Thực tập Bionformatics Đại cương ngành công nghệ sinh học

Thực tập Bionformatics Đại cương ngành công nghệ sinh học

DAI HOC QUOC GIA TP.HCM TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

KHOA SINH HỌC

THỰC TẬP BIOINFORMATICS

ĐẠI CƯƠNG NGÀNH CÔNG NGHỆ SINH HỌC

CBGD: Nguyễn Thái Minh Quân

Võ Trí Nam

NOI DUNG THUC TAP

Bài 1: Cơ sở dữ liệu sinh học và phương pháp khai thác thông tin trên internet

Bài 2: Khai thác cơ sở dữ liệu PubMed,

Nucleotide, Protein trong NCBI

Bai 3: Thiét ké mdi (primer)

Bài 4: So sánh các trình tự sinh học

Bal 5: Ve cay phát sinh loài

Bài 6: Bài tập tổng hợp

Internet la gi ?

¢ Internet la tap hợp các tat cả các máy tính trên thế giới,

ma chung co thé kết nói với nhau và trao đồi thông tin lẫn

nhau

° 2004 - 160 triệu máy chủ kết nỗi giữa 150 nước, trên 55

triệu trang web, trên 600 triệu người truy cập vào Internet

mỗi ngày

Slide 3

Bioinformatics la gi?

* Bioinformatics cO dién: sty dung may tinh dé lưu trữ,

truy vẫn, phân tích câu trúc phân tử sinh học

¢ Bioinformatics hién dai

— Theo NCBI: Sự kết hợp giữa Công nghệ Sinh học và Công

nghệ thông tin với mục tiêu giúp hiệu biệt và khám pha

những nguyên lí trong Sinh học

— Human Genome Project

— Genomics, Functional Genomics, Proteomics, Medical

Informatics

SO LUOC LICH SU

1960s: CSDL đâu tiên vệ trình tự protein

1960s - 1970s: Phat trién thuat giai dé

phân tích dữ liệu

1980s: thanh lập CSDL GenBank va mot

sO CSDL khac (EMBL, DDB, .)

1990s: Su phat triển chóng mặt của

GenBank và PDB

1991: Thuat ng& Bioinformatics xuat hién

Bioinformatics la gi? (tt)

°Ò Xây dựng các cơ sở dữ liệu

° Phát triển các thuật giải và các phương pháp thông kê

° Sử dụng các công cụ tin sinh học được xây

dựng đề phân tích và thông dịch nguồn dữ liệu

sinh học

BÀI 1 - CƠ SỞ DỮ LIỆU SINH HỌC VÀ PHƯƠNG PHÁP

KHAI THAC THONG TIN

1 Mục đích - nguyên tắc:

- _ Sự bùng nỗ thông tin trong sinh hoc

cứu kho dữ liệu sinh học không lô của sự sông trên hành tinh này

2 Khai thác thông tin sinh học

° Nhiều lĩnh vực: dữ liệu vê môi trường, đa dạng sinh học, đa dạng di

truyện; dữ liệu vê nguôn gen: DNA, RNA; d@ liéu vé protein: trinh tu,

câu trúc, chức năng

— NCBI (National Center for Biotechnology Information

— EMBL (European Molecular Biology Laboratory)

— ExPASy (Expert Protein Analysis System)

PHƯƠNG PHÁP KHAI THÁC THÔNG TIN

°Ò Tìm kiêm các trang web chứa thông tin

mình đang cân

° Lựa chọn từ khóa và nhờ những công cụ

tìm kiêm hay cô máy tìm kiêm những trang

web có chứa từ khóa của mình

° Nguyên tắc:

Thông tin Xác định Chọn cách Lọc KÉT QUÁ

cân tìm từ khóa tìm kiêm thông tin CAN TIM

¢ Luwa chon tu khoa

— Đặc trưng cho thông tin can tim (đối tượng, phương

pháp), không chứa từ thông thường (in, of, for )

— Dùng linh hoạt từ khóa (OR)

— Dùng dâu nháy kép (“ “) đối với một cụm từ

— Dùng các toán tử lôgic AND, OR, NOT

° Lưu ÿ khác

— sô lượng từ khóa

— Từ quan trọng thường đứng trước,

— Dùng chức năng find (Ctrl-F) để tìm từ khóa trong

trang web

— Dùng chữ HOA thích hợp, cho phép dùng dấu đại

diện *

° Vi du: tim cac bai bao cua tac gia Pandey

viet ve H5N1 dang tai trong nam 2012

Hãy xác định từ khóa cho yêu câu tìm

kiêm trên

BAI 1 - TIM KIEM THONG TIN TREN INTERNET

+Ban Timkiem Hìnhảnh Tintúc Gmail Docs Lich Dịch Blogger Khác -

Đăng nhập

Tìm hình ảnh

Google

Viet Nam

Tim voi Google Xem trang đầu tiên tìm được

Gongle.cam.vn hiện đã có hằng các ngôn ngữ: English francais ñnnnn

Nhập từ

khóa

iGoogle Thay đổi anh nén Chương trình Quảng các Giải pháp Kinh daanh - Giới thiệu về Google Google.com in English

BAI 1 - TIM KIEM THONG TIN TREN INTERNET

© CO www.google.com.vn/#hl=vi&sugexp=frgbld&gs_nf=1&pq=sad&cp=2&gs_id=b&xhr=t&q=H5n 1&pf=pk&sclient=psy-abRog=HS&aq=! Py '@ ¬

DI NI 0

Goosle

Tìm kiếm

Moi ther

Hinh anh

Video

Tin tức

Nhiều hơn

Ho Chi Minh

Thay dai vi tri

Web

Các trang viết

hãng tiếng Việt

Các trang từ Việt

Nam

Trang nước ngoài

được dịch

Mọi lúc

Giữ qua

24 gid qua

2 ngay qua

Tuan qua

we ïnxm=mlm m—m cinders

Hinh anh Tintúc Gmail Docs Lịch Dịch Blogger Khac~

HSN 1

H5N1 — Wikipedia tiéng Viét

vi wikipedia org/wiki/HSN1

H5NI là một phần nhóm có khả nắng gây nhiễm can của virus cúm gia cẩm ching virus này lần đầu tiên được phát hiện xâm nhiễm trên người tại Hằng Kông

+ Đường lây nhiễm - Triệu chứng ữ người - Phùng chẳng và điều trị

Influenza A virus subtype H5N1 - VVikipedia, the free encyclopedia

en.wikipedia.org? /Influenza_A_virus_subtype_H5N - Dich trang nay Influenza A virus subtype H5N1, also known as "bird flu", A(H5N1) or simply H5N1, is a subtype of the influenza A virus which can cause illness in humans and

Dich H5N1 & Viét Nam: Te vong nhiêu do chủ quan?

vietbao.vn/xa-hoi/Dich-HSN1-o-Viet-Nam-Tu-vong /157/

7 Tháng Ba 2008 - Việt Nam đang đứng đầu về số ca tử vong do virus cúm A/H5N1 -

Viet Nam dang dung dau ve s0 ca tu vang do virus cum A/H5NI1

Dịch cum H5N1 da quay tré lai' - VnExpress

vnexpress net/gl/suc-khoe/2012/02/dich-cum-h5n1-da- quay- -tro-laif

8 Thang 2 2012 - Sau gan 2 nam, dén nay Việt Nam mới ghi nhận ca 2 ca mắc cúm H5N1 và tÿ lệ tử vang lên đến 100% Do vậy tại buổi họp ban chỉ đạn phòng

Lời kê của người gặp tử thần H5N1 - VnExpress

vneXpresS net/gl/suc-khoe/ /loi-ke-cua-nguoi-gap-tu-than-hn1/

5 Thang Ba 2012 — TuGng da khang qua khỏi bởi phdi bi tan thueng nang do nhiérn

cum gia cam H5N1, chiéu 5/3, sau gan 2 tuần điều trị tích cực, bệnh nhân

=4 ~=~¬v~l-2>¬——Ì-E=16.l :i0.Bico— 1 NAO BIE 990 nerd inns ine

ẹ

Cài đặt tìm kiếm

| T.kiêm nâng can |

Lịch sử VWeh Trợ giúp Tim kiểm

aa

BAI 1 - TIM KIEM THONG TIN TREN INTERNET

€ C © www.google.com.vn/advanced_search?g=h5n 1&hl=vi&biw=1024&bin=6 7 3&prmd=imvns % @ ~~

+Ban Timkiem Hinhanh Tinti#c Gmail Docs Lịch Dich Blogger Khác

khóa

Tìm trang cá

tất ca cac tir nay: h5n1

từ hoặc cụm từ chính xác

nay:

bat ky tly nao trong sé nay:

không từ nàn trang số này:

các số trang khoẵng từ: tới

Sau đó, thu hẹp kết quả của hạn hằng

ngôn ngữ: bắt kỷ ngôn ngữ >> * Tim trang bang ngân ngữ bạn chọn

vùng: mọi vung Lựa chọn Tìm trang được xuất bẵn ở một khu vực cụ thể

ngôn ngữ

cập nhật lần cuấi: bắt kỳ lúc nào Tìm trang được cập nhật trong thời gian bạn chỉ định

t b hoắc tê VÀ Tim kiểm trén méttrang web (nhw wikipedia.org) hode gigi

rang we dac ten mien hạn kết qua cia ban & một miễn như edu, org hode gov

ác thuật ngũ Ất hiền: ¡ nơi t tra „_ Tỉm kiểm cắc thuật ngữ trang toàn bộ trang, tiều đề trang hoặc cac thuật ngữ Xuất hiện mor ner trong trang dia chiweb hay lién két tei trang ma ban dang tim kiém.

<

BÀI 1 - TÌM KIÊM THÔNG TIN TRÊN INTERNET

C © www.google.com.vn/advanced_search?g=h5n 1&hl=vikpiw=

' ' =

ngôn ngữ: bắt kỷ ngôn ngữ

yung: mọi vùng

cập nhật lần cuấi: bắt kỳ lúc nào

L

trang web hoặc tên miền

các thuật ngữ xuất hiện: moi noi trong trang

Tìm kiếm an toan:

không lạc

cấp độ đục: không hiễn thị cắp độ đọc

loai tép: moi dinh dang <x

quyen sử dụng: không được lọc theo giấy phép

Bạn cũng có thễ

Tìm thấy các trang tương tự hoặc liên kết tei mot URL

Tìm kiếm trên các trang hạn đã truy cận

Sử dụng toán tử trang hộp tìm kiếm

Tùy chỉnh cải đặt tìm kiếm của hạn

©2012 Google Trang cht) Google

Giới hạn tìm kiếm W l#l ®

trong các trang

| mh trang được xuất bẵn ở m ất khu ve cụ the

* Tim trang dwee cap nhat trong thời gian bạn chỉ định

Tìm kiểm trần một trang ueb (như wikipedia.org) hode gigi

hạn kết quả của bạn ử mật miễn như edu, org hoặc - qov

Tìm kiểm cắc thuật ngữ trang toần bộ trang, tiểu đề trang hoặc

địa chỉưueb hay liên kết tới trang mà ban dang tìm kiểm

Cho Tìm kiếm an toần biết mức lọc nội dung khiểu dầm

trung bình nghiêm ngặt

* Tỉm trang ở cấp độ đọc hoặc chĩxem thông tin cấp dé

* Tim trang có định dạng mà bạn muốn

* Tim trang ma ban được phép sử dụng

Yr *

Tim kiém nang cao

Chon loai

Chương trình Quang cao Giải nhắn Kinh daanh Giới thiéu v8 Google

c© CO www.google.com >| el &

tYou Search Images Maps YouTube News Gmail Documents Calendar More ~

Sign in

Google

Google Search I'm Feeling Lucky

New! Tour the Amazon in Google Maps with Street View

iGoogle Change background image Advertising Programs Business Solutions Privacy &Terms +Google About Google Go to Google Vietnam

Bal tap

Sinh viên thực hành tìm kiêm địa chỉ các cơ sở

dữ liệu (ngân hàng dữ liệu) sau: NCBI, EMBL,

DDBJ, Protein Data Bank, SwissProt,

Tìm các trang web cho phép thực hiện việc

thiêt kê mỗi (primer)

Tìm một slide bài giảng vê giới thiệu

bioinformatics

Tim mét doan video khoa hoc vé sinh hoc