Giáo trình tin học ứng dụng trong dạy học hóa học phần 2

Vẽ các công thức phân tử 3 chiều đẹp, tiện dụng, có thể copy và paste qua các trinh ứng dụng khác dưới dạng ảnh, chuyển sang word...để chèn vào các ứng dụng khác như văn bản, bài giảng đ

C hem D raw : Hỗ trợ vẽ công thức hóa học, đồng phân cấu tạo, đồng phân hình học, đồng phân quang học với các kiểu công thức khác nhau như Fisher, phối cảnh, Newmen thực hiện tạo các phản ứng hóa học, sơ đồ chuyển hóa Chem 3D: Giúp biểu diễn công thức phân từ dưới dạng 3D Vẽ các công thức phân tử 3 chiều đẹp, tiện dụng, có thể copy và paste qua các trinh ứng dụng khác dưới dạng ảnh, chuyển sang word để chèn vào các ứng dụng khác như văn bản, bài giảng điện tử ngoài ra Chem 3D còn có thể biểu diễn công thức phân tử dưới dạng que, cầu, cầu và que, liên kết hinh trụ.

3 1 1 HictrrtỊỊ dẫn tải phần mềm ChemOffìce

Birớc 1: Download phần mềm

Vào trang chù cùa nhà sản xuất tại địa chỉ https://www.camsoft.com để tải bộ cài đặt phiên bản mới nhất về máy tính Với ChemoíTíce Perfessional 16.0 ta có thể tải phần mềm về máy qua đường Iĩnk sau:

Bu'ó'c 2: Ngắt kết nối internet

Biróc 3: Giải nén filcvới pass: duoc4smp

§ Chem O ffice Proíesstonal 16.rar - W inRA R (evaluation copy)

File Com m ands Tools Favorites Options Help

ẩ p J 2 | 1 B ỉ i t í t o Ổ Ể ' ỉ ậ ® H :

Add Extract To Test Vie w Delete Find Wizard lnfo ! VirusSci

SI , Ị C h e rw ^ — « fcssional 16.rar - RAR archive, unpacked 5ize 365.837.159 bytes1 Extract file ỉ I

Buớc 1: Mở phần mềm, chạy file copló.O.exe*

§ ChemOffice Proíessional 16.far - WinRAR (evaluatỉon copy)

File Commands Tools Favorites Options Help

Add Exừact To Test View Delete Find Wizard lnfo Ị VirusSc

V

VirusScan

E § Chem O ffice Proíessional 16.rar\ChemOffice Professional 16 - RAR archive, unpacked

Biró'c 2: Đăng kí

Sau một thời gian khi xuất hiện hộp thoại yêu cầu đăng kí ta điền thông

tin ờ file Activiition.txt* (Các nội dung có dấu * có tính chất bắt buộc) Điền xong thông tin ấn Activate để hoàn tất đăng kí và tiếp tục cài đặt.

Sau đó cửa sổ mới hiện lên, chọn N e x t để tiếp tục.

ChemOffice Proíessional 2016 Wizard

Please press Next to continue

NO TE: Users wỉth personal firewafls installed on their system

wi!l need to temporarily disable them Rrevvals may be reactivated after the instaíation is complete.

Buóc 3: Chọn / accept the tems in this liccnsc agreement và ấn Nexí

cho mỗi lần hiển thị thông báo

ChemOffice Professional 2016 Wizard

Please scroll to bottom and accept the license agreement to continue P e r k i n E l m o r '

attempt to do so is void

Only a subsequently dated vvritten amendment reíerencing this Agreement and

executed and delivered by both parties can modify this Àgreement

This Agreement IS the complete, exdusive and final agreement betvveen You and

Ucensor; it supereedes replaces and merges all prior and contemporaneous agreements

Communications and underetandings

THE SOFTWARE IS PROTECTED BY UNITED STATES COPYRIGHT LAW AND

INTERNATIONAL TREATY UNAUTHORIZED REPRODUCTION OR DISTRIBUTION IS

SUBJECT TO CIVIL AND CRIMINAL PENALTIES

CopyTight 1998-2016 PetkinĐmer lnformatics Inc a subsidiary of PeĩkinEDmer Inc All Rights

Reserved.

(• I ạ ccỊ^ tl^ terTrỊs Ịn thỊs lkỊense agre€mef^j

c I do not accept the terms in this license agreement

Next > I Cancd

- Ân chọn Custom, sau đó ấn N cxt

ChcmOfficc ProffSiional 2016 Wiurd

Srtpd teđuvs lo rcSổỈ Paridn&tiTXK T>»d-P*ty *tx*cAorii

ữ Pythonlỉ Reqjed for ChemScnpt

p tyhon bdróm 3 i R*qi««d for I*pg OwmScnp)/Fyíion Oiemhnder

<8aek II ÌỊẹứ>J ^ 1

Birớc 4: Cửa sổ khác hiện lèn, chọn Install -* N ext -* chọn I accept the

tems in íhis license agreemenl -* N ext

h«ĩiO*fice Protnuonal 2016 Wư

Pteas* re a thc fòlữMng bcrrtir agreement car»fuf y

□ ChemOr*w 64-M THírtmaí Pr»»*w Gen«i*ion

□ Chem So** 16 0

n Pyfr>on

□ PythOT Ejdcr«ora

IOU and Lacemot, II supetiedtv ttp u ind meiỊỊtỉ âli pnoi and m

conlnnpotmntoui agrecmrnti communicauom and undmttndmpi THE SOmVARÍ IS PROTECTED BV UNTTTD STATES COPYRIGHT LA\V AND CsTERNAĨIONAl rREATY UNALTHORlZED REPRODtcnOV OR DISTRIBimON IS SƯBỈECT TO CIML AND CRIMINAX PENAi TTES Copvnghl 1998-'016 PnVmEbna In/ormaucv Inc i (ubsidury of PaVmEimn Inc

'•) I a ro l t*rmj m the tcemc agre«ment *>r»*

o I do nol a cce p t the terms m *» kemt agreeme^l

< Bad< 1 Next > Ị Cancri

‘ B** 1 LThĩCd C ^ c“ 1

Bước 5:- Chọn Only fo r me -* yVev/ -* /Vex7

PnVm (lm «i C h tm O ft.it Piúlnuenầ 2014 • V 11 »1(1 ^ P « r lW h v f c h ím O H iíi Pro4ctuo

intlal r » 4 X * íồ o r tar

C s

Chọn Custom, sau đó ấn /VtLt/ -* Afev/.

ịị PctkinElmo ChemOffĩce Pfof«sion4l 2016 ’

Choote < M i program h i t r a you <Mnt ra u t e d and H tere ttiey

X I Ể? per*»r»f Imer ChemOHice Protasioml 2016 - Wiaid Cuctan Sctn*

Sdect 9 » pi opam f e a h r « you w an( nstaled

C k * e n tn con r the lr»t b*fc» te change honr « t H « n ■ m

, y ChonBPkvn

i M i

■ & - OwnOraw Aídvti kr 1E

'0«mC»»w PÌJ0HGJ-1 ChenC»»» PV*jn Samp* Pages v U i t t i U M ic lK t r d The

- Chọn ỉnstall dề tiếp tục.

Periu nỉlm er C h em O ffice Prolessional 2016 - VVirard

R c a d y to In s ta il t h f Pro g ra m

The wi:ard IS ready to begm rtiia*«5t)on.

Ckck Instal to begn the nĩtaẵabon.

If you want lo rcv«cw or changc any of your nstdlabon settìngs, ckck Bdck C k k Cancd lo

- Tiêp tục ấn yVeví -♦ Instalì->Finish với các thao tác tương tự như trên

đế kết thúc quá trình cài đặt phần mềm ChemOíĩice

3.1.3.2 Màn hình làm việc cùa chuưng trình

a Thanh đon lệnh File

ChcmL>rsw Hrolesuonil - lUntitled u _ _

Eli* I £dit Qbject 5*ructure ĩ t ữ £urvei Coịori s

- Mờ một tài liệu mới

- Mở tài liệu đã có trên ổ đĩa

- Đóng tài liệu

- Ghi tài liệu vào đĩa

- Ghi và đặt tên khác cho văn bản

- Trả tập tin về tình trạng như lần đầu lưu

- Thiết lập thông số cho tập tin

- Lệnh in

- Sắp xếp tài liệu

- Sap xếp tài liệu theo cách

- Tài liệu tham khảo

- Danh sách tên -Thoát khỏi chương trình

b Thanh đơn lệnh Edii

ộ ChemDraw Proíessional - [Untitled Document-l]^!

S j £ile [ Ịdit I View Object structure Text Curves

Redo Dravving Shift+Ctrl+Z

Repeatnot available Ctrl* Y

c Thanh đưn lệnh View

ộ ChemDrav* Prof«sional - [Untitled D o cu m en t-l]~ ^ B ỊR Ẹ, **

£ile £dit I ỵiew ] Qbject Jjtructuie ĩ ẹ £ Qurves Co|ors Search

I Show Crosshair

Show Rulere

V Show Maln Toolbar

Shovv Biopolymer Toolbar

Shovv BioDravv Toolbâ'

V Shovv General Toolbar

V Shovv Style Toolbár

Shovv Object Toolbar

Shovv Structure Toolb*r

Shovv Chcm BioFind er H otLink Window

Shovv Anatysis Window

Shovv Chem ical Properties Wĩndow

Shovv ln fo W indow

Shovv Penodic Table Window

Shovv Charscter Map Window

Shovv C h em ỉD HotLink Window

Other T oolbart

Templates

V Show Chem ical Wamlngỉ

Shovv Reaction lnterpretabon

- Hiền thị các cõng cụ cho sinh học

- Hiển thị các công cụ chung

- Hiển thị dạng công cụ

- Hién thị dạng đối tượng

- Hiến thị dạng công cụ cấu trúc -H iển thị cửa sổ chi tiết

- Hiển thị các tính chất

- Hiển thị cửa sổ thông tin

- Hiển thị bảng tuần hoàn

- Các ki tự đặc biệt

- Các công cụ khác

- Cảnh báo công thức

Vi dụ: Chọn lệnh View/Show Periodic Table W indow, bảng hệ thống

bàng tuần hoàn các nguyên tố hóa học sẽ xuất hiện Chọn ô nguyên tố bất ki, sẽ xuất hiện tên nguyên to và so thứ tụ của nguyên tố

Ọj File Ẹầ View [ObịectỊ Staiđure Tạt Curves Coịors Search Win(

c

r í

- Thiết lập cho đối tượng

- Cập nhật việc thiết lập cho đối tượng từ

- Cố định độ dài liên kết Ctrl+L

- Cố định góc liên kết Ctrl+E

- Hiến thị công thức hóa học lập thể

- Đính kèm dữ liệu

- T aing tâm của trang

- Rìa, cạnh của trang

- Đưa đối tượng ra trước

- Lùi đối tượng về sau

- Nằm ngang

- Thẳng đứng

- Quay

c Thanh đov lệnh Structure

Check Structure Clesn up Strvjctu'í vleanUpReacticn CleỏnUp B icp cỊm er bpandlâbel Contract Labei txpand Geneic Structure Ada Multi-Center Attachmcnt Add Vanable Attỉchment S-logic Query,.

Add 3D Property Enhínced Stereochemistry Map Reỉction Atoms Clear RíiCtion Map Analyie Stokhiometry Autonumber Rejction Cle»í P.MCtion Numbcrs Predict^-NMRShite Predict “ C-NMR Sh(fts Make Spectrum-Structure Assignment Add Structure to Dicticniry

Shift*Ctrl*R Shift*CtrkJ

vùng chữ nhật

nhập công thức

ỉ / / p r r ễ ì

2 Kí hiệu (rên thanli nicnu

❖ Liên kết đôi: Ta có thểvẽ theo 3 cách sau:

- Dùng công cụ Double Bond

- Click chuột thêm một lần liên kết đơn

- Click chuội phái một lan lên liên két đơn

rồi chọn Double rồi Plain trong bảng dưới

click chuột thêm một lằn đé đổi kiến Hên kết Hoặc làm tương tự rồi chọn Tripble hay Quadr.

❖ Licn kết có h uóng và liên kcl cho nhận:

- Đe vẽ liên kết cho nhận hoặc Hên két cỏ hướng, click chuột phới vào

Hên kết tương ứng trong bùng chọn.

- Để thay đối chiểu cùa liên kết ta nháy chuột vào giữa liên kết, chiều liên kếí sẽ thay đồi.

3.1.3.4 Ví dụ minh họa

V Buức l:V ẽ vòng benzen

Nhắp chuột vào biểu tượng vòng b e n z e n t r ê n thanh công cụ (khi

đó biểu tượng sẽ bị chim xuống so với ban đầu), sau đó đưa con trò ra ngoài màn hinh soạn thảo, nhắp chuột vào vị trí cần vẽ

> Bước 2:Vẽ liên kết đơn

trí cần liên kết (thấy xuất hiện một ô vuông màu xanh hoặc đen tại vị trí cần liên kết) và nhắp chuột

■4 Khi đưa trỏ chuột vào vị trí cần liên kết, nếu chưa thấy xuất hiện ô vuông mà vẫn nhẳp chuột, chương trình sẽ hiểu rằng đây là 2 đối tượng hoàn toàn riêng biệt, không có liên kết với nhau.

> Biróc 3: Vẽ nguyên từ hoặc nhóm nguyên tử

Nhắp chuột vào biểu tượng text A sau đó đưa con trò chuột vào vị trí cần liên kết và nhắp chuột, gõ vào nguyên từ hoặc nhóm nguyên tử (đánh chữ

hoa bang cách nhan giữ phím sh ìft hoặc phím Caps Lock)

■i- Muốn copy sang Word hoặc PovverPoint thục hiện theo các bước sau:

- Nhắp chuột vào một trong 2 biểu tượng trên thanh công cụ để lựa chọn

- Sau khi chọn phân tử cần copy, vào menu Ed.it chọn lệnh copy hoặc sử dụng tổ hợp phím Ctrl+C

- Mờ chương trinh Word, đặt con trò vào vị trí cần dán trên màn hình soạn thảo, sau đó vào menu Edit chọn lệnh Paste hoặc nhấn đồng thời tổ hợp phím

Ctrl+V

> Buó’c 1: Vẽ vòng benzen Nhấn chuột trái vào biểu tượng vòngphân từ

ban đầu), sau đó đưa con trỏ ra ngoài màn hình soạn thảo, nhắp chuột vào vị

trí cần vẽ

> lì tró c 2: Vẽ liên kết đơn

trí cẩn liên kết (thay xuất hiện một ô vuông màu xanh hoặc đen tại vị trí cần liên kết) và nhấn chuột

I Í 1

4- Khi đưa trỏ chuột vào vị trí cần liên kết, nếu chưa thấy xuất hiện ô vuông mà vẫn nhấn chuột, chương trình sẽ hiểu rằng đây là 2 đối tượng hoàn toàn riêng biệt, không có liên kết với nhau

Nhấn chuột vào biểu tượng text A sau đó đưa con trỏ chuột vào vị tri cần liên kết và nhấn chuột, gõ vào nguyên tử hoặc nhóm nguyên tử (đánh chữ hoa bằng cách nhấn giữ phím shift)

.

Tools để cộng thêm chất vào phản ứng

'r Buóc 5: Nhân chuột vào biêu tượng mũi tên ® “ trên thanh công

cụ đê viết chiều tạo ra phản ứng

- l i i ;

Buó'c 6:Lam tương tự như các bước trên đế hoàn thành sản phẩm

2 H / q \ > + C C I 3 - C H O —

> Bu ÓC 1: Vẽ vòng benzen

1** 3 <4 • I -3Ĩ~3

'r Buóc 2: Quay vòng benzen một góc 90” bằng cách nhấn vào biếu

tượng trên thanh công cụ Tools

điền nguyên tố Clo

mgm

cụ để

thanh công cụ Tools để cộng thêm chất vào phản ứng

«1 Ma IM *w» 0*ftt Smxtiat Cinn Catan V«Mth M n H*t

cụ Tools để viết chiều tạo ra phản ứng

công

❖ Cách 2: Chọn Start/Program/ ChemOffice 2016/Chem3D 16.0

3.1.4.2 Màn hình làm việc cùa chutmỊỊ trình

1 Bk9 Thav đồi màu cùa phân tử

Biểu tuọng Y nghĩa

Xoay đối tượng nửa vòng

3 L4.4 Chức năng của một số thanh menu lệnh

$ Chem3D - [Untitled-1]

: File Edit View structure Calculations Surtaces Online W indow Help

a) Thanh đơn lệnh fỉìe

- Mở một tài liệu mới

y - Mở một tài liệu mẫu

- Mờ tài liệu có trẽn ổ đĩa-Lưu tệp đen một chương trình khác

- Đóng cửa sổ

- Lưu tài liệu vào đĩa

- Lưu và đặt tên khác cho văn bản

- Thiết lập thông số cho lệnh in

- Lệnh in

- Lệnh sắp xếp mô hình

- Thoát khỏi chương trinh

h) Thanh đơn lệnh Edit

Lựa chọn tất càLựa chọn một đoạnĐảo đối tượng đã lựa chọn

c) Thanh dan lệnh View

Bảng điều kiến ChemDraw Bảng kĩ thuật

Xuất quá trinh hiến thị ra khỏi hộp Xem trong chuyển động hộp Ọuan sát quang phổ

Xem toàn màn hinh Thanh trạng thái Xem ở ngoài hộp Viết ở hộp

d) Thanh đơn lệnh Struclure

Liên kết xích ma

e) Thanh đơn lệnh Calculalions

C a lc u la tio n s Ị Su rtaces O n lin e

- Bộ phận điều khiển 1 tệp tin

- Giao diện CONFLEX

- Giao diện Gassian

- Giao diện Mopac

- Giao diện AutoDock

f) Thanh đơn lệnh Su/aces

Surtaces ị Online Window Help

Choose Calculation Result ►

g) Thanh đơn lệnh Window

VVindovv Ị H elp

C ascad e

Tile H o riz o n ta lly

Tile V e rtic a lly

- xếp tầng theo chiều ngang

- Xêp tầng theo chiều dọc

- Thay đổi kích thước biểu tượng

- Đóng cửa sổ hiện tại

-Tập lệnh cùa Chem -Bàn phím M odiíiers -Gửi thông tin phản hồi

- Kiểm tra thông tin Updates -Kích hoạt Chem 3D

3.1.4.5 M ỏ hình phân lừ dạng 3D

a Vẽ các phân tử đơn giản: C'H4, C2H4, C2H2, NH3, C2H5OH

❖ C ách 1:

khoảng trắng bẽn tay phải và nhấp chuột

> Khi đó sẽ xuất hiện một khung cho phép nhập kí tự từ bàn phím, gõ

phân tử cần b iểu diễn (C2H5OH ) từ bàn phím.

Nhấn Enter để xem mô hinh phân tử.

M ột số tính năng thưò'ng gặp của Chem 3D

Để xem ờ nhiều góc nhìn khác nhau của phân tử ta nhấn chuột vào

hình tại vị trí có phân tử nhấn giữ chuột trái và di chuột

V Có thê xem phân tử ở các định dạng khác nhau, ta vào biêu tượng

chọn chế độ hiển thị trên thanh công cụ, ví dụ dạng: Cylildrical Bonds

'r Để hiện tên nguyên tử trong công thức ta Ấn

màu rồi nhấn chuột phài chọn Select—♦ Select All Atoms o f Element“H” in this

—> Fragmentta có giao diện bên dưới

> Nhấn chuột trái vào phân từ muốn đồi màu rồi nhấn chuột phải chọn

C olor —+ Select Color, chọn màu mình muốn đổi và nhấn OK

■ i • v.ntmm: OứlJÊtt£ầ!ÌứđStMttSMii^ttẾJtấtiStaBUiSỊkÌỊ *

s T ỉ > \9, " ị ĩ ■ ị i ” « '•

> Để xem các phân tử bị khuất phía sau, ta dùng công cụ Trackball đề

quay tự do bằng tay hoặc bằng các nút công cụ tọa độ X, Y, z.

> Đe khảo sát nguyên tử và liên kết trong cấu trúc phân từ, dùng công

cụ Select:

> Click công cụ Select, di chuyển đến nguyên từ cacbon, thi hộp thông tin xuất hiện về nguyên tử cacbon đó vị trí cacbon trong phân tử, tên kiểu loại liên kết cùa nguyên từ đó

Currerrt

> Di chuyển con trỏ đến liên kết C-C sẽ hiện thông tin chiều dài liên kết

> Để biểu diễn thông tin về góc liên kết trong phân tử, ta chọn vài nguyên từ

> Di chuyển con trỏ đến nguyên từ cần chọn hoặc liên kết thì góc liên

kết cần chọn sẽ xuất hiện

> Đe xem dạng Highest Occupied Molecular Orbital (HOMO):

+ Chọn Surfaces —» Choose Sur/ace —> M oỉecuỉar Orbitaí.

a C h o o ií Cdlculation Result ► "ị- '••• r 1 K í > í ,

-A Choose Surtact » Sol¥fnt Accctuble k

(i Un Radius ► Connolly Moletular

Dispiay M o d í ► Total charọe D ín iity

S u ríaceỉ [ O n lin e W ĩn d o w Help

❖ C ách 2: Chọn biểu tượng (liên kết đơn, nguyên tử ) trên thanh công

cụ sau đó đưa ra ngoài màn hình có phần khung màu trang ChemDrmv -

❖ Cách 3: Vẽ công thức C2H5OH ở ChemDravv rồi vào Vìew chọn

hiện màn hình làm việc cùa Chem3D

b Vẽ các phân tư phức tạp

Các phân tử phức tạp thường có 3 cách vẽ như các phân từ đơn giản

V í dụ 1: Vẽ công thức 3D của phân tử sau: OCH,

O C H ,

Ị j ^ 0.

❖ C á ch 2: Dùng công thức 2D đã vẽ sẵn ở chương trinh C hem D raw

> Buớc 1 :('opy phân lử đã vẽ ớ Chem l)raw, bằng cách nhấn chuột phải

> Btn/C 2.Dán phàn từ đã vẽ vàn ('hem 31), bằng cách nhấn chuột/hai

oai,

Ur.tlo Iicta>iiiible R<Jo r.ol *.jilỉb !«

Cut Copy

Pỉrte PasteSpetul

Convert Níme to Slructure

cttií

Selííl All Do<ument Annotations

1.1' -Z C*r-Z Ctrt.x Ctrl-C

Shift*CW-N Dei Ctrl* A

Co Ụ1 A i

I uil.lodel Types

I c Show Atom Symools

1 Sho\* S trial Nuraberí

I RES Sh ot* R ísidu e L ib e lỉ Show Atom D o ti Show H ydroQ ín Atoms Show rtydrog en B o n d i Shov« to n e Pairs Show Dipole Mcment

> Bước y.-Vẽ trực tiếp phân tử ờ phần ChemDraw - ỈÀvelink (ở phía

bên phải cùa màn hình làm việc)

> Bước 2: Ấn Enter

> Để đoi màu các nguyên lố ta nhấn chuột trái vào nguyên lừ cần đối

đoi và ấn OK.