Nghiên cứu đánh giá, tư liệu nguồn gen cây trồng bản địa quý ở mức độ phân tử để bảo tồn và sử dụng chúng một cách có hiệu quả

- Xây dựng các tập đoàn lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương bản địa; - Số liệu đánh giá các đặc điểm nông học chính, các đặc điểm hương thơm và hàm lượng amylose, khả năng chịu hạn, kháng rầy

BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP

CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04/06-10

BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ

ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU ĐÁNH GIÁ, TƯ LIỆU HOÁ NGUỒN GEN CÂY TRỒNG BẢN ĐỊA QUÝ

Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ ĐỂ BẢO TỒN VÀ SỬ DỤNG CHÚNG MỘT CÁCH CÓ HIỆU QUẢ

MÃ SỐ: KC.04.16/06-10

Cơ quan chủ trì đề tài: Viện Di truyền nông nghiệp

Chủ nhiệm đề tài/dự án: ThS Khuất Hữu Trung

8164

Hà Nội - 2010

BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP

CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04/06-10

BÁO CÁO TỔNG HỢP KẾT QUẢ KHOA HỌC CÔNG NGHỆ

ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU ĐÁNH GIÁ, TƯ LIỆU HOÁ NGUỒN GEN CÂY TRỒNG BẢN ĐỊA QUÝ

Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ ĐỂ BẢO TỒN VÀ SỬ DỤNG CHÚNG MỘT CÁCH CÓ HIỆU QUẢ

MÃ SỐ: KC.04.16/06-10

Chủ nhiệm đề tài Cơ quan chủ trì đề tài

(ký tên) (ký tên và đóng dấu)

ThS Khuất Hữu Trung

Ban chủ nhiệm chương trình Bộ Khoa học và Công nghệ

(ký tên) (ký tên và đóng dấu )

GS.TSKH Trần Duy Quý

Hà Nội - 2010

LỜI CẢM ƠN

Chủ nhiệm đề tài xin chân thành cảm ơn Bộ Khoa học và công nghệ, Văn phòng các Chương trình Khoa học và Công nghệ trọng điểm cấp Nhà nước, ban Chủ nhiệm Chương trình Khoa học Công nghệ cấp Nhà nước KC04/06-10, Viện Nghiên cứu Rau quả, Trung tâm Tài nguyên thực vật, Viện Di truyền Nông nghiệp đã tham gia và hỗ trợ công trình nghiên cứu này

Chủ nhiệm đề tài

ThS Khuất Hữu Trung

BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP

CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04/06-10

BÁO CÁO THỐNG KÊ

ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU ĐÁNH GIÁ, TƯ LIỆU HOÁ NGUỒN GEN CÂY TRỒNG BẢN ĐỊA QUÝ Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ ĐỂ BẢO TỒN VÀ SỬ DỤNG

CHÚNG MỘT CÁCH CÓ HIỆU QUẢ

MÃ SỐ: KC.04.16/06-10

Cơ quan chủ trì đề tài: Viện Di truyền nông nghiệp

Chủ nhiệm đề tài/dự án: ThS Khuất Hữu Trung

Hà Nội - 2010

VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP

CỘNG HOÀ XÃ HỘI CHỦ NGHĨA VIỆT NAM Độc lập - Tự do - Hạnh phúc

Hà Nội, ngày 18 tháng 06 năm 2010

BÁO CÁO THỐNG KÊ KẾT QUẢ THỰC HIỆN ĐỀ TÀI

I THÔNG TIN CHUNG

1 Tên đề tài: Nghiên cứu đánh giá, tư liệu hoá nguồn gen cây trồng bản địa quý ở mức độ phân tử để bảo tồn và sử dụng chúng một cách có hiệu quả

Mã số đề tài: KC.04.16/06-10

Thuộc Chương trình: Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh học

Mã số chương trình: KC 04/06-10

2 Chủ nhiệm đề tài/dự án:

Họ và tên: Khuất Hữu Trung

Ngày, tháng, năm sinh: 12/9/1973 Nam/ Nữ: Nam

Tên tổ chức đang công tác: Bộ môn Kĩ thuật Di truyền

Viện Di truyền Nông nghiệp

Địa chỉ tổ chức: Km số 2, Đường Phạm Văn Đồng, Từ Liêm, Hà Nội

Địa chỉ nhà riêng: 58/3/16 Phố Trần Bình, Cầu Giấy, Hà Nội

3 T ch c ch trì tài/d án:

Tên tổ chức chủ trì đề tài: Viện Di truyền Nông nghiệp

Điện thoại: 37543198; 37544 712 Fax: 37543196

E-mail: vdt@agi.ac.vn

Website: http://www.agi.gov.vn

Địa chỉ: Km số 2, Đường Phạm Văn Đồng, Từ Liêm, Hà Nội

Họ và tên thủ trưởng tổ chức: PGS.TS Lê Huy Hàm

Số tài khoản: 931.01.037

Ngân hàng: Kho bạc Nhà Nước Từ liêm, Hà Nội

Tên cơ quan chủ quản đề tài: Viện Di truyền Nông nghiệp

II TÌNH HÌNH THỰC HIỆN

1 Thời gian thực hiện đề tài/dự án:

- Theo Hợp đồng đã ký kết: từ tháng 3 năm 2008 đến tháng 8 năm 2010

- Thực tế thực hiện: từ tháng 3 năm 2008 đến tháng 8 năm 2010

- Được gia hạn (nếu có): Không

Thời gian (Tháng, năm)

Kinh phí (Tr.đ)

Ghi chú

(Số đề nghị quyết toán)

c) Kết quả sử dụng kinh phí theo các khoản chi:

Đối với đề tài:

Số, thời gian ban

“Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh hoc”, Mã số KC04/06-10

Bộ KHCN ban hành

2 Số

3061/QĐ-BKHCN ngày

20/12/2007

Quyết định về việc phê duyệt các tổ chức,

cá nhân trúng tuyển chủ trì thực hiện các

đề tài, dự án sản xuất thử nghiệm năm

2008 (đợt II) thuộc Chương trình “Nghiên cứu, phát triển và ứng dụng công nghệ sinh hoc”

Bộ KHCN ban hành

Số

TT

Số, thời gian ban

5 Số

293/QĐ-BKHCN ngày

29/12/2008

Quyết định Phê duyệt kinh phí 07 đề tài,

02 dự án sản xuất thử nghiệm bắt đầu thực hiện năm 2008 thuộc Chương trình KH&CN trọng điểm cấp Nhà Nước giai đoạn 2006-2010 “Nghiên cứu, phát triển

và ứng dụng nghệ công sinh hoc”, Mã số KC04/06-10

Bộ KHCN ban hành

8 Số 32/VDT ngày

12/02/2009

Kế hoạch đấu thầu năm 2009 Cơ quan chủ

trì đề tài ban hành

9 Số 36/VDT ngày

12/02/2009

Kế hoạch hợp tác quốc tế năm 2009 Cơ quan chủ

trì đề tài ban hành

Chương trình trọng điểm cấp nhà nước KC-04/06-10

Số

TT

Số, thời gian ban

18 Số

169/VPCT-HCTH ngày

12/05/2009

Sửa đổi các mẫu báo cáo về kiểm tra định

kỳ đề tài, dự án thuộc các Chương trình KH&CN cấp Nhà nước

Chương trình trọng điểm cấp nhà nước KC-04/06-10

22 Số 26/CV-VDT

ngày 26/01/2010

Kế hoạch đầu thầu năm 2010 Cơ quan chủ

trì đề tài ban hành

Bộ KHCN ban hành

Bộ KHCN ban hành

Số

TT

Số, thời gian ban

4 Tổ chức phối hợp thực hiện đề tài, dự án:

Nội dung tham gia chủ yếu

Sản phẩm chủ yếu đạt được

- Đánh giá đa dạng di truyền ở mức hình thái, phân tích các chỉ tiêu về nông sinh học, sinh hoá, khả năng chống chịu sâu bệnh của các tập đoàn lúa bản địa nghiên cứu

- Xây dựng các tập đoàn lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương bản địa;

- Số liệu đánh giá các đặc điểm nông học chính, các đặc điểm hương thơm và hàm lượng amylose, khả năng chịu hạn, kháng rầy nâu và bạc lá của và phân loại dưới loài tập đoàn giống lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương nghiên cứu dựa trên ADN lục lạp;

- Xây dựng cơ sở dữ liệu về

đa dạng di truyền, sự phân

bố các nguồn gen của các tập đoàn lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương nghiên cứu

- Điều tra, đánh giá các nguồn gen cây ăn quả bản địa (nhãn, cam và bưởi)

- Đánh giá đa dạng di truyền ở mức hình

- Xây dựng các tập đoàn nhãn, cam và bưởi bản địa;

- Điều tra, đánh giá về sự phân bố nguồn gen, thu thập mẫu và đánh giá đa dạng di truyền ở mức hình thái các

thái, chất lượng, khả năng chống chịu của từng giống trong các tập đoàn cây ăn quả nghiên cứu

tập đoàn nhãn, cam và bưởi;

- Xây dựng cơ sở dữ liệu về

đa dạng di truyền, sự phân

bố các nguồn gen của các tập đoàn cam, nhãn, bưởi nghiên cứu

Tự nhiên, ĐHQG

Hà Nội

Tham gia nghiên cứu xác định các chỉ thị/marker đặc trưng nhận dạng một số nguồn gen lan Hài

Xác định alen hiếm để nhận dạng chính xác một số nguồn gen lan Hài quý trong tập đoàn nghiên cứu

5 Cá nhân tham gia thực hiện đề tài, dự án:

đã tham gia thực hiện

Nội dung tham gia chính Sản phẩm chủ yếu đạt được

Chủ nhiệm đề tài, điều hành thực hiện toàn bộ các nội dung của đề tài;

Tham gia phân tích đa dạng di truyền và xây dựng tiêu bản nhận dạng ADN, xác định các chỉ thị/marker đặc trưng để nhận dạng chính xác một số nguồn gen nhãn, cam

và bưởi bản địa quý của Việt Nam

- Hoàn thành tốt việc điều hành thực hiện các nội dung của đề tài;

- Xây dựng bộ tiêu bản nhận dạng ADN và đánh giá đa dạng di truyền nguồn gen nhãn, cam và bưởi bản địa quý của Việt Nam;

- Xác định các chỉ thị/marker đặc trưng để nhận dạng chính xác một số nguồn gen trong các tập đoàn nhãn, cam và bưởi bản địa quý của Việt Nam

2 GS.TSKH

Trần Duy

Quý

GS.TSKH Trần DuyQuý

Cố vấn khoa học, tham gia tư liệu hoá đa dạng

di truyền các tập đoàn hoa lan

Cố vấn khoa học, tham gia

tư liệu hoá đa dạng di truyền các tập đoàn Địa lan và lan Hài

Thư kí đề tài, tập hợp tài liệu, tham gia phân tích đa dạng di truyền ở mức phân tử các tập đoàn lan, nhãn, cam, bưởi

Tập hợp các tài liệu, báo cáo; Số liệu đánh giá đa dạng di truyền các tập đoàn lan, nhãn, cam và bưởi ở mức phân tử

4 TS Ngô

Hồng

Bình

TS Ngô Hồng Bình

Phân tích, tư liệu hoá

về đa dạng di truyền ở mức hình thái, sự phân

bố nguồn gen các tập đoàn nhãn, cam và bưởi

- Xây dựng các tập đoàn nhãn, cam và bưởi bản địa;

- Điều tra, đánh giá về sự phân bố nguồn gen, thu thập mẫu và đánh giá đa dạng di truyền ở mức hình thái các tập đoàn nhãn, cam và bưởi;

- Xây dựng cơ sở dữ liệu về

đa dạng di truyền, sự phân

bố các nguồn gen của các tập đoàn cam, nhãn, bưởi nghiên cứu

5 TS Trần

Danh

Sửu

TS Trần Danh Sửu

Phân tích, tư liệu hoá

về đa dạng di truyền ở mức hình thái, sự phân

bố nguồn gen các tập đoàn lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương

- Xây dựng các tập đoàn lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương bản địa;

- Số liệu đánh giá các đặc điểm nông học chính; các đặc điểm hương thơm, hàm lượng amylose; khả năng chịu hạn, kháng rầy nâu, bạc

lá và phân loại dưới loài tập đoàn giống lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương nghiên cứu dựa trên ADN lục lạp;

- Xây dựng cơ sở dữ liệu về

đa dạng di truyền, sự phân

bố các nguồn gen của các tập đoàn lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương nghiên cứu

Tham gia phân tích đa dạng di truyền và xây dựng tiêu bản nhận dạng ADN, xác định các chỉ thị/marker đặc trưng để nhận dạng chính xác một số nguồn gen lúa bản địa quý của Việt Nam

- Xây dựng bộ tiêu bản nhận dạng ADN, đánh giá đa dạng di truyền ở mức phân

tử và xác định các chỉ thị/marker đặc trưng để nhận dạng chính xác một số nguồn gen lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương bản địa quý của Việt Nam

Tham gia xây dựng bộ tiêu bản nhận dạng ở mức ADN của tập đoàn lan Hài và Địa lan nghiên cứu

Xây dựng bộ tiêu bản nhận dạng ở mức ADN của tập đoàn lan Hài và Địa lan nghiên cứu

Thương Lan

Xác định các chỉ thị/marker đặc trưng để nhận dạng chính xác một số nguồn gen lan Hài

Tham gia xác định các chỉ thị/marker đặc trưng nhận dạng một số nguồn gen lan Hài và Địa lan bản địa quý của Việt Nam

Xác định các băng ADN đặc trưng để nhận dạng chính xác một số nguồn gen lan Hài và Địa lan bản địa quý trong tập đoàn nghiên cứu

Tham gia đánh giá, tư liệu hoá về đa dạng di truyền ở mức hình thái,

sự phân bố nguồn gen các tập đoàn lan Hài và Địa lan

- Điều tra, đánh giá về sự phân bố nguồn gen, thu thập mẫu, xây dựng tập đoàn lan Hài và Địa lan;

- Đánh giá đa dạng di truyền

ở mức hình thái và ở mức phân tử tập các tập đoàn gen lan Hài và Địa lan;

- Xây dựng cơ sở dữ liệu về

đa dạng di truyền, sự phân

bố các nguồn gen của các tập đoàn lan Hài và Địa lan

- Lý do thay đổi: Do TS Nguyễn Thị Thanh Thuỷ và TS Phạm Thị Sến dành thời gian để thực hiện đề tài khác

6 Tình hình hợp tác quốc tế:

Số

TT

Theo kế hoạch

(Nội dung, thời gian, kinh phí, địa

điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số

lượng người tham gia )

Thực tế đạt được

(Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn,

số lượng người tham gia )

1 Nội dung: Học về phương pháp xác

định các marker nhận biết các nguồn

gen trong tập đoàn

Tại trường Đại học Tổng hợp

Kasetsart, Thái Lan

Thời gian: 17 ngày

Số lượng người tham gia: 3 người

Kinh phí: 90.000.000 đồng

Nội dung: Học tập cách xây dựng

cơ sở dữ liệu giúp quản lý các nguồn gen cây trồng

Tại Viện Tài nguyên Di truyền Thực vật - IPGRI (Italia)

Thời gian: 10 ngày

Số lượng người tham gia: 2 người Kinh phí: 90.148.410 đồng

Số

TT

Theo kế hoạch

(Nội dung, thời gian, kinh phí, địa

điểm, tên tổ chức hợp tác, số đoàn, số

lượng người tham gia )

Thời gian: 5 ngày

Số lượng người tham gia: 3 người

Kinh phí: 20.000.000 đồng

Không thực hiện

- Lý do thay đổi:

+ Đoàn ra: Theo thuyết minh đề tài, chúng tôi dự kiến đoàn ra sẽ đi đào tạo ngắn

hạn 17 ngày tại trường Đại học Tổng hợp Kasetsart - Thái Lan, để học về phương pháp xác định các marker nhận biết các nguồn gen trong tập đoàn Chúng tôi có thể chủ động thực hiện các phương pháp trên tại Viện Di truyền Nông nghiệp Vì vậy, chúng tôi chuyển sang học tập ngắn hạn 10 ngày tại Viện Tài nguyên Di truyền Thực vật - IPGRI (Italia) để học tập cách xây dựng cơ sở dữ liệu giúp quản lý các nguồn gen cây trồng

+ Đoàn vào: Theo thuyết minh đề tài, chúng tôi dự kiến mời chuyên gia vào Việt

Nam để hướng dẫn đào tạo các cán bộ nghiên cứu về lĩnh vực phân lập, giải trình tự gen và đăng kí bản quyền trên các ngân hàng gen thế giới Do có thể chủ động thực hiện các kĩ thuật, qui trình và thủ tục đăng kí bản quyền gen trên các ngân hàng gen nên chúng tôi đã không thực hiện nội dung này

7 Tình hình tổ chức hội thảo, hội nghị

TT (Nội dung, thời gian, kinh phí, địa điểm ) Theo kế hoạch

Thực tế đạt được

(Nội dung, thời gian, kinh phí,

địa điểm )

1 Nội dung: Đánh giá, tư liệu hóa nguồn

gen một số cây trồng bản địa của Việt

Nam

Thời gian: 18/12/2009

Kinh phí: 10.000.000 đồng

Địa điểm: Viện Di truyền Nông nghiệp

Nội dung: Đánh giá, tư liệu hóa nguồn gen một số cây trồng bản địa của Việt Nam

Thời gian: 18/12/2009 Kinh phí: 7.780.500 đồng Địa điểm: Viện Di truyền Nông nghiệp

2 Nội dung: Đánh giá, tư liệu hóa nguồn

gen một số cây trồng bản địa của Việt

Địa điểm: Viện Di truyền Nông nghiệp

Nội dung: Đánh giá, tư liệu hóa nguồn gen một số cây trồng bản địa của Việt Nam

Thời gian: 30/06/2010 Kinh phí: 12.219.500 đồng Địa điểm: Viện Di truyền Nông nghiệp

3 Nội dung: Nghiên cứu, đánh giá tài

nguyên di truyền lúa địa phương phục

vụ công tác bảo tồn và khai thác sử

dụng

Thời gian: 23/06/2010

Kinh phí: 10.000.000 đồng

Địa điểm: TT tài Nguyên thực vật

Nội dung: Nghiên cứu, đánh giá tài nguyên di truyền lúa địa phương phục vụ công tác bảo tồn

và khai thác sử dụng Thời gian: 23/06/2010 Kinh phí: 10.000.000 đồng Địa điểm: TT tài Nguyên thực vật

8 Tóm tắt các nội dung, công việc chủ yếu:

Người,

cơ quan thực hiện

1 Đánh giá một số tính trạng

hình thái nông học chính

của các tập đoàn giống lúa

Tám và lúa Nếp, lúa Nương

nghiên cứu

12/2008

3/2008-11/2008 Trần Danh Sửu và cs -

Trung tâm tài nguyên thực vật

2 Đánh giá các đặc điểm

hương thơm và hàm lượng

amylose của các nguồn gen

lúa Tám và lúa Nếp, lúa

Nương nghiên cứu

12/2008

3/2008-11/2008 Trần Danh Sửu và cs -

Trung tâm tài nguyên thực vật

4 Phân loại dưới loài các

nguồn gen của các tập đoàn

gen lúa Tám và lúa Nếp,

lúa Nương nghiên cứu dựa

trên ADN lục lạp

9/2009

đoàn lúa Tám và lúa Nếp,

lúa Nương nghiên cứu (Sử

dụng chỉ thị phân tử SSR)

12/2009

1/2009-05/2009 Nguyễn Thị Phương

Đoài và cs – Viện Di truyền Nông nghiệp

6 Đánh giá đa dạng di ở mức

phân tử các tập đoàn gen

lúa Tám và lúa Nếp, lúa

Nương

12/2009

6/2009-05/2009 Nguyễn Thị Phương

Đoài và cs – Viện Di truyền Nông nghiệp

7 Xây dựng cơ sở dữ liệu về

đa dạng di truyền, sự phân

bố các nguồn gen của các

tập đoàn lúa Tám và lúa

Nếp, lúa Nương nghiên

cứu phục vụ cho khai thác

sử dụng và định hướng cho

việc thu thập, bảo tồn các

nguồn gen lúa này

8/2010

1/2010-05/2010 Trần Danh Sửu và cs -

Trung tâm tài nguyên thực vật

8 Điều tra, đánh giá về sự

phân bố nguồn gen, thu

thập mẫu, xây dựng các tập

đoàn lan Hài và Địa lan bản

địa

6/2009

3/2008-10/2008 Kiều Thị Dung và cs -

Viện Di truyền Nông nghiệp

9 Đánh giá đa dạng di truyền

tập đoàn lan Hài và Địa lan

ở mức hình thái nguồn gen

lan Hài và Địa Lan bản địa

của Việt Nam

6/2009

1/2009-05/2009 Nguyễn Thúy Điệp và

cs - Viện Di truyền Nông nghiệp

11 Đánh giá đa dạng di truyền

ở mức phân tử của các tập

đoàn gen lan Hài và Địa

Lan

12/2009

3/2009-05/2009 Kiều Thị Dung và cs -

Viện Di truyền Nông nghiệp

12 Xây dựng cơ sở dữ liệu về

đa dạng di truyền, sự phân

bố các nguồn gen của các

tập đoàn lan Hài và Địa Lan

nghiên cứu phục vụ cho

khai thác sử dụng và định

hướng cho việc thu thập,

bảo tồn các nguồn gen lan

này

8/2010

1/2010-05/2010 Kiều Thị Dung và cs -

Viện Di truyền Nông nghiệp

13 Điều tra, đánh giá về sự

phân bố nguồn gen, thu

thập mẫu, xây dựng các tập

đoàn nhãn, cam và bưởi

bản địa

9/2009

3/2008-12/2008 Ngô Hồng Bình và cs

- Viện Nghiên cứu Rau quả

14 Đánh giá đa dạng di truyền

các tập đoàn nhãn, cam và

bưởi ở mức hình thái, phân

tích các đặc điểm ưu việt

của những nguồn gen nhãn,

cam và bưởi bản địa của

Việt Nam (các đặc điểm

năng suất, chất lượng quả,

mùi thơm…)

9/2009

1/2009-05/2009 Khuất Hữu Trung,

Nguyễn Trường Khoa,

và cs - Viện Di truyền Nông Nghiệp

16 Nghiên cứu, đánh giá đa

dạng di truyền của các tập

đoàn nhãn, cam và bưởi

nghiên cứu (Dựa trên bộ

tiêu bản ADN), xác định

quan hệ di truyền giữa các

giống/loài trong từng tập

đoàn phục vụ cho công tác

phân loại, chọn tạo giống

nhãn, cam và bưởi

12/2009

6/2009-05/2009 Khuất Hữu Trung,

Đặng Trọng Lương và

cs - Viện Di truyền Nông nghiệp

17 Xây dựng cơ sở dữ liệu về

đa dạng di truyền, sự phân

bố nguồn gen của các tập

đoàn nhãn, cam và bưởi

nghiên cứu nhằm định

hướng cho công tác thu

thập, bảo tồn các nguồn gen

nhãn, cam và bưởi của Việt

Nam

8/2010

một số nguồn gen lan Hài

bản địa quý trong tập đoàn

nghiên cứu

8/2010

3/2009-12/2009 TS Võ Thị Thương

Lan và cs - Trường Đại học Khoa học Tự

nhiên, ĐHQG Hà Nội

19 Xác định các đoạn trình tự

để nhận dạng chính xác

một số nguồn gen Địa lan

bản địa quý trong tập đoàn

nghiên cứu

3/2009- 8/2010

12/2009 Kiều Thị Dung và cs -

Viện Di truyền Nông nghiệp

20 Xác định các alen hiếm

hoặc các cặp mồi đặc hiệu

để nhận dạng chính xác

một số nguồn gen cam,

nhãn, bưởi bản địa quý

trong tập đoàn nghiên cứu

3/2009- 8/2010

12/2009 Khuất Hữu Trung,

Nguyễn Trường Khoa

và cs - Viện Di truyền Nông nghiệp

21 Xác định các marker đặc

trưng để nhận dạng chính

xác một số nguồn gen Địa

lan bản địa quý trong tập

đoàn nghiên cứu

3/2009- 8/2010

một số nguồn gen lan Hài

bản địa quý trong tập đoàn

nghiên cứu

3/2009- 8/2010

một số nguồn gen cam,

nhãn, bưởi bản địa quý

trong tập đoàn nghiên cứu

3/2009- 8/2010

5/2010 Khuất Hữu Trung và

cs - Viện Di truyền Nông nghiệp

24 Xác định các alen hiếm

hoặc các cặp mồi đặc hiệu

để nhận dạng chính xác

một số nguồn gen lúa Tám

và lúa Nếp, lúa Nương bản

địa quý trong tập đoàn

nghiên cứu

3/2009- 8/2010

5/2010 Nguyễn Thị Phương

Đoài và cs - Viện Di truyền Nông nghiệp

25 Xác định marker đặc trưng

để nhận dạng chính xác

một số nguồn gen lúa Tám

và lúa Nếp, lúa Nương bản

địa quý trong tập đoàn

nghiên cứu

3/2009- 8/2010

5/2010 Nguyễn Thị Phương

Đoài và cs - Viện Di truyền Nông nghiệp

III SẢN PHẨM KH&CN CỦA ĐỀ TÀI, DỰ ÁN

1 Sản phẩm KH&CN đã tạo ra:

Theo kế hoạch

Thực tế đạt được

1 Các chỉ thị/marker phân tử đặc

trưng để nhận dạng chính xác

một số nguồn gen bản địa quý

trong các tập đoàn nghiên cứu

Mồi/đoạn trình tự/ alen hiếm/băng ADN đặc trưng

15-20 marker

15-20 marker

63 marker

2 Các bộ tiêu bản nhận dạng

ADN của các tập đoàn lúa, hoa

lan, nhãn, cam và bưởi nghiên

cứu

Bộ tiêu bản 7 bộ 7 bộ 7 bộ

3 Các tập đoàn lúa Tám và lúa

Nếp, lúa Nương bản địa của

Việt Nam

Tập đoàn

2 tập đoàn

2 tập đoàn Mỗi tập đoàn gồm 50-

100 mẫu giống

2 tập đoàn (Mỗi tập đoàn gồm

120 mẫu giống)

4 Các tập đoàn lan Hài và Địa

lan bản địa của Việt Nam

Tập đoàn

2 tập đoàn

2 tập đoàn Mỗi tập đoàn gồm 100

- 200 mẫu

giống thuộc các loài

ở các vùng

sinh thái khác nhau

2 tập đoàn (Tập đoàn lan Hài gồm 289 mẫu giống; Tập đoàn Địa lan gồm 123 mẫu giống)

5 Các tập đoàn nhãn, cam, bưởi

bản địa của Việt Nam

Tập đoàn

3 tập đoàn

Mỗi tập đoàn gồm 50

- 100 mẫu

giống ở các vùng sinh thái khác nhau

3 tập đoàn (Tập đoàn cam gồm 110 mẫu giống của 9 giống cam bản địa; Tập đoàn bưởi gồm 90 mẫu giống của 10 giống bưởi bản địa; Tập đoàn nhãn gồm

510 mẫu giống của 26 giống nhãn bản địa)

b) Sản phẩm Dạng II:

Yêu cầu khoa học cần đạt

Số

kế hoạch

Thực tế đạt được

- Quy trình xác định các trình

tự (các đoạn gen ITS2) để nhận dạng chính xác một số nguồn gen lan Hài và Địa lan trong tập đoàn nghiên cứu

Số lượng, nơi công bố

và lúa Nếp, lúa Nương bản địa

Số liệu chính xác

để xây dựng các tập đoàn hạt nhân bao gồm những nguồn gen lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương bản địa

Số liệu chính xác, xây dựng và tiêu chuẩn hóa được các phương pháp

Số liệu chính xác, xây dựng và tiêu chuẩn hóa được các phương pháp đánh giá

2

4 Số liệu phân loại

dưới loài các nguồn

gen của tập đoàn lúa

Tám và lúa Nếp, lúa

Nương nghiên cứu

dựa trên ADN lục

lạp

Số liệu chính xác

để phân loại dưới loài phục vụ cho khai thác sử dụng tài nguyên lúa

Số liệu chính xác

để phân loại dưới loài phục vụ cho khai thác sử dụng tài nguyên lúa

Xây dựng được cơ

sở dữ liệu đầy đủ các thông tin về

đa dạng di truyền,

sự phân bố các nguồn gen của các tập đoàn lúa Tám

và lúa Nếp, lúa Nương nghiên cứu

1

6 Cơ sở dữ liệu về đa

dạng di truyền, sự

phân bố các nguồn

gen của các tập đoàn

lan Hài và Địa lan

nghiên cứu

Xây dựng được cơ

sở dữ liệu đầy đủ các thông tin về đa dạng di truyền, sự phân bố các nguồn gen của các tập đoàn lan nghiên cứu

Xây dựng được cơ

sở dữ liệu đầy đủ các thông tin về

đa dạng di truyền,

sự phân bố các nguồn gen của các tập đoàn lan nghiên cứu

Xây dựng được cơ

sở dữ liệu đầy đủ các thông tin về

đa dạng di truyền,

sự phân bố các nguồn gen của các tập đoàn nhãn, cam và bưởi nghiên cứu

1

8 Báo cáo định kì (báo

cáo theo định kì 6

tháng; báo cáo thực

hiện năm)

Đạt được các mục tiêu, nội dung của

đề tài theo đúng biểu mẫu quy định của Bộ KH&CN

Đạt được các mục tiêu, nội dung của

đề tài theo đúng biểu mẫu quy định của Bộ KH&CN

4

9 Báo cáo tổng kết

(báo cáo tóm tắt,

báo cáo nghiệm thu)

Đầy đủ thông tin, nội dung khoa học, theo đúng biểu mẫu quy định của

Bộ KH&CN

Đầy đủ thông tin, nội dung khoa học, theo đúng biểu mẫu quy định của Bộ KH&CN

3

10 Bài báo khoa học 4 - 7 bài đăng trên

tạp chí khoa học chuyên ngành, báo cáo hội nghị khoa học toàn quốc, báo cáo hội nghị quốc

tế

11 bài đăng trên các tạp chí chuyên ngành

11 bài:

+ 8 bài đã đăng:

2 bài đăng trên tạp chí Công nghệ sinh học số 4/2009 và số 1/2010; 3 bài đăng trên tạp chí Khoa học và Công nghệ Nông nghiệp Việt Nam: số 3/2009,

số 1/2010 và số 2/2010; 2 bài đăng trên tạp chí

Di truyền học và ứng dụng cùng

số 4/2009; 1 bài trên tạp chí NN

& PTNN số 8/2010

+ 2 bài đã chứng nhận đăng: trên tạp chí NN&PTNT và

Công nghệ sinh học

+ 1 bài quốc tế

đã gửi đăng trên tạp chí quốc tế Journal of Plant Biology

d) Kết quả đào tạo:

Số lượng

Số

TT

Cấp đào tạo, Chuyên

ngành đào tạo Theo kế

hoạch

Thực tế đạt được

La, Hoài Đức, Hà Nội

Đơn vị đã ứng dụng trong công tác thu thập, phân loại, lưu giữ và khai thác và nhân giống các giống lan Hài có giá trị

2 Kết quả đánh giá đa

La, Hoài Đức, Hà Nội

Đơn vị đã ứng dụng trong công tác thu thập, phân loại, lưu giữ, khai thác và nhân giống các giống Địa lan quý để đáp ứng nhu cầu thưởng thức ngày càng cao

3 Kết quả đánh giá đa

dạng di truyền của

các tập đoàn nhãn,

cam và bưởi nghiên

cứu

2010 Viện nghiên cứu

rau quả - Trâu Quỳ, Gia Lâm,

Hà Nội

Đơn vị đã ứng dụng kết quả đánh giá đa dạng di truyền ở mức phân tử, mối quan hệ

di truyền của các giống trong tập đoàn kết hợp với các tính trạng quý

để nhận dạng các giống

có phẩm chất tốt, phục

vụ công tác chọn tạo giống mới

cam, bưởi bản địa

quý trong tập đoàn

nghiên cứu

2010 Viện nghiên cứu

rau quả - Trâu Quỳ, Gia Lâm,

Hà Nội

Đơn vị đã ứng dụng kết quả nghiên cứu để nhận dạng các giống cam, nhãn bưởi có năng suất chất luợng tốt dùng làm cây mẹ để nhân giống vô tính tạo

ra cây con giống có chất lượng cao phục vụ sản xuất

5 Cơ sở dữ liệu về đa

bưởi nghiên cứu

2010 Viện nghiên cứu

rau quả - Trâu Quỳ, Gia Lâm,

Hà Nội

Đơn vị đã ứng dụng để phục vụ cho khai thác

sử dụng và định hướng cho việc thu thập, bảo tồn các nguồn gen nhãn, cam, bưởi của Việt Nam

6 Quy trình xác định

các marker SSR đặc

trung để nhận dạng

chính xác một số

nguồn gen lúa, nhãn,

cam và bưởi trong

tập đoàn nghiên cứu

2010 Trường Đại học

sư phạm Hà Nội Trường Đại học Xuân Hòa

Đơn vị đã sử dụng vào mục đích phục vụ cho công tác nghiên và giảng dạy chuyên ngành Di truyền học, Công nghệ sinh học và Phân loại thực vật

gen lan Hài và Địa

lan trong tập đoàn

nghiên cứu

2010 Trường Đại học

sư phạm Hà Nội Trường Đại học Xuân Hòa

Đơn vị đã sử dụng vào mục đích phục vụ cho công tác nghiên và giảng dạy chuyên ngành Di truyền học, Công nghệ sinh học và Phân loại thực vật

8 Cơ sở dữ liệu về đa

Đơn vị đã sử dụng vào mục đích phục vụ cho công tác nghiên và giảng dạy chuyên ngành Di truyền học, Công nghệ sinh học và Phân loại thực vật

2 Đánh giá về hiệu quả do đề tài, dự án mang lại:

a) Hiệu quả về khoa học và công nghệ:

- Đề tài đã thu thập, xây dựng được 7 tập đoàn hạt nhân các giống lúa Tám, lúa Nương, lan Hài, Địa lan, cam, nhãn và bưởi bản địa của Việt Nam, đây là những nguồn vật liệu rất có giá trị phục vụ cho nghiên cứu, khai thác và sử dụng trong các chương trình chọn tạo giống;

- Các marker phân tử nhận biết chính xác một số nguồn gen bản địa quý được sử dụng để xác định tính đúng giống phục vụ công tác lai tạo, nhân giống và kiểm soát cây con giống ở giai đoạn sớm;

- Các thông tin về đa dạng di truyền ở mức hình thái và mức phân tử của các giống cây bản địa nghiên cứu là cơ sở để tuyển chọn những nguồn gen ưu tú phục

vụ cho công tác chọn và lai tạo giống mới;

- Qua điều tra, thu thập, đánh giá, những giống lúa có năng suất cao, chất lượng

và khả năng chống chịu tốt; những nguồn gen lan quý hiếm, những giống nhãn, cam, bưởi ưu việt được giới thiệu để nhân giống phục vụ cho sản xuất

b) Hiệu quả về kinh tế xã hội:

- Đề tài đã xác định được các maker đặc trưng để nhận dạng chính xác một số nguồn gen cây trồng; đăng ký trên ngân hàng gen thế giới khẳng định chủ quyền Quốc gia về những tài nguyên thực vật bản địa làm cơ sở cho việc xác định bản quyền và thực hiện quyền sở hữu trí tuệ về tên các giống cây trồng quý, đặc hữu của nước ta, góp phần nâng cao thương hiệu cho sản phẩm giống cây trồng của Việt Nam;

- Các tư liệu, cơ sở dữ liệu của đề tài phục vụ hiệu quả cho việc nghiên cứu, bảo tồn an toàn nguồn gen cây trồng bản địa, định hướng chiến lược cho công tác thu thập, bảo tồn, khai thác và sử dụng có hiệu quả nguồn tài nguyên cây trồng quốc gia;

- Những nội dung nghiên cứu của đề tài là rất hữu ích cho các Trường, Viện nghiên cứu sử dụng để nâng cao chất lượng giảng dạy và nghiên cứu về công nghệ sinh học, di truyền học và phân loại thực vật

3 Tình hình thực hiện chế độ báo cáo, kiểm tra của đề tài, dự án:

Số

TT Nội dung

Thời gian thực hiện

1 Lần 1 17/11/2008 Đề tài đã thực hiện theo đúng tiến độ Hoàn

thành 5 chuyên đề của năm 2008 và 2 chuyên

đề của năm 2009

- Đánh giá được một số tính trạng nông học chính, các đặc điểm hương thơm và hàm lượng amylose, khả năng chịu hạn, kháng rầy nâu, bạc lá của các tập đoàn giống lúa lúa;

- Điều tra, đánh giá sự phân bố nguồn gen, đánh giá đa dạng di truyền ở mức hình thái của các tập đoàn lan Hài và Địa lan;

- Điều tra, đánh giá sự phân bố nguồn gen của tập đoàn nhãn, cam, bưởi

2 Lần 2 29/5/2009 Đề tài đã hoàn thành 15 chuyên đề đảm bảo

chất lượng theo yêu cầu:

- Đã phân loại dưới loài, xây dựng bộ tiêu bản ADN, số liệu đánh giá đa dạng di truyền của tập đoàn lúa Nương;

- Đã xây dựng các bộ tiêu bản ADN, số liệu đánh giá đa dạng di truyền của tập đoàn lan hài và Địa lan;

- Đã đánh giá đa dạng di truyền ở mức hình thái của tập đoàn cam, nhãn, bưởi và xây dựng các bộ tiêu bản nhận dạng, đánh giá đa dạng di truyền ở mức phân tử của tập đoàn nhãn, bưởi

- Đào tào được 2 thạc sỹ, 6 kỹ sư và 2 cử nhân Đăng 2 bài báo trên tạp chí Di truyền và ứng dụng

- Đoàn ra: đi Italy (2 người)

3 Lần 3 26/11/2009 - Đề tài đã thực hiện toàn bộ nội dung công

việc của năm 2009 theo đúng tiến độ

Hoàn thành 9 chuyên đề.:

+ Đã xây dựng các bộ tiêu bản nhận dạng, đánh giá đa dạng di truyền của tập đoàn lan Hài và tập đoàn cam;

+Đã xác định các alen hiếm, các cặp mồi đặc hiệu, các đoạn trình tự để nhận dạng chính xác một số nguồn gen lan Hài, Địa lan và cam, nhãn, bưởi

- Đã đăng 1 bài báo trên tạp chí Khoa học và Công nghệ nông nghiệp Việt Nam, 1 bài báo trên tạp chí Công nghệ sinh học

4 Lần 4 7/6/2010 Đề tài đã hoàn thành toàn bộ nội dung của

năm 2010 theo đúng tiến độ

- Hoàn thành 16 chuyên đề bao gồm: 7 chuyên đề xây dựng cơ sở dữ liệu về đa dạng

di truyền, sự phân bố nguồn gen của 7 tập đoàn: lúa Nương, lúa Tám, lan Hài, Địa lan

và cam, nhãn, bưởi; 2 chuyên đề xác định các alen hiếm để nhận dạng chính xác một số nguồn gen lúa Nếp, lúa Nương, lúa Tám; 7 chuyên đề xác định các băng ADN đặc trưng

để nhận dạng chính xác một số nguồn gen lúa Nương, Tám, lan Hài, Địa lan và cam, nhãn, bưởi bản địa quý trong các tập đoàn nghiên cứu;

- Đã đăng 1 bài báo trên tạp chí Khoa học và Công nghệ nông nghiệp Việt Nam, 2 bài báo trên tạp chí Công nghệ sinh học, 1 bài gửi đăng trên tạp chí NN&PTNT;

- Đào tạo: 1 thạc sỹ chuyên ngành Sinh học thực nghiệm, 1 thạc sỹ chuyên ngành Di truyền và chọn giống và 1 thạc sỹ Di truyền học (sẽ bảo vệ 9/2010); 3 kỹ sư ngành công nghệ sinh học

II Kiểm tra

định kỳ

Đánh giá của đoàn kiểm tra

1 Lần 1 17/11/2008 Đề tài đã triển khai hầu hết các nội dung năm

2008 như trong Hợp đồng và Thuyết minh đề tài

2 Lần 2 7/8/2009 Đề tài thực hiện đúng tiến độ đăng ký về các

nội dung đến tháng 8/2009

3 Lần 3 26/1/2010 Thực hiện đầy đủ các nội dung đã xây dựng

trong thuyết minh và hợp đồng Thực hiện đúng tiến độ về cả nội dung và kinh phí

III Nghiệm thu

- Sản phẩm KHCN:

+ Đề tài đáp ứng đầy đủ yêu cầu về số lượng, khối lượng và chủng loại các sản phẩm khoa học như đã dăng ký trong thuyết minh và hợp đồng Một số sản phẩm vượt mức kế hoạch; + Các sản phẩm khoa học của đề tài đều đáp ứng được yêu cầu về mức chất lượng và khoa học so với mức đăng ký trong thuyết minh và hợp đồng Cần phân tích chi tiết hơn về tính đặc thù, chất lượng của sản phẩm;

- Các văn bản hành chính: kiểm tra lại các loại văn bản, quyết định liên quan đến việc

BỘ KHOA HỌC VÀ CÔNG NGHỆ VIỆN DI TRUYỀN NÔNG NGHIỆP

CHƯƠNG TRÌNH KHCN CẤP NHÀ NƯỚC KC04/06-10

BÁO CÁO KẾT QUẢ

NGHIÊN CỨU

ĐỀ TÀI: NGHIÊN CỨU ĐÁNH GIÁ, TƯ LIỆU HOÁ NGUỒN GEN CÂY TRỒNG BẢN ĐỊA QUÝ

Ở MỨC ĐỘ PHÂN TỬ ĐỂ BẢO TỒN VÀ SỬ DỤNG CHÚNG MỘT CÁCH CÓ HIỆU QUẢ

MÃ SỐ: KC.04.16/06-10

Cơ quan chủ trì đề tài: Viện Di truyền nông nghiệp

Chủ nhiệm đề tài/dự án: ThS Khuất Hữu Trung

Hà Nội - 2010

MỤC LỤC

MỞ ĐẦU 1

3 Ý nghĩa khoa học và thực tiễn của đề tài 3CHƯƠNG I: TỔNG QUAN TÀI LIỆU 4

1.1.1 Những nét chung về tài nguyên di truyền cây lúa 4

1.1.1.2 Phân loại 61.1.1.3 Tài nguyên di truyền lúa Việt Nam 71.1.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền ở lúa 81.1.2.1 Nghiên cứu đa dạng di truyền lúa trên thế giới 81.1.2.2 Tình hình nghiên cứu đa dạng di truyền lúa ở Việt Nam 10

1.2.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền của hoa lan 121.2.2.1 Nghiên cứu đa dạng di truyền hoa lan trên thế giới 121.2.2.2 Tình hình nghiên cứu đa dạng di truyền hoa lan ở Việt Nam 14

1.3.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền nhãn 161.3.2.1 Nghiên cứu đa dạng di truyền nhãn trên thế giới 161.3.2.2 Tình hình nghiên cứu đa dạng di truyền nhãn ở Việt Nam 18

1.4.1 Nguồn gốc, phân loại cam và bưởi 181.4.2 Nghiên cứu đa dạng di truyền nhóm cây ăn quả có múi 191.4.2.1 Nghiên cứu đa dạng di truyền nhóm cây ăn quả có múi trên thế giới 191.4.2.2 Tình hình nghiên cứu đa dạng di truyền nhóm cây ăn quả có múi

1.5 Các phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền 231.5.1 Phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền dựa vào các tính trạng hình thái 23

1.5.2 Phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền dựa vào chỉ thị hoá sinh 231.5.3 Phương pháp nghiên cứu đa dạng di truyền dựa vào chỉ thị phân tử ADN 241.5.3.1 Chỉ thị SSR (Microsatellite hay Simple Sequence Repeates) 261.5.3.2 Chỉ thị RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) 261.5.3.3 Chỉ thị RAPD (Random Amplified Polymorphic ADN) 271.5.3.4 Chỉ thị AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) 271.5.3.5 Chỉ thị ISSRs (Inter-simple sequence repeats) 281.6 Nghiên cứu xác định marker nhận dạng giống 291.6.1 Kĩ thuật dấu chuẩn ADN (DNA Fingerprinting) trong việc xác định giống và bảo vệ quyền sở hữu trí tuệ 291.6.2 Các trình tự ITS1-5,8S-ITS2 ứng dụng trong nhận dạng giống hoa lan 291.6.3 Những nghiên cứu sử dụng chỉ thị phân tử ADN trong nhận dạng các giống lúa, cam, nhãn và bưởi 31

CHƯƠNG 2 VẬT LIỆU VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 33

2.1.1 Tập đoàn lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương 33

2.2.1 Phương pháp điều tra thu thập mẫu 43

2.2.3 Phương pháp xác định hàm lượng amyloza 44

2.2.5 Phương pháp đánh giá tính chống chịu rầy nâu 452.2.6 Phương pháp đánh giá tính chống chịu bệnh bạc lá 462.2.7 Phương pháp đánh giá khả năng chịu hạn 46

2.2.8 Phương pháp phân loại loài phụ indica và japonica bằng phản ứng

2.2.10 Phương pháp phân loại loài phụ indica và japonica dựa trên ADN lục lạp 502.2.11 Phương pháp khuyếch đại bằng kĩ thuật SSR 502.2.12 Phương pháp khuyếch đại bằng kĩ thuật RAPD 532.2.13 Phương pháp xác định trình tự đoạn ITS1-5,8S- ITS2 532.2.14 Phương pháp xác định alen hiếm, alen đặc trưng bằng kĩ thuật SSR 552.2.15 Phương pháp phân tích và xử lí số liệu 55

CHƯƠNG 3 KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 57

3.1.1 Kết quả nghiên cứu tập đoàn lúa Tám bản địa của Việt Nam 573.1.1.1 Kết quả đánh giá một số tính trạng nông học chính của tập đoàn lúa Tám 573.1.1.2 Kết quả phân loại dưới loài tập đoàn các giống lúa Tám nghiên cứu 673.1.1.3 Kết quả xây dựng bộ tiêu bản ADN, đánh giá đa dạng di truyền và xác định marker nhận dạng một số nguồn gen trong tập đoàn lúa Tám nghiên cứu 703.1.2 Kết quả nghiên cứu tập đoàn lúa Nếp, lúa Nương bản địa của Việt Nam 833.1.2.1 Kết quả đánh giá một số tính trạng nông học chính của tập đoàn lúa Nếp,

3.2.1.2 Đánh giá đa dạng di truyền tập đoàn lan Hài ở mức hình thái 1133.2.1.3 Kết quả xây dựng bộ tiêu bản ADN, đánh giá đa dạng di truyền và xác định các marker đặc trưng nhận dạng một số nguồn gen lan Hài nghiên cứu 1173.2.2 Kết quả nghiên cứu tập đoàn Địa lan bản địa của Việt Nam 1243.2.2.1 Kết quả điều tra đánh giá về sự phân bố nguồn gen, thu thập mẫu và xây

3.2.2.2 Đánh giá đa dạng di truyền tập đoàn Địa lan ở mức hình thái 1253.2.2.3 Kết quả xây dựng bộ tiêu bản ADN, đánh giá đa dạng di truyền và xác định các marker đặc trưng nhận dạng một số nguồn gen Địa lan nghiên cứu 129

3.3.1 Kết quả nghiên cứu tập đoàn nhãn bản địa của Việt Nam 1383.3.1.1 Kết quả điều tra, đánh giá về sự phân bố nguồn gen, thu thập mẫu, xây

3.3.1.2 Đánh giá đa dạng di truyền tập đoàn nhãn ở mức hình thái 1413.3.1.3 Kết quả xây dựng bộ tiêu bản ADN, đánh giá đa dạng di truyền và xác định các marker đặc trưng nhận dạng một số nguồn gen nhãn nghiên cứu 1463.3.2 Kết quả nghiên cứu tập đoàn cam bản địa của Việt Nam 1533.3.2.1 Kết quả điều tra, đánh giá về sự phân bố nguồn gen, thu thập mẫu, xây

3.3.2.2 Đánh giá đa dạng di truyền tập đoàn cam ở mức hình thái 1553.3.2.3 Kết quả xây dựng bộ tiêu bản ADN, đánh giá đa dạng di truyền và xác định các marker đặc trưng để nhận dạng chính xác một số nguồn gen cam nghiên

3.4 Kết quả xây dựng quy trình xác định các chỉ thị/marker đặc trưng để nhận

dạng một số nguồn gen trong các tập đoàn nghiên cứu 1853.5 Kết quả xây dựng cơ sở dữ liệu về đa dạng di truyền, sự phân bố các nguồn gen của các tập đoàn lúa Tám, lúa Nếp, lúa Nương, lan Hài, Địa lan, cam, nhãn,

3.5.1 Cơ sở dữ liệu về đa dạng di truyền, sự phân bố các nguồn gen của các tập đoàn lúa Tám và lúa Nếp, lúa Nương nghiên cứu 1903.5.2 Cơ sở dữ liệu về đa dạng di truyền, sự phân bố các nguồn gen của các tập

3.5.3 Cơ sở dữ liệu về đa dạng di truyền, sự phân bố các nguồn gen của các tập

KẾT LUẬN VÀ ĐỀ NGHỊ 193

PHỤ LỤC

CHỮ VIẾT TẮT

AFLP: Amplified Fragment Length Polymorphism

bp: base pair

CpADN: Chloroplast ADN (ADN lục lạp)

CpSSR: Chloroplast Simple Sequence Repeats

cs: cộng sự

CSDL: Cơ sở dữ liệu

CTAB: Cetyl Trimethyl Ammonium Bromide

EDTA: Ethylene Diamine Tetraacetic Acid

EST-SSR: Expressed Sequence Tags - Simple Sequence Repeats GOT: Glutamate Oxaloacetate Transaminase

HAT: High Annealing Temperature

IE: Internet Explorer

IDH: Isocitrate Dehydrogenase

IPGRI: International Plant Genetic Resources Institute

IRRI: International Rice Research Institute

ISSRs: Inter - Simple Sequence Repeats

ITS: Internal Transcribed Spacer

LAP: Leucine Amine Peptidase

MDH: Malate Dehydrogenase

NCBI: National Center for Biotechnology Information

NST: Nhiễm sắc thể

ORF100: Open Reading Frame 100

PCR: Polymerase Chain Reaction

PGI: Phospho Gluco Isomerase

PGM: Phospho Gluco Mutase

PIC: Polymorphic Information Content

QTLs: Quantitative Trait Loci

RAP: Random Amplified Polymorphic DNA

RbcL: Ribulose-bisphosphate Carboxylase

RFLP: Restriction Fragment Length Polymorphism SCARs: Sequence - Characterized Amplified Region SKDH: Shikimate Dehydrogenase

SRFA: Selective Restriction Fragment Amplication SSR: Simple Sequence Repeat

DANH MỤC CÁC BẢNG

TT Danh mục các bảng Trang

2 Bảng 1.2 So sánh các marker ADN được sử dụng rộng rãi ở thực vật 24

3 Bảng 1.3 Danh sách các giống tiêu biểu đã được giám định 30

4 Bảng 2.1 Tên và kí hiệu 26 giống lúa Tám nghiên cứu 33

5 Bảng 2.2 Tên và kí hiệu 27 giống lúa Nếp, lúa Nương nghiên cứu 33

6 Bảng 2.3 Tên và kí hiệu các mẫu giống lan Hài nghiên cứu 34

7 Bảng 2.4 Tên và kí hiệu các mẫu giống Địa lan nghiên cứu 35

8 Bảng 2.5 Tên và kí hiệu các mẫu giống nhãn nghiên cứu 36

9 Bảng 2.6 Tên và kí hiệu các mẫu giống cam nghiên cứu 37

10 Bảng 2.7 Tên và kí hiệu các mẫu giống bưởi nghiên cứu 37

11 Bảng 2.8 Tên, trình tự các mồi RAPD và ITS sử dụng trong nghiên

12 Bảng 2.9 Tên, trình tự và kích thước các mồi SSR sử dụng trong

13 Bảng 2.10 Tên, trình tự và kích thước các mồi SSR sử dụng trong

nghiên cứu nhãn, cam và bưởi 40

14 Bảng 3.1 Các tính trạng hình thái số lượng của 26 giống lúa Tám 58

15 Bảng 3.2 Các tính trạng hình thái chất lượng của 26 giống lúa Tám 60

16 Bảng 3.3 Kết quả đánh giá hương thơm và hàm lượng amyloza của

các giống lúa Tám nghiên cứu 64

17 Bảng 3.4 Kết quả đánh giá tính chống chịu rầy nâu của tập đoàn lúa

20 Bảng 3.7 So sánh kết quả phân loại dựa trên phản ứng phenol và ADN

lục lạp của các giống lúa Tám nghiên cứu 70

21 Bảng 3.8 Kích thước các băng ADN (bp) thu được ở các cặp mồi SSR với

tập đoàn lúa Tám nghiên cứu 71

22 Bảng 3.9 Hệ số PIC, số allele và tổng số băng ADN của từng mồi 74

23 Bảng 3.10 Tỉ lệ dị hợp tử (H%) và tỉ lệ khuyết số liệu (M%)của các giống lúa Tám nghiên cứu 76

24 Bảng 3.11 Kích thước các allele hiếm (bp) ở các cặp mồi SSR với các giống lúa Tám nghiên cứu 79

25 Bảng 3.12 Các tính trạng hình thái số lượng của 27 giống lúa Nếp, lúa

34 Bảng 3.21 Hệ số PIC, số allele và tổng số băng ADN của từng mồi 101

35 Bảng 3.22 Tỉ lệ dị hợp tử (H%) và tỉ lệ số liệu khuyết (M%) của các giống lúa Nếp, lúa Nương nghiên cứu 103

36 Bảng 3.23 Kích thước các allele hiếm (bp) ở các cặp mồi SSR với các giống lúa Nếp, lúa Nương nghiên cứu 105

37 Bảng 3.24 Tên, thời gian ra hoa và vùng phân bố của một số loài lan

38 Bảng 3.25 Danh sách các mẫu giống lan Hài thu thập 112

39 Bảng 3.26 Đặc điểm hình thái lá của một số mẫu giống lan Hài 113

40 Bảng 3.27 Đặc điểm hình thái hoa của một số mẫu giống lan Hài 115

41 Bảng 3.28 Số băng ADN thu được ở 22 mồi RAPD với 16 mẫu giống lan Hài nghiên cứu 118

42 Bảng 3.29 Các đoạn trình tự đặc trưng của các giống/loài lan Hài bản địa

43 Bảng 3.30 Danh sách các mẫu giống Địa lan thu thập 125

44 Bảng 3.31 Đặc điểm hình thái lá của một số mẫu giống Địa lan quí 126

45 Bảng 3.32 Đặc điểm hình thái hoa của nhóm Địa lan quí 127

46 Bảng 3.33 Số băng ADN thu được ở 18 mồi RAPD với 32 mẫu giống Địa lan quí 131

47 Bảng 3.34 Số băng ADN thu được ở 15 mồi RAPD với 30 mẫu giống Mạc

48 Bảng 3.35 Các đoạn trình tự đặc trưng của các giống/loài Địa lan bản địa

49 Bảng 3.36 Kết quả điều tra về thành phần, chủng loại giống nhãn ở các

50 Bảng 3.37 Thời gian ra hoa và thu hoạch của các nhóm giống nhãn 140

51 Bảng 3.38 Danh sách tập đoàn các mẫu giống nhãn thu thập 141

52 Bảng 3.39 Đặc điểm về thân, tán và hình thái lá của các giống nhãn 142

53 Bảng 3.40 Các chỉ tiêu về kích thước lá của các giống nhãn 143

54 Bảng 3.41 Đặc điểm hình thái quả và thời gian thu hoạch của các giống nhãn 144

55 Bảng 3.42 Kích thước quả của các giống nhãn 145

56 Bảng 3.43 Kích thước các băng ADN (bp) thu được ở các cặp mồi SSR với các mẫu giống nhãn nghiên cứu 147

57 Bảng 3.44 Hệ số PIC, số allele và tổng số băng ADN của từng cặp mồi 148

58 Bảng 3.45 Tỉ lệ khuyết số liệu (M%) và tỉ lệ dị hợp (H%) của các mẫu giống nhãn dựa trên kết quả phân tích 10 locus SSR 149

59 Bảng 3.46 Kích thước các allele hiếm (bp) ở các cặp mồi SSR với các mẫu giống nhãn nghiên cứu 152

60 Bảng 3.47 Phân bố của một số giống cam ở Việt Nam 154

61 Bảng 3.48 Danh sách các mẫu giống cam thu thập 155

62 Bảng 3.49 Một số đặc điểm hình thái lá của các dòng/giống cam 156

63 Bảng 3.50 Một số đặc điểm về quả của các giống cam phổ biến ở nước ta 157

64 Bảng 3.51 Kích thước các băng ADN (bp) thu được ở các cặp mồi SSR với các mẫu giống cam nghiên cứu 160

65 Bảng 3.52 Hệ số PIC, số allele và tổng số băng ADN của từng cặp mồi 162

66 Bảng 3.53 Tỉ lệ khuyết số liệu (M%) và tỉ lệ dị hợp (H%) của các mẫu giống cam dựa trên kết quả phân tích 19 locus khác nhau 163

67 Bảng 3.54 Kích thước các allele hiếm (bp) ở các cặp mồi SSR với các mẫu giống cam nghiên cứu 167

68 Bảng 3.55 Phân bố của một số giống bưởi ở Việt Nam 169

69 Bảng 3.56 Danh sách các mẫu giống bưởi thu thập 171

70 Bảng 3.57 Đặc điểm hình thái lá của các mẫu giống bưởi đã thu thập, bảo tồn 172

71 Bảng 3.58 Một số đặc điểm sinh trưởng của các giống bưởi bản địa quí đã thu thập, bảo tồn 173

72 Bảng 3.59 Kích thước các băng ADN (bp) thu được ở các cặp mồi SSR với

73 Bảng 3.60 Hệ số PIC, số allele và tổng số băng ADN của từng cặp mồi 177

74 Bảng 3.61 Tỉ lệ khuyết số liệu (M%) và tỉ lệ dị hợp (H%) của các mẫu giống bưởi dựa trên kết quả phân tích 30 locus khác nhau 178

75 Bảng 3.62 Kích thước các allele hiếm (bp) ở các cặp mồi SSR với các mẫu giống bưởi nghiên cứu 183

DANH MỤC HÌNH ẢNH

TT Danh mục hình ảnh Trang

1 Hình 1.1 Sơ đồ tiến hoá của hai loài lúa trồng 5

2 Hình 3.1 Ảnh đánh giá khả năng kháng rầy nâu của tập đoàn lúa Tám

sau 5 ngày lây nhiễm 64

3 Hình 3.2 Ảnh lây nhiễm bệnh bạc lá tập đoàn lúa Tám ngoài đồng ruộng

4 Hình 3.3 Ảnh đánh giá khả năng chống chịu bệnh bạc lá của tập đoàn lúa

Tám ngoài đồng ruộng (A) và trong nhà lưới (B) sau 11 ngày lây nhiễm 67

5 Hình 3.4 Ảnh phản ứng nhuộm màu phenol của giống lúa Tám trắng

6 Hình 3.5 Các băng ADN lục lạp của hai giống lúa đối chứng và 26 giống

lúa Tám được khuyếch đại bằng mồi ORF100 69

7 Hình 3.6 Ảnh điện di ADN tổng số của các giống lúa Tám 70

8 Hình 3.7 Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa Tám với cặp mồi

RM316 72

9 Hình 3.8 Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa Tám với cặp mồi RM245 75

10 Hình 3.9 Sơ đồ mối quan hệ di truyền của các giống lúa Tám nghiên cứu 77

11 Hình 3.10 Ảnh điện di sản phẩm PCR của các giống lúa Tám với cặp

14 Hình 3.13 Ảnh đánh giá khả năng kháng rầy nâu của tập đoàn lúa Nếp,

lúa Nương sau 5 ngày lây nhiễm 90

15 Hình 3.14 Ảnh lây nhiễm bệnh bạc lá tập đoàn lúa Nếp, lúa Nương

ngoài đồng ruộng 92

16 Hình 3.15 Ảnh đánh giá khả năng kháng bệnh bạc lá của tập đoàn lúa Nếp,

lúa Nương sau 11 ngày lây nhiễm trong nhà lưới và ngoài đồng ruộng 93

17 Hình 3.16 Ảnh phản ứng nhuộm màu phenol của giống lúa Khẩu mèo 96