tóm tắt la tv (triệu tuấn): Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.

Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống tu hài (Lutraria rhynchaena, Jonas 1844) theo hướng tăng trưởng.BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI TRIỆU ANH TUẤN NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ PHÂN TỬ PHỤC VỤ CHỌN GIỐNG TU HÀI (Lutraria rhynchaena Jonas, 1844) THEO HƯỚNG TĂNG TRƯỞNG CHUYÊN NGÀN.

BỘ GIÁO DỤC VÀ ĐÀO TẠO TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI

TRIỆU ANH TUẤN

NGHIÊN CỨU PHÁT TRIỂN CHỈ THỊ PHÂN TỬ

PHỤC VỤ CHỌN GIỐNG TU HÀI (Lutraria rhynchaena Jonas, 1844)

THEO HƯỚNG TĂNG TRƯỞNG

CHUYÊN NGÀNH DI TRUYỀN HỌC

MÃ SỐ: 9.42.01.21

TÓM TẮT LUẬN ÁN TIẾN SĨ SINH HỌC

Hà Nội – 2023

Công trình được hoàn thành tại:

TRƯỜNG ĐẠI HỌC SƯ PHẠM HÀ NỘI

Người hướng dẫn khoa học: 1 PGS TS Nguyễn Xuân Viết

2 PGS TS Thái Thanh Bình

Phản biện 1: PGS TS Nguyễn Đăng Tôn

Viện Nghiên cứu hệ gen – Viện Hàn lâm KH&CN Việt Nam

Phản biện 2: PGS TS Đặng Thị Lụa

Viện Nghiên cứu nuôi trồng Thủy sản I

Phản biện 3: PGS TS Nguyễn Quang Huy

Trường Đại học Khoa học Tự nhiên – Đại học Quốc Gia Hà Nội

Luận án sẽ được bảo vệ trước Hội đồng chấm luận án cấp Trường họp tại Trường Đại học Sư phạm Hà Nội vào hồi … giờ … ngày … tháng… năm 2023

Có thể tìm hiểu luận án tại thư viện: Thư viện Quốc Gia, Hà Nội

hoặc Thư viện Trường Đại học Sư phạm Hà Nội

MỞ ĐẦU

1 Tính cấp thiết của đề tài

Tu hài (Lutraria rhynchaena Jonas, 1844) là loài nhuyễn thể hai mảnh vỏ, ưa

Thắng, 2010) Tu hài chủ yếu lọc ăn mùn bã hữu cơ, tảo khuê và sinh vật phù du (Hà Đức Thắng, 2010)

Ở Việt Nam, tu hài phân bố tự nhiên cũng như được nuôi nhiều ở vùng biển thuộc tỉnh Quảng Ninh, Hải Phòng và tỉnh Khánh Hòa với tổng diện tích mặt nước nuôi tu hài đạt khoảng 1.000 ha, sản lượng nuôi đạt khoảng 2.621,6 tấn, thu nhập ước tính trên 200 tỷ đồng/ năm (Tổng cục Thủy sản, 2014) Thịt tu hài có giá trị dinh dưỡng cao, giàu đạm và khoáng chất, đặc biệt trong thịt tu hài có chứa nhiều axit amin không thay thế (Đỗ Đăng Khoa và cs, 2014)

Những năm gần đây, nhu cầu tiêu thụ tu hài ngày càng tăng, hiệu quả kinh tế mang lại từ nuôi tu hài lớn, nên diện tích nuôi trồng tu hài thương phẩm

đã tăng lên đáng kể, nhu cầu con giống chất lượng với số lượng lớn vì thế không ngừng tăng lên Theo báo cáo tổng cục thủy sản, ước tính mỗi năm thị trường nuôi tu hài thương phẩm cần khoảng 100 triệu con giống cấp I (Tổng cục Thủy sản, 2014) Trong khi đó, các chương trình chọn giống tiên tiến ở nước ta đối với nghề nuôi tu hài thương phẩm hiện vẫn chưa được áp dụng, việc sản xuất con giống theo phương pháp truyền thống vừa không cung cấp đủ nhu cầu con giống đạt chuẩn vừa gây ra hiện tượng thoái hóa giống do giao phối cận huyết trong khâu sản xuất con giống Tu hài nuôi biểu hiện tăng trưởng chậm hơn, không đồng đều và dễ bị nhiễm bệnh (Phòng NN&PTNT Vân Đồn, 2019)

Theo Quyết định 1664/QĐ-Tg ngày 04/10/2021 về chiến lược phát triển đối nuôi trồng thủy sản trên biển đến năm 2030 và tầm nhìn đến năm 2045, về nuôi biển nói chung và nuôi nhuyễn thể nói riêng, trong đó có tu hài là hướng tới phát triển sản xuất bền vững, hạn chế tối thiểu các tác động tiêu cực đến môi trường và hệ sinh thái biển (Chính Phủ, 2021) Để thực hiện được chiến lược này cần chú trọng khai thác và phát triển nguồn giống bản địa có ứng dụng các chương trình chọn giống khoa học để nâng cao tỷ lệ sống, tăng trưởng nhanh và

có khả năng chống chịu với các điều kiện môi trường

Chọn giống với sự hỗ trợ của chỉ thị phân tử đang ngày càng được chú trọng và những ứng dụng của chỉ thị phân tử trong chọn tạo giống nói chung và với nghề nuôi thủy sản nói riêng đã đạt được những thành tựu đáng tự hào (Gjedrem và cs, 2012) Với sự ra đời và ứng dụng kỹ thuật giải trình tự gene thế

hệ mới (NGS), nhiều hệ gene sinh vật nói chung, các loài thủy sản nói riêng đã được giải trình tự Khai thác trình tự hệ gene và hệ gene phiên mã (transcriptome), nhiều bộ chỉ thị phân tử đã được công bố đang là những công

cụ đáng tin cậy và hiệu quả đối với nhà chọn tạo giống trong việc nhanh chóng tạo ra những giống mới cũng như cải thiện di truyền của các giống hiện có (Hetzel và cs, 2000)

Trong số đó, chỉ thị đa hình nucleotide đơn (SNP) được xem là một trong những chỉ thị chính xác, hiệu quả và phổ biến nhất hiện nay được áp dụng trong chọn tạo giống liên quan đến năng suất và chất lượng (Liu, 2007) Với những thế mạnh vượt trội, chỉ thị SNP đang được sử dụng như một công cụ chọn lọc đắc lực đối với các tính trạng quan tâm trong các chương trình chọn giống ở nhiều loài vật nuôi nói chung và các loài thủy sản nói riêng (Liu, 2007) Điều quan trọng là các SNP có thể xuất hiện ở vùng gen mã hóa, tác động trực tiếp đến tính trang quan tâm, rất hiệu quả trong việc xác định mối tương quan giữa SNP và tính trạng nào đó (Beuzen và cs, 2000) Do đó, việc ứng dụng kỹ thuật sinh học phân tử nhận dạng chính xác loài quan tâm và việc sử dụng thành công

kỹ thuật giải trình tự gene thế hệ mới có thể cung cấp bộ tư liệu trình tự hệ gene

để từ đó phát triển được bộ chỉ thị phân tử nói chung, bộ chỉ thị phân tử liên quan đến tính trạng tăng trưởng của tu hài nói riêng sẽ có ý nghĩa cả về lý luận

và thực tiễn đối với nghề nuôi tu hài

Xuất phát từ những lý luận và thực tiễn nêu trên, chúng tôi lựa chọn và

tiến hành đề tài “Nghiên cứu phát triển chỉ thị phân tử phục vụ chọn giống

tu hài (Lutraria rhynchaena Jonas, 1844) theo hướng tăng trưởng”.

2 Mục tiêu nghiên cứu

Phát triển được bộ chỉ thị phân tử liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở

tu hài góp phần phát triển nghề nuôi tu hài nói riêng và nghề nuôi biển của Việt Nam nói chung

3 Nội dung nghiên cứu

- Điều tra, đánh giá được thành phần loài tu hài, hiện trạng tiềm năng nghề nuôi tu hài của huyện Vân Đồn – tỉnh Quảng Ninh

- Nghiên cứu xây dựng DNA barcoding cho tu hài vòi trắng (Lutraria

rhynchaena)

- Nghiên cứu giải trình tự hệ gene tu hài và phát triển bộ chỉ thị SNP cung

cấp cơ sở dữ liệu hệ gene tu hài (Lutraria rhynchaena) thu tại huyện Vân Đồn,

tỉnh Quảng Ninh

- Nghiên cứu phát triển một số chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài

4 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài

Ý nghĩa khoa học:

- Đề tài luận án đã cung cấp một số dữ liệu quan trọng về thành phần tu hài tự nhiên phân bố tại Vân Đồn, hiện trạng và tiềm năng nghề nuôi tu hài ở huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh

- Kết quả của nghiên cứu xây dựng mã vạch DNA của tu hài là cơ sở khoa học quan trọng để nhận dạng chính xác loài tu hài phục vụ lấy mẫu nghiên cứu giải trình tự hệ gene và có thể có ý nghĩa phục vụ truy xuất nguồn gốc các sản phẩm từ thịt tu hài của Việt Nam

- Dữ liệu trình tự hệ gene của tu hài xây dựng được từ kết quả của đề tài luận án có giá trị đối với khoa học nghiên cứu hệ gene, là cơ sở để khai thác và phát triển bộ chỉ thị phân tử cho các nhà nghiên cứu chọn tạo giống tu hài

- Phát triển số chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng của tu hài cung cấp công cụ sinh học phân tử có giá trị đối với công tác chọn giống tu hài theo hướng tăng trưởng ở Việt Nam

Ý nghĩa thực tiễn:

- Mã vạch DNA được phát hiện cung cấp công cụ phân tử có thể nhận dạng chính xác tu hài phục vụ nghiên cứu và truy xuất nguồn gốc

- Với bộ dữ liệu hệ gene lần đầu tiên cung cấp hệ gene tham chiếu tu hài

(Lutraria rhynchaena)

- Một số chỉ thị SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng được phát triển

có ý nghĩa phục vụ công tác chọn tạo giống tu hài theo hướng tăng trưởng nhờ chỉ thị phân tử

5 Những đóng góp mới của luận án

- Luận án đã đánh giá được thành phần loài tu hài phân bố tự nhiên tại Vân Đồn, tiềm năng của nghề nuôi tu hài tại huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh

- Xây dựng được mã vạch DNA cho tu hài dựa trên các trình tự gene 16S

rRNA và COI, cung cấp thêm công cụ có thể nhận dạng và phân loại chính xác

loài tu hài (Lutraria rhynchaena)

- Giải trình tự và công bố hệ gene tu hài (Lutraria rhynchaena) trên

GenBank đã góp phần cung cấp dữ liệu hệ gene tham chiếu, phục vụ nghiên

cứu khai thác dữ liệu hệ gene tu hài

- Qua sàng lọc dữ liệu hệ gene, đã phát hiện và tuyển chọn được 11 chỉ thị SNPs liên quan đến tăng trưởng phục vụ cho công tác chọn giống tu hài theo hướng tăng trưởng

CHƯƠNG 1 TỔNG QUAN NGHIÊN CỨU 1.1 Giới thiệu hung về tu hài

1.1.1 Vị trí phân loại học

Ngành động vật thân mềm: Mollusca Linnaeus, 1758

Lớp hai mảnh vỏ: Bivalvia Linnaeus, 1758

Bộ ngao (biện mang): Veneroida Bieler R., 2010

Họ vọp: Mactridae Lamarck, 1799

Giống: Lutralia Lamarck, 1799

Loài: Lutralia rhynchaena, Jonas 1844

(Tên đồng danh L philippinarum Reeve, L philippinarum Deshayes) Loài Lutralia rhynchaena (Jonas 1844), có tên tiếng Việt là tu hài vòi

trắng và tên tiếng Anh là Snout Otter Clam, Otter Clam

Hình 1.1 Tu hài ( Lutralia rhynchaena) được thu tại Vân Đồn, Quảng Ninh

1.1.2 Phân bố tự nhiên của tu hài

Trên thế giới, tu hài phân bố chủ yếu ở vùng biển phía Tây và Nam nước

Úc, một số nước châu Á như: Trung Quốc, Thái Lan, Philippine và vùng Bắc

Bắc, độ mặn ổn định từ 25 – 30 ‰, có nền đáy là cát, cát sỏi nhỏ, hoặc vỏ động vật thân mềm ở vùng biển vịnh Lan Hạ thuộc đảo Cát Bà - TP Hải Phòng đến

1.1.3 Tình hình nuôi, khai thác tu hài

Trên thế giới, theo thống kê sản lượng khai thác thủy sản toàn cầu năm

2018 đạt gần 80 triệu tấn, năm 2020 đạt 94,6 triệu tấn, trong đó sản lượng động

cứu sẽ giúp các nhà phân loại học định danh chính xác các loài, đồng thời góp

1.2.2 Ứng dụng DNA barcoding trong phân loại động vật và nhuyễn thể

Mã vạch DNA được ứng dụng để phân loại cho nhiều loài sinh vật: phân

loại 4 loài tôm hùm nhờ trình tự vùng gene COI, trong đó có một loài tôm hùm

Trên đối tượng nhuyễn thể, mã vạch DNA đã được ứng dụng thành công trong việc xác định 14 loài hai mảnh vỏ, các trình tự COI đã đóng góp vào những phát hiện mới liên quan đến tính đa dạng sinh học cao của động vật thân

2019), và ốc hương (Bình và cs, 2017) Trong phân tích mã vạch của ngao, Liu (2018) đã sử dụng trình tự DNA vùng gen COI của 56 loài và trình tự gene 16S

1.3 Công nghệ giải trình tự gene và chỉ thị phân tử SNPs

1.3.1 Công nghệ giải trình tự gene và ứng dụng

Công nghệ giải trình tự thế hệ mới (Next generation sequencing – NGS)

đã ra đời trong bối cảnh đó, sự ra đời của công nghệ NGS dựa trên sự phát triển đồng loạt các kỹ thuật chuẩn bị mẫu (Template preparation), nguyên lý đọc trình tự mới (Sequencing and imaging), so sánh và lắp ráp bộ gene (Genome aligment and assembly) Việc sử dụng công nghệ NGS tạo ra một khối lượng

dữ liệu khổng lồ (Giải được từ 8 Gb đến 600 Gb), giá thành rẻ, chi phí thấp và

ưu điểm vượt trội giải trình tự nhanh và chính xác Hệ thống giải trình tự thế hệ mới được sử dụng phổ biến như giải trình tự Roche 454 (454 Life Sciences), HiSeq 2000/4000 (Illumina) và AB SOLiD (Life Technologies)

Kỹ thuật giải trình tự RAD- Sequencing (Restriction site Associated DNA Sequencing) là kỹ thuật giải trình tự hệ gen bằng cách sử dụng enzyme cắt giới hạn để phân cắt DNA bộ gen thành những phân đoạn ngắn và được gắn các adapter vào 2 đầu, số lượng lớn các biến thể di truyền như SNPs có thể được

cs, 2008)

Công nghệ giải trình tự gene được ứng dụng để giải mã thành công bộ

Bathymodiolus platifrons (Sun và cs, 2017), Chlamys farreri (Li và cs, 2017),

C gigas (Zhang và cs, 2012), Limnoperna fortunei (Uliano-Silva và cs, 2018),

Modiolus philippinarum (Sun và cs, 2017), Mytillus galloprovosystemis

(Nguyen và cs, 2014), Patinopecten yessoensis (Wang và cs, 2017), Pinctada

fucata (Takeuchi và cs, 2012), (Du và cs, 2017), Ruditapes philippinarum (Mun

(Bai và cs, 2019) và Venustaconcha ellipsiformis (Renaut và cs, 2018)

1.3.2 Chỉ thị phân tử SNPs và ứng dụng

Đa hình nucleotide đơn (SNP) là những biến đổi trình tự DNA xảy ra khi một đơn nucleotide (A, T, C hoặc G) trong trình tự bộ gene bị thay đổi xảy ra

trong một quần thể Sự phân bố của các SNP trong hệ gen không đồng nhất, SNP thường xảy ra với tần số khác nhau trong các phần nhiễm sắc thể khác nhau và trong các vùng không mã hóa thường cao hơn so với các vùng mã hóa

thay thế Cytosine (C) với Thymine (T), đây là biến thể phong phú nhất trong chuỗi DNA giữa các cá thể trong một quần thể

Chỉ thị SNP đã được ứng dụng trong trong nghiên cứu ở một số vật nuôi

Trong vùng gên mã hóa protein của hàu Thái Bình Dương, cứ 60 bp chứa một

Trong khi đó ở hàu dẹt châu Âu, mật độ SNP được chứng minh tương đối cao,

ở vùng mã hóa protein cứ 76 bp chứa một SNP và vùng không mã hóa protei cứ

có liên quan đến tăng trưởng ở sò gồm PyE2F3-1 và PyE2F3-2, trong đó gene PyE2F3-1 có tương quan đến sự tăng trưởng của chiều dài, chiều cao của vỏ,

Trên đối tượng hàu đã được phân tích liên kết và haplotype của đa hình nucleotide đơn (SNP), xác định được bốn SNP (ở vị trí - 904, - 522, - 272, - 262 bp) và hai haplotype (CCCC và TCTC) có liên quan trực tiếp đến tốc độ tăng

CHƯƠNG 2 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU

2.1 Vật liệu nghiên cứu

Vật liệu nghiên cứu: Mẫu được thu thập tại Trung tâm giống Thủy sản lợ mặn, Trường Cao đẳng Kinh tế, Kỹ thuật và Thủy sản Mẫu thu gồm 01 mẫu

mô cơ màng áo tu hài được thu thập phục vụ giải trình tự hệ gen tu hài Mẫu mô

cơ màng áo của 30 cá thể tu hài tăng trưởng nhanh, 30 cá thể tu hài tăng trưởng

chậm phục vụ gải trình tự sàng lọc SNP Mẫu mô tiêu hóa tu hài được thu để phục vụ giải trình tự hệ gene phiên mã

Địa điểm nghiên cứu: Việc tách chiết, tinh sạch sản phẩm DNA được

thực hiện tại phòng công nghệ sinh học, Trường Cao đẳng Kinh tế, Kỹ thuật và Thủy sản, thành phố Từ Sơn – tỉnh Bắc Ninh Giải trình tự và đọc kết quả được tiến hành tại Trung tâm công nghệ Genomic, Đại học Deakin, Victoria – Australia

2.2 Phương pháp nghiên cứu

2.2.1 Điều tra thành phần loài tu hài, hiện trạng nghề nuôi tu hài tại huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh và tiềm năng phát triển nghề nuôi tu hài

2.2.1.1 Khảo sát thành phần loài tu hài tại huyện Vân Đồn, tỉnh Quảng Ninh

- Sử dụng phương pháp khảo sát được áp dụng cho vùng triều, sử dụng kĩ

tổng hợp biển của Ủy ban Khoa học và Kỹ thuật Nhà nước (Ủy ban khoa học và

Kỹ thuật nhà nước, 1981) và Quy trình điều tra Tài nguyên và Môi trường biển

- Định danh loài tu hài bằng phương pháp hình thái: Các cá thể tu hài thu thập được định loại dựa trên đặc điểm hình thái ngoài (hình dạng, màu sắc vỏ, màu sắc vòi, các chỉ tiêu phân loại hình thái) theo khóa phân loại về động vật

2.2.1.2 Đánh giá hiện trạng và tiềm năng nghề nuôi tu hài tại huyện Vân Đồn

Thông tin diện tích, hình thức nuôi, mật độ thả nuôi, thời gian nuôi thương phẩm, kích cỡ thu hoạch, tình hình dịch bệnh, tỷ lệ sống, sản lượng và hiệu quả kinh tế, việc tuân thủ quy định của pháp luật về thực hiện các biện pháp bảo vệ môi trường tại cơ sở được khảo sát từ 400 hộ có nghề nuôi tu hài tại các xã Thắng Lợi, Quan Lạn, Đoàn Kết, Ngọc Vừng, Đông Xá, Bản Sen, Vạn Yên và Thị trấn Cái Rồng thuộc huyện Vân Đồn

Thông tin về điều kiện tự nhiên, điều kiện môi trường nước biển, thị trường tiêu thụ, giá bán tu hài thương phẩm được thu thập từ Chi cục Thủy sản tỉnh Quảng Ninh và phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Vân Đồn sử dụng để phân tích, đánh giá tiềm năng phát triển nghề nuôi tu hài

2.2.2 Phương pháp xây dựng mã vạch DNA cho tu hài L rhynchaena

2.2.2.1 So sánh tương đồng trình tự vùng gene 16S rRNA và COI

Khai thác và truy vấn tất cả các trình tự DNA vùng gene 16S rRNA, COI của các giống Lutraria đã được công bố trên ngân hàng Genebank đến thời điểm nghiên cứu Mức độ tương đồng của các loài tu hài trong giống Lutraria

2.2.2.2 Xây dựng cây phát sinh chủng loại dựa vào vùng gen 16S rRNA và COI

Cây tiến hóa được xây dựng cho 5 loài tu hài trong nghiên cứu này dựa

2.2.2.3 Xây dựng mã vạch DNA để nhận dạng tu hài L rhynchaena

Trình tự gene 16S rRNA, COI của các loài Lutraria được phân tích bằng

phần mềm BioEdit và phần mềm MEGA X

2.2.3 Phương pháp giải trình tự hệ gene và hệ gene phiên mã tu hài (L rhynchaena)

2.2.3.1 Thiết lập thư viện và giải trình tự hệ gene cho tu hài

*Thiết lập thư viện genomic DNA tu hài: Hai thư viện giải trình tự mẫu mô

cơ tu hài được chuẩn bị (01 chuẩn bị bằng NuGen Celero DNA-Seq (Tecan Genomics, San Carlos, CA), 01 chuẩn bị bằng NEBNext Ultra DNA (New England Biolabs, Ipwich, MA) theo hướng dẫn của nhà sản xuất

*Giải trình tự DNA: Giải trình tự DNA của bộ gene tu hài được kết hợp

thực hiện giữa máy giải trình tự Illumina NovaSeq6000 và máy giải trình tự MinION (ONT), tại Trung tâm Genomemic, Đại học Deakin, Victoria – Australia

2.2.3.2 Thiết lập thư viện và giải trình tự hệ gene phiên mã cho tu hài

RNA được thực hiện bằng bộ kit Zymo Quick-RNA Miniprep, thư viện RNA được phát triển bằng Nugen Universal Plus mRNA-Seq Kit (Tecan Genomics, San Carlos, CA) theo nhà sản xuất hướng dẫn

Giải trình tự hệ gene phiên mã của tu hài được thực hiện bằng máy giải trình tự Illumina NovaSeq6000

2.3.4 Giải trình tự ezRAD cho tu hài (L rhynchaena) để tìm kiếm SNP liên

quan đến tính trạng tăng trưởng

Thư viện DNA hệ gen của tu hài tăng trưởng nhanh và tăng trưởng chậm

TruSeq Nano HT Library Preparation (Illumina) Thư viện DNA thu được từ kỹ

thuật ezRAD là dải band có kích thước từ 350 – 550 bp

Giải trình tự ezRAD: Giải trình tự bằng hệ thống máy giải trình tự thế hệ

mới HiSeq6000 (Illumina), tại Trung tâm Công nghệ genomic, Trường Đại học

2.3.5 Phương pháp phân tích và xử lý dữ liệu

2.3.5.1 Khảo sát thành phần loài tu hài và đánh giá hiện trạng, tiềm năng nghề nuôi tu hài: Thực hiện theo tài liệu Quy trình điều tra Tài nguyên và Môi

trường biển, 2014 thuộc phần điều tra khảo sát động vật đáy biển Việc tính toán giá trị trung bình, độ lệch chuẩn và so sánh sự khác biệt giữa các nghiệm thức được xử lý bằng thống kê, phân tích ANOVA một nhân tố bằng phần mềm Minitab 16.4 và ứng dụng Microsoft Office Excel 2016 để thống kê, phân tích nhằm thể hiện rõ kết quả bằng biểu đồ, đồ thị

2.3.5.2 Xây dựng mã vạch DNA để nhận dạng tu hài L rhynchaena:

Các trình tự DNA vùng gene 16S rRNA, COI của các loài Lutraria được

2.3.5.3 Phân tích hệ gene và hệ gene phiên mã của tu hài L rhynchanena:

Xác định kích thước bộ gene tu hài: Tiền xử lý bộ dữ liệu thô bằng sử

giá chất lượng lắp ráp trình tự gene tu hài bằng phần mềm bowtie2 v2.3.3.1

Sử dụng phầm mềm GenomeScope để xây dựng biểu đồ k-mer và ước tính kích

các lần đọc dài và lắp ráp bằng phần mềm minimap2 (Li, 2018), chỉnh sửa lỗi

*Ước lượng dị hợp tử, trình tự lặp và tìm kiếm đa hình: Phát hiện đa hình

(Price và cs, 2005)

Xác định kích thước hệ gene phiên mã tu hài (L rhynchaena)

*Lắp ráp hệ gene phiên mã: Thư viện RNA-seq đã được giải trình tự, bộ

dữ liệu thô được tiền xử lý và một hệ phiên mã được tạo ra để hỗ trợ cho việc

và cs, 2012)

*Dự đoán và chú thích gene: Dự đoán gene được thực hiện bằng phần mềm

MAKER (Holt và Yandell, 2011), các nhóm protein chính được căn chỉnh bằng

bằng phần mềm IQ-TREE v1.5.5 (Nguyen và cs, 2014) Phân tích bộ chỉ thị

cs, 2019)

Xác định SNP liên quan đến tính trạng tăng trưởng ở tu hài (L

rhynchaena): Bộ dữ liệu trình tự của nhóm tu hài tăng trưởng nhanh và tăng

trưởng chậm được tiền xử lý bằng phần mềm Trimmoatic, đoạn trình tự có chất

bước tuyển chọn SNPs được thực hiện bao gồm: Lắp ráp hệ gen tham chiếu (de novo reference asembly), dóng hàng (Maping) bằng phần mềm Stacks (Rochette và cs, 2019), phát hiện và lọc chỉ thị SNPs bằng phần mềm vcftools

Outlier loci là những vị trí loci có giá trị khác biệt so với phần còn lại của bộ