Patent Yéu t6 nhan dang MEDLINE va PubMed: Dé truy cap bai bao.. - MEDLINE unique identifier MUID: so nguyen - PubMed Co chua tat ca MEDLINE voi yeu to nhan dang: PubMed identifier PMI
Trang 1
«Giới thiệu
*®Mỡ hinh dữ liệu NCBI (tva@n 1)
«Cơ sở dữ liệu trình tự GenBank (tuan 2)
«Cơ sở dữ liệu về câu trúc (án 3)
«Cơ sở dữ liệu bản đồ genom (0uán 4)
Trang 2Các cơ sở dữ liều
ee
¢ Co sd du liéu NCBI (Wational Center for
Biotechnology Information)
¢ Co sod di ligu EMBL-EBI (European Molecular
Biology Laboratory-European Bioinformatics Institute)
¢ Co sd du liéu CIB-DDBJ (Center for Information
Biology-DNA Data Bank of Japan)
Trang 3
Mô hình dữ liệu NCBI
————
se NCBI dựa trên 4 dữ liệu cơ bản:
- Bai bao khoa học
- Trình tự ADN
- Trinh tự protein
- Câu trúc ba chiêu
*® Ngoài ra còn có các cơ sở dữ liệu khác:
- Taxonomy
- Ban do genome
Trang 4¢
Mo hinh d@ liệu NCBI:
Bai bao khoa hoc
——————————————
Tên tác giả
Bài báo: Tên bài báo, tập, số, trang
Patent
Yéu t6 nhan dang MEDLINE va PubMed: Dé truy cap
bai bao
- MEDLINE unique identifier (MUID): so nguyen
- PubMed (Co chua tat ca MEDLINE) voi yeu to nhan
dang: PubMed identifier (PMID)
- Ghi chu: Bai bao co trong MEDLINE sé co ca PMID va
MUID Bai bao chi co trong PubMed sé chi co PMID
- PubMed Central: Bao gom ca cac bài bảo điện tử hoặc trước khi xuất bản chính thức trong các tap chi in
Trang 5
Mô hình dữ liệu NCBI:
Yếu tổ nhận dạng trình tự (SEQ-1Ids)
—————
Locus name: Nhằm cung cấp yếu tố nhận dạng duy nhất
- Có trong GenBank, EMBL va DDBJ
- Gồm một số số (<=10) và chữ in hoa
Accession Number:
- 1 chu in hoa kem 5 so
- Số mới gồm 2 chữ in hoa kèm 6 số
gi Number (GenInfo Identifiers) : yeu to nhan dang cho 1 trinh
tự riêng biệt, bao gôm:
- Trinh tu nucleotid tu DDBJ/EMBL/GenBank
- Trinh tự protein từ dich ma vung CDS
- Trinh tu protein tu SWISS-PROT, PIR, PRF, PDB, patent,
uu diém cua gi:
- Yếu tố nhận dạng trinh tự được sử dụng trong nhiêu CSDL
- Yếu tổ nhận dạng chuyên biệt cho một trinh tự chính xác
- Yếu tố nhận dạng ổn định và dễ truy cập
Trang 6
Mô hình dữ liệu NCBI:
Yếu tổ nhận dạng trình tự (SEQ-1Ids)
———————
¢ Accession.Version Combined Identifier: Do hdp tac
cua GenBank, EMBL va DDBJ dua ra
- Van cho phép, truy cập một bản ghi chỉ dựa trên so
truy cập mà k ong có phiên bản
- Cho phép truy cập trinh tự đã thay đổi sử dụng số
truy cập và số phiền bản
- Cho biết trinh tự đã thay đổi bao nhiêu lần dựa trên
số phiên bản
¢ Accession Numbers on Protein Sequences:
- Accession.version Numbers cũng đã được sử dụng
cho trình tự protein trong CDS feature’s /protein ID
qualifier
- GOm 3 chu in hoa kem 5 so va 1 S60 chi phién ban.