9

7/7

Detected alleles

331 89

110 461

305 489

489

Samples

DYS385 DYS438

DYS448 DYS393

DYS390 DYS389-II

DYS389-I Loci

For 7 loci on X chromosome:

50,77% 22,66%

34,69%

15,86 49,82%

15,86%

24,05%

Highest frequency

7/12 9/9

6/7 13/14

7/12 12/18

14/24

Detected alleles

117

177 129

140 354

159 145

Samples

STRX1 DXS9895

GATA172 DXS8377

HPRTB DXS101

HUM-ARA Loci

Allelic Frequencies of 23 Polymorphic Loci

in Vietnamese Populations

Tần số alen của locut ApoB

LỰA CHỌN LOCUT CHO XÉT NGHIỆM ADN

4.9

2.94

4.9 22.55

2.94

20.59

8.82 12.75 19.6

Xin trân trọng Cám ơn !