Chẩn đoán trước sinh thai có kết quả siêu âm bất thường bằng kỹ thuật SNP array

Bài viết Chẩn đoán trước sinh thai có kết quả siêu âm bất thường bằng kỹ thuật SNP array bước đầu đánh giá giá trị của kỹ thuật SNP array trong chẩn đoán trước sinh thai có kết quả siêu âm bất thường.

CHẨN ĐOÁN TRƯỚC SINH THAI CÓ KẾT QUẢ SIÊU ÂM BẤT THƯỜNG

BẰNG KỸ THUẬT SNP ARRAY

Phạm Minh Đức 1 , Đoàn Thị Kim Phượng 1,2 , Phan Thị Thu Giang 2 , Bùi Đức Thắng 2 ,

Lê Phương Thảo 2 , Ngô Thị Tuyết Nhung 2 ,Ngô Văn Phương, 2

Trần Danh Cường 1,2 , Hoàng Thị Ngọc Lan 1,2

TÓM TẮT 35

Mục tiêu: Bước đầu đánh giá giá trị của kỹ

thuật SNP array trong chẩn đoán trước sinh thai

có kết quả siêu âm bất thường

Đối tượng và Phương pháp nghiên cứu:

Nghiên cứu mô tả cắt ngang 100 thai nhi có kết

quả siêu âm bất thường được tiến hành chọc hút

lấy mẫu dịch ối để chẩn đoán di truyền trước sinh

bằng kỹ thuật SNP (single nucleotide

polymorphism: đa hình đơn nucleotid) array và

lập công thức nhiễm sắc thể (karyotyping) tại

Bệnh viện Phụ Sản Trung ương

Kết quả:Trong 100 mẫu nghiên cứu, đã phát

hiện 23 thai có bất thường nhiễm sắc thể (NST)

trong đó SNP array phát hiện 22/100 (22%) mẫu

mang bất thường NST,karyotyping phát hiện

11/100 (11%) mẫu mang bất thường NST Trong

nhóm karyotyping có kết quả bình thường,SNP

array phát hiện thêm 12 mẫu mang biến thể số

bản sao (CNV-copy number variation) có ý nghĩa

lâm sàng (CNV gây bệnh và có khả năng gây

bệnh).Trong nhóm karyotypng bất thường, SNP

array phát hiện 10/11 mẫu, không phát hiện được

1 mẫu mang đảo đoạn Trừ 7 mẫu mang bất

thường số lượng NST đơn thuần, ghi nhận 22

1 Trường Đại học Y Hà Nội

2

Bệnh viện Phụ Sản Trung ương

Chịu trách nhiệm chính: Hoàng Thị Ngọc Lan

Email: hoangthingoclan@hmu.edu.vn

Ngày nhận bài: 25/7/2022

Ngày phản biện khoa học: 10/08/2022

Ngày duyệt bài: 27/08/2022

CNV có ý nghĩa lâm sàng (18 CNV gây bệnh và

4 CNV có khả năng gây bệnh) ở 15 mẫu Ngoài

ra, 5 CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng được phát hiện ở 3/100 mẫu Như vậy, SNP array có phát hiện bất thường NST cao hơn kỹ thuậtkaryotyping (22% và 11%)

Kết luận: Kỹ thuật SNP array cải thiện khả

năng phát hiện các bất thường di truyền so vớikaryotyping SNP array tối ưu trong phát hiện mất cân bằng di truyền Phối hợp SNP array và karyotyping để tăng hiệu quả chẩn đoán trước sinh đối với thai nhi có siêu âm bất thường

Từ khóa: SNP array, chẩn đoán trước sinh

SUMMARY PRENATAL DIAGNOSIS OF FETAL

WITH ULTRASOUND ABNORMALITIES BY ARRAY

Objective:The first step to evaluate the value

of SNP array technique in prenatal genetic diagnosis of fetus with morphological

abnormalities on ultrasound

Subjects and method:A cross-sectional

descriptive 100 fetuses with fetal morphological anomalies on ultrasound performed by amniocentesis for prenatal genetic diagnosis by single nucleotide polymorphism array (SNP array) technique and karyotyping at the National

Hospital of Obstetrics and Gynecology

Results: In 100 samples studied, 23 sample

with chromosomal abnormalities, SNP array detected 22/100 (22%) samples with chromosomal abnormalities, karyotyping

detected 11/100 (11%) samples with

chromosomal abnormalities In samples with

normal karyotype, SNP array detected 12

samples with clinically significant copy number

variations(pathogenic CNV, likepathogenic

CNV) In samples with abnormal karyotype,

SNP array detected 10/11 samples, did not detect

1 sample with pericentric inversion Except for 7

samples with onlyabnormal number of

chromosomes,SNP array were detected 22

clinically significant CNVs (18 pathogenic CNV,

4 like pathogenic CNV) in 15 simples In

addition, 5 clinically unknown CNVs

(VOUS-variant of unknown significance) were detected

in 3/100 samples Thus, SNP array has higher

detection of chromosomal abnormalities than

karyotyping (22% and 11%)

Conclusion: SNP array efficient to improve

diagnostic accuracy of chromosomal

abnormalities, compared with conventional

karyotyping SNP array is superior to

karyotyping in detecting chromosomal

imbalances.The combination of both techniques

SNP array and karyotyping increases the ability

to prenatal diagnose of fetal with ultrasound

abnormalities

Key words: SNP array, prenataldiagnosis

I ĐẶT VẤN ĐỀ

Dị tật bẩm sinh là những bất thường về

cấu trúc, chức năng hoặc chuyển hóa xảy ra

khi sinh và do các yếu tố môi trường hoặc di

truyền, hoặc sự kết hợp của hai yếu tố này

hoặc các yếu tố khác chưa được phát hiện

Bất thường nhiễm sắc thể, nguyên nhân hàng

đầu của dị tật bẩm sinh, xảy ra ở 0,5% đến

0,8% của tất cả các dị tật bẩm sinh [1] Các

dị tật bẩm sinh được đánh giá sơ bộ qua khảo

sát hình thái thai bằng siêu âm Bất thường

hình thái thai nhi được chẩn đoán trong 2-3%

các trường hợp mang thaiđòi hỏi cần phải tư

vấn di truyền cũng như tiến hành thủ thuật xâm lấn lấy mẫu để làm các xét nghiệm di truyền chẩn đoán trước sinh [2]

Ở Việt Nam, hiện nay, kỹ thuật chẩn đoán trước sinh về di truyền phổ biến nhất là lập công thức nhiễm sắc thể (karyotyping) cho thai nhi để xác định các bất thường về cấu trúc và số lượng nhiễm sắc thể Tuy nhiên, karyotyping chỉ phát hiện được các bất thường có kích thước lớn hơn 5Mb với độ phân giải cao Các trường hợp bất thường nhiễm sắc thể(NST) có kích thước bé hơn 5Mb sẽ không thể được phát hiện Hơn nữa, thời gian xét nghiệm NST kéo dài do phải nuôi cấy tế bào [3] Với sự phát triển của kỹ thuật di truyền tế bào phân tử, kỹ thuật SNP arrayđã khắc phục những nhược điểm của kỹ thuật lập công thức nhiễm sắc thể.Với độ phân giải cao hơn, kỹ thuật SNP arrayđã phát hiện sự mất cân bằng của toàn bộ gen trong phạm vikbp chỉ trong một lần xét nghiệm và thời gian nhanh hơn do không cần nuôi cấy

tế bào Tại Việt Nam, kỹ thuật SNP array còn rất mới, chưa được ứng dụng rộng trong chẩn đoán di truyền nói chung và chẩn đoán trước sinh nói riêng Vì vậy, chúng tôi tiến

hành nghiên cứu này với mục tiêu: “Bước

đầu đánh giá giá trị của kỹ thuật SNP array trong chẩn đoán trước sinh thai có siêu âm bất thường”

II ĐỐI TƯỢNG VÀ PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU 2.1 Đối tượng nghiên cứu

Đối tượng nghiên cứu là100 thai có kết quả siêu âm bất thường được chỉ định chọc

ối chẩn đoán trước sinh tại Bệnh viện Phụ Sản Trung ương, được xét nghiệm SNP array

và lập karyotype

2.2 Phương pháp nghiên cứu

Phương pháp nghiên cứu mô tả cắt ngang Các thai thuộc đối tượng nghiên cứu sẽ được

chọc hút 20 ml mẫu dịch ối Mẫu dịch ối

được chia làm 2 phần, một phần được nuôi

cấy tế bào dịch ối để phân tích karyotypetheo

tiêu chuẩn ISCN 2020 Phần còn lại thực

hiện kỹ thuật SNP array theo quy trình của

hãng Affymetrix, quét tín hiệu huỳnh quang

nhờ hệ thống GeneChip ™ System 3000 Dx

v2 với loại chip 750K (chứa 750.000

markers, bao gồm 200.000 SNP, phủ toàn bộ

bộ gen bao gồm 80% các gen, CNV được

xác định với ngưỡng phân tích tối thiểu 25

markers và kích thước khoảng hơn 50kb đối

với mất đoạn và 200kb đối với nhân đoạn), phân tích kết quả bằng phần mềm ChAS 4.2 dựa trên các cơ sở dữ liệu nguồn mở Decipher, Clinvar, OMIM

III KẾT QUẢ NGHIÊN CỨU 3.1 Kết quả phân tích chung

Trong 100 mẫu nghiên cứu, SNP array phát hiện được 22 mẫu có bất thường nhiễm sắc thể chiếm tỷ lệ 22% Trong khi karyotyping chỉ phát hiện được 11 bất thường chiếm tỷ lệ 11%

Bảng 1 Kết quả SNP array và kết quả karyotype

Tăng đoạn 21q11.2q22.3(13644166_46673449)x3

(trisomy 21)

47,XY,+21 Hoặc 47,XX,+21

Tăng các đoạn trên NST 13 13q11q12.2(18,862,148_28,177,030)x3 13q12.2q34(28,199,974_114,342,258)x3

(trisomy 13)

47,XY,+13

Tăng các đoạn trên NST 18 18p11.32q23(136,227_77,270,559)x3 18q23(77,271,669_80,255,845)x3

(trisomy 18)

47,XX,+18

Mất đoạn ở NST X Xp22.33q28(561,355_156,003,433)x1

(monosomy X)

45,X

Tăng đoạn ở NST Y Yp11.2q12(2,782,384_26,653,507)x3

kích thước 23871 kbp

47,XYY Tăng đoạn ở NST X- kích thước 2521 kbp

Xp22.33(251,888_2,772,778)x3 Mất đoạn ở NST 9- kích thước 10524 kbp 9q31.2q33.1(106,123,384_116,647,359)x1

6 1 Tăng đoạn NST 9- kích thước 63520 kbp

9p24.3q13(208,455_63,728,413)x4

47,XX,+ der(9)add(9)(q15)

Xp22.33q28(251,888_156,003,433)x1-2 [30]

kích thước 155752 kbp

47,XXY[16]

Mất đoạn NST -18 kích thước 4921 kbp 18p11.32p11.31(136,227_5,057,263)x1 46,XY,add(18) Tăng đoạn NST 13 -kích thước 24634 kbp

13q31.3q34(89,707,930_114,342,258)x3

inv(9)(p11q13)

10 12 Nhân/ mất đoạn nhỏ NST (CNV) bất thường Bình thường

Với 23 bất thường được phát hiện trong

nghiên cứu thì SNP aray phát hiện 22/23 bất

thường Karyotyping phát hiện 11/23 bất

thường SNP array và karyotyping có kết quả

tương đồng ở 7 trường hợp kể cả trường hợp

khảm 1 trường hợp (47,XYY), SNP xác

định thêm đột biến mà karyotyping bỏ sót 2

trường hợp (47,XX,+der(9) add (9)(q15) và

46,XY, add (18)), SNP bổ sung chẩn đoán

khi xác định rõ nguồn gốc vật chất di truyền

mà karyotyping không thể xác định Hơn nữa, SNP array đã phát hiện thêm 12 trường hợp có nhân đoạn hoặc mất đoạn nhỏ nhiễm sắc thể có ý nghĩa lâm sàng mà karotyping trả kết quả bình thường SNP Array không thể phát hiện các bất thường cân bằng vật chất di truyền như đảo đoạn nhiễm sắc thể

3.2 Các dạng bất thường được phát hiện bằng SNP array

Bảng 2 Kết quả phân tích chung SNP array

LOH: loss of heterozygosity – mất tính dị hợp tử

Trong 22 mẫu có bất thường NST, có 9 mẫu bất thường số lượng NST, trong đó có 7 trường hợp đột biến số lượng NST đơn thuần (1 trường hợp khảm) và 2 trường hợp đột biết

số lượng kết hợp cấu trúc.22 CNV có ý nghĩa lâm sàng được phát hiện trong đó có 16 CNV nhân đoạn (72,7%) và 6 CNV mất đoạn (27,3%)

Bảng 3 Đặc điểm các biến thể CNV có ý nghĩa lâm sàng

TT Mã KQ siêu

Kích thước (kpb)

Số marker

Số gen

Gen OMIM

Phân loại CNV

1 129

Khoảng

sáng sau

gáy 3,8

mm

arr[GRCh38] 16p11.2q11.2 (31,915,765_46,516,487)x3 14600 508 23 2 P

2 184 Hygroma

Kystique

arr[GRCh38] 7p22.1 (4,844,897_6,140,547)x3 1296 380 31 14 P

Kystique (31,948,817_35,080,978)x3

4 85

Khe hở

môi 1 bên,

hở vòm

hàm

arr[GRCh38] 16p11.2q11.2 (31,937,115_46,510,717)x3 14574 493 22 1 P arr[GRCh38] 14q32.33

(105,659,008_106,876,229)x3 1217 297 10 1 LP arr[GRCh38] 18p11.21

(14,170,203_15,181,209)x3 1011 160 8 1 P arr[GRCh38] 15q11.2

(23,755,757_24,938,816)x3 1183 408 7 5 P

arr[GRCh38]

Xp22.33(521,847_1,404,511)x3 883 223 9 12 P

5 233 Khe hở

môi 2 bên

arr[GRCh38] 13q31.3q34 (89,707,930_114,342,258)x3 24634 6723 190 79 LP arr[GRCh38] 18p11.32p11.31

(136,227_5,057,263)x1 4921 1460 34 18 p

6 222

Teo một

phần thuỳ

nhộng, HC

Dandy

Walker

arr[GRCh38] 9p24.3q13 (208,455_63,728,413)x4 63520 10205 317 175 LP

7 96

Tứ chứng

Fallot, bất

thường tư

thế chi

dưới

arr[GRCh38] 22q11.21 (18,153,983_21,110,475)x1 2956 1192 81 45 P

8 177

Tứ chứng

Fallot

arr[GRCh38] 9q31.2q33.1 (106,123,384_116,647,359)x1 10524 2718 86 52 P arr[GRCh38] Yp11.2q12

(2,782,384_26,653,507)x3 23871 4135 115 39 P arr[GRCh38] Xp22.33

(251,888_2,772,778)x3 2521 748 24 25 P

9 169 Teo chít

van 3 lá

arr[GRCh38] 16p13.11p12.3 (14,816,302_16,764,475)x1 1948 552 51 14 P

10 242 Thiểusản

thất trái

arr[GRCh38] 11p11.12q11 (49,816,856_54,716,000)x3 4899 180 7 1 LP

11 123

Hẹp ĐM

phổi, phù thai

arr[GRCh38] Xp22.33

12 165 Giãn

niệu

arr[GRCh38] 4q34.1q35.2 (175,205,219_189,274,455)x1 14069 3364 77 36 P

quản 1

bên

13 171 Thoát vị

rốn

arr[GRCh38] 16p12.2 (21,394,007_21,919,927)x1 526 54 16 3 P

14 224

U quái

vùng cùng cụt

arr[GRCh38] 16p11.2p11.1 (31,948,817_35,466,780)x3 3518 252 18 1 P

15 94

Ruột non tăng

âm vang,

ổ bụng

có dịch

arr[GRCh38] 16p11.2 (31,948,817_35,171,510)x3 3223 188 16 1 P

(P: gây bệnh; LP, có khả năng gây bệnh)

OMIM: Online Mendelian Inheritance in

Man

Trong 100 mẫu nghiên cứu, SNP arrayđã

phát hiện 22 CNV ở 15 trường hợp (15%),

trong đó 18 CNV được phân loại gây bệnh

(81,8%), 4 CNV có khả năng gây bệnh

(18,2%) Biến thểcó kích thước lớn nhất là

CNV tăng đoạn 63519 kbp trên nhiễm sắc

thể số 9ở băng 9p24.3q13 được phân loại có

khả năng gây bệnh ở 10205 marker chứa 317 gen, có 175 báo cáotrên OMIM, với siêu âm thai có teo một phần thuỳ nhộng và bất thường liên quan với hội chứng Dandy- Walker Biển thể có kích thước nhỏ nhất là CNV nhân đoạn 466 kbp trên vùng tương đồng X và Y ở băng Xp22.33 hoặc Yp11.31p11.2 được phân loại gây bệnh ở

122 marker chứa 1 gen SHOX có 2 báo cáo trên OMIM

Bảng 4 Đặc điểm các biến thể CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng (VOUS)

STT Mã Kết quả

Kích thước (kb)

Số marker

Số gen

Gen OMIM

1 126 Hygroma

kystique

arr[GRCh38]

9q34.11q34.12 (129152224_130727848)x1

2 129

Khoảng sáng sau gáy 3.8mm

arr[GRCh38] 8q11.1 (46,030,039_47,060,130)x3 1030 228 2 1 arr[GRCh38] 10p11.21

(36,928,473_37,747,486)x3 819 196 3 1

3 143 Thông

liên thất

arr[GRCh38] 2q36.3 (227,928,852_228,551,581)x1 623 136 2 1

arr[GRCh38]

5p15.33(408,094_1,005,932)x3 598 168 16 7 VOUS: variant of unknown significance

Trong 100 mẫu nghiên cứu, SNP đã phát

hiện 5 CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng Các

CNV thường có kích thước nhỏ và chưa đủ

dữ liệu để kết luận phân loại tuy nhiên đã có

những báo cáo lâm sàng phù hợp Ví

dụ,trường hợp mã 126, CNV mất đoạn có

kích thước 1576 kbp chứa 4 Morbid Gen:

EXOSC2 (thể trạng thấp, giảm thính lực,

viêm võng mạc sắc tố), ASS1

(Citrullinemia), TOR1A (rối loạn trương lực

cơ), và PRDM12 (liên quan tới rối loạn thần

kinh, mất cảm giác tự chủ)

IV BÀN LUẬN

Nghiên cứu trên 100 thai có siêu âm bất

thường được chỉ định chẩn đoán trước sinh,

tiền hành đồng thời 2 xét nghiệm trên mẫu

dịch ối: Lập karyotype từ tế bào ối nuôi cấy

và xét nghiệm SNP arraytừ mẫu ối tươi.Trên

cơ sở dữ liệu OMIM, Clinvar, Decipher,

tham chiếu bộ gen người GRCh38, chúng tôi

đã phân tích và đánh giá kết quả Tỷ lệ phát

hiện bất thường bằng SNP array là 22%

(22/100), trong đó 7% (7/100) bất thường số

lượng NST đơn thuần, 2% (2/100) bất

thường số lượng kết hợp cấu trúc NST, 1%

(1/100) trường hợp bất thường cấu trúc NST

và 12/100(12%) trường hợp có CNV có ý

nghĩa lâm sàng dưới mức phát hiện của kính

hiển vi (không phát hiện qua karyotyping)

Tỷ lệ phát hiện trường hợp có bất thường

NST và tỷ lệ có CNV có ý nghĩa lâm sàng

dưới mức phát hiện của kính hiển vi của

chúng tôi cao hơn nghiên cứu của Jingjing

Xiang và các cộng sự thực hiện năm 2020

(22% so với 16,5% và 12 so với 4,5%) [4]

Sự khác biệt này là có thể do cỡ mẫu khác

nhau, tỷ lệ các bất thường trên siêu âm của

mẫu là khác nhau

Loại trừ 7 trường hợp bất thường số lượng

NST đơn thuần, trong 15 mẫu còn lại, chúng

tôi phát hiện 22 CNV có ý nghĩa lâm sàng nằm ở các vị trí khác nhau của nhiễm sắc thể

và trên các nhiễm sắc thể khác nhau Kích thước các CNV cũng đa dạng với lớn nhất là 63.519 kbp và nhỏ nhất là 466 kbp.CNV kích thước 63.519 kbp được xếp vào loại có khả năng gây bệnh tuy nhiên CNV có kích thước nhỏ nhất 466 kbp được phân loại gây bệnh.Như vậy, kích thước CNV không hẳn

có vai trò quyết định ý nghĩa lâm sàng của biến thể mà phụ thuộc chủ yếu vào vị trí và chức năng các gen chứa trong vùng đó So sánh giữa các CNV tăng đoạn và CNV mất đoạn, các CNV nhân đoạn có kích thước trung bình lớn hơn so với CNV mất đoạn Hơn nữa, tỷ lệ CNV mất đoạn phân loại gây bệnh là 100% (6/6) cao hơn tỷ lệ CNV nhân đoạn phân loại gây bệnh (75%, 12/16) Chứng tỏ, mất các gen ảnh hưởng đến chức năng sống nhiều hơn là nhân gen

Theo kết quả của chúng tôi, SNP array đã phát hiện thêm 12 trường hợp có CNV bất thường mà phương pháp lập karyotyping không phát hiện được Khả năng phát hiện bất thường NST, vi NST nói chung của SNP array là ưu việt hơn so với karyotyping (22%

và 11%) Nghiên cứu của Hailong Huang và cộng sự năm 2022 thực hiện trên 803 thai nhi

có bất thường siêu âm, tỷ lệ phát hiện bất thường di truyền bằng SNP array và karyotyping lần lượt là 11,1% và 4,5% [5] Theo nghiên cứu của Jingjing Xiang và cộng

sự, SNP array phát hiện thêm 7,8% bất thường trong các mẫu có karyotyping bình thường [4] Tuy tỷ lệ có sự khác biệt giữa cácnghiên cứu nhưng đều thể hiện rằng SNP array tăng khả năng phát hiện bất thường NST so với karyotyping

SNP array hoàn toàn có thể phát hiện trường hợp khảm 46,XY/47,XXY và tỷ lệ khảm chính xác hơn so với công thức nhiễm

sắc thể do đánh giá được toàn bộ lượng DNA

của mẫu so với đánh giá từng tế bào của kỹ

thuật karyotyping Ở trường hợp trên SNP

array phát hiện khảm 30% tương đồng với

kết quả của karyotyping, tương tự với nghiên

cứu của Melanie Manning và cs,SNP array

có thể phát hiện được các trường hợp khảm

có tỷ lệ >10% đối với trường hợp lệch bội và

> 20-30% với các bất thường cấu trúc NST

dạng mất cân bằng [6]

Trường hợp mã 177, karyotyping có kết

qủa 47,XYY, đã phát hiện bất thường số

lượng NST Y nhưngSNP array ngoài phát

hiện bất thường trên NST Ythì còn phát hiện

thêm mất đoạn kích thước 10524 kbp ở NST

9 vàtăng đoạn kích thước 2521 kbp ở NST

X Từ trường hợp trên có thể thấy đột biến

có kích thước từ 5-10 MB rất khó có thể phát

hiện bằng karyotyping, đặc biệt khi phát hiện

1 đột biến lớn hơn rất dễ bỏ sót những đột

biến nhỏ SNP array đã khắc phục được

nhược điểm này của karyotyping

Trường hợp mã 222, karyotyping đã phát

hiện đột biến có 3 NST 9 nhưng độ phân giải

của kỹ thuật kém nên xác định được có đột

biến cấu trúc ở NST 9 thứ 3 nhưng không thể

xác định rõ nguồn gốc của vật chất di truyền

trên nhánh dài của NST Kết hợp với SNP

array, kết quả tăng 2 lần đoạn 9p24.3q13

kích thước 63520 kbp ở NST 9 Như vậy,

NST 9 thứ 3 bất thường được hình thành do

nhân đoạn 9p24.3q13 Kết hợp karyotyping

và SNP array nâng cao khả năng xác định cơ

chế đột biết và nguồn gốc của vật chất di

truyền

Tương tự là trường hợp mã 233,

karyotyping xác định có đột biến thêm đoạn

trên nhánh ngắn của NST 18 nhưng không

xác định được nguồn gốc của vật chất di

truyền được thêm vào SNP array cho kết

quả mất đoạn 18p11.32p11.31 kích thước

4921 kbp ở NST 18 và tăng đoạn 13q31.3q34kích thước 24634 kbp ở NST 13 Như vậy, nhờ có SNP array, phần vật chất di truyền được thêm vào NST 18 có nguồn gốc

từ NST 13, cụ thể là đoạn 13q31.3q34 Và rất có thể đây là kết quả của chuyển đoạn tương hỗ giữa NST 13 và NST 18 của bố hoặc mẹ Do vậy cần xét nghiệm trên bố mẹ

để xác định Qua trường hợp trên có thể thấy, SNP array có ưu điểm vượt trội hơn karyotyping, không những có thể xác định được đột biến kích nhỏ khoảng 100 kpb mà còn xác định chính xác hơn vị trí, độ dài của đột biến

Nghiên cứu của chúng tôi, đã phát hiện 5 CNV chưa rõ ý nghĩa lâm sàng ở 3/100 (3%) trường hợp.Tỷ lệ VUS ít hơn 5% tương tự với nghiên cứu của Lisa G Shaffer và cs [7] Những CNV trên thường có đặc điểm có kích thước không quá lớn và chưa đủ dữ liệu

để phân loại nhưng đã có những báo cáo lâm sàng phù hợp Ví dụ, trường hợp mã 126 mất đoạn CNV kích thước 1576 kpb kbp chứa 4 Morbid Gen: EXOSC2 (thể trạng thấp, giảm thính lực, viêm võng mạc sắc tố), ASS1 (Citrullinemia), TOR1A (rối loạn trương lực cơ), và PRDM12 (liên quan tới rối loạn thần kinh, mất cảm giác tự chủ) Trường hợp mã

129, SNP array phát hiện CNV tăng 1030 kbp trên nhánh dài nhiễm sắc thể số 8, chứa

1 gene OMIM LINC00293 (609543),phát hiện CNV tăng 819.014 bp trên nhánh ngắn nhiễm sắc thể số 10, chứa 1 gene OMIM ANKRD30A (610856) Các gen nêu trên đều chưa có mối liên quan với kiểu hình OMIM Hiện tại, tuy các CNV chưa đủ dữ kiện để phân loại nhưng là dữ liệu tham khảohỗ trợ

tư vấn di truyền Hơn nữa, các CNV này nếu được lưu ý và báo cáo trên các cơ sở dữ liệu, khi nguồn dữ liệu đủ lớn sẽ đủ căn cứ để phân loại gây bệnh hay lành tính.SNP array

chưa hoàn toàn có thể thay thế kỹ thuật

karyotyping do không thể phát hiện các bất

thường NST dạng cân bằng như trường hợp

mã 95 (đảo đoạn quanh tâm NST số 9).Tuy

nhiên tỷ lệ bất thường cân bằng NSTthường

rất thấp, nghiên cứu của chúng tôi là 1/100

(1%), nghiên cứu của Malgorzata và cộng sự

là 2/3076 (0,065%) [8] Hơn nữa, các đột

biến cấu trúc dạng cân bằng đa số được báo

cáo lành tính

Thời gian để có kết quả SNP array trong

khoảng 5-7 ngày ngắn hơn so với phương

pháp lập karyotyping (14-21 ngày) giúp đưa

ra những can thiệp kịp thời, đặc biệt ở những

thai nhi phát hiện bất thường siêu âmở những

tuần thai lớn Nghiên cứu của chúng tôi thực

hiện thành công 100% mẫu nghiên cứu ở 2

kỹ thuật nhưng với cỡ mẫu lớn hơn như

nghiên cứu của Hailong Huang và cs với 803

mẫu, kỹ thuật lập karyotyping thực hiện

thành công 99,8%, còn SNP array thực hiện

thàng công ở 100% mẫu [5] Điều này có thể

dolập karyotyping cần phải được tiến hành từ

tế bào ối nuôicấy mà tế bào ối là những dạng

tế bào bong, đa số là tế bào chết, một lượng

nhỏ tế bào sống nên đôi khi khả năng phát

triển tăng sinh của tế bào bị hạn chế và thời

gian nuôi cấy kéo dài hơn nên có thể dẫn đến

sự thất bại của mẫu nuôi cấy tế bào

Kết hợp bất thường siêu âm và kết quả

SNP array, ta có thể thấy một trường hợp có

thể mang nhiều CNV có ý nghĩa lâm sàng

khác nhau như các trường hợp mã 85(5

CNV), 177 (3 CNV), 233 (2 CNV) Điều này

cũng gây khó khăn trong phân tích cũng như

tư vấn di truyền,vì vậy kết quảCNV cần phải

được tra trên nhiều cơ sở dữ liệu khác nhau

để so sánh, giải thích cơ chế gây bệnh và cần

thiết phải phối hợp với các kết quả sàng lọc

trước sinh (kết quả siêu âm thai hay kết quả

của NIPT…) và có thể kết quả di truyền của

thai phụ và chồng để đưa ra những kết quả phù hợp nhất cho thai

Với cùng một bất thường siêu âm nhưng các trường hợp khác nhau lại có các bất thường di truyền khác nhau như các trường hợp mã 184 và 241 (cùng biểu hiện hygroma kystique), các mã 129 và 202(cùng biểu hiện tăng khoảng sáng sau gáy) Như vậy, một bất thường siêu âm có thể có rất nhiều trường hợp bất thường di truyền xảy ra

8/15 trường hợp có CNV có ý nghĩa lâm sàng có bất thường hệ thống tim mạch, chiếm tỷ lệ hàng đầu, tương tự với nghiên cứu của Jennifer C Donnelly và cộng sự [9] Theo hướng dẫn thực hành về ứng dụng của array trong chẩn đoán trước sinh của Hiệp hội sản phụ khoa Canada (CCMG-SOGC) năm 2018, array được chỉ định trong chẩn đoán trước sinh ở những trường hợp sau [10]:

• Trường hợp thai nhi có phát hiện đa dị tật trên siêu âm sản khoa

• Các dị tật cấu trúc đơn độc có kèm theo các bất thường siêu âm khác (ví dụ: chậm phát triển trong tử cung (IUGR), thiểu ối) không nên xem xét riêng rẽ Do đó, nếu xét nghiệm nhanh lệch bội (rapid aneuploidy detection - RAD) cho kết quả bình thường, thai phụ nên làm thêm xét nghiệm array trước sinh

• Trong trường hợp siêu âm phát hiện dị tật cấu trúc đơn độc, xét nghiệm array trước khi sinh nên được cân nhắc chỉ định cho những dị tật có tần suất kết quả bất thường cao (thần kinh, tiêu hóa, cơ xương khớp, tim mạch)

• Siêu âm thai nhi có độ mờ da gáy (NT)

≥ 3,5 mm, thai phụ nên được khuyến khích làm array trước sinh

Như vậy với 100 thai có kết quả siêu âm bất thường, chúng tôi sử dụng SNP array

phối hợp với phương pháp lập karyotype đã

tăng hiệu quả của chẩn đoán trước sinh, đưa

ra những can thiệp phù hợp cho thai và gia

đình, giúp nâng cao chất lượng dân số

V KẾT LUẬN

Kỹ thuật SNP array đã phát hiện 22% các

bất thường NST Phương pháp lập

karyotyping phát hiện 11% bất thường NST

SNP array đã làm tăng khả năng phát hiện

bất thường NST so với phương pháp lập

karyotyping SNP array tối ưu trong phát

hiện mất cân bằng NST ở mức từ 100 kb

Phối hợp SNP array và karyotyping để tăng

hiệu quả chẩn đoán trước sinh đối với thai có

kết quả siêu âm bất thường

TÀI LIỆU THAM KHẢO

1 Harris BS, Bishop KC, Kemeny HR,

Walker JS, Rhee E, Kuller JA Risk Factors

for Birth Defects Obstet Gynecol Surv

2017;72(2):123-135

doi:10.1097/OGX.0000000000000405

2 Mastromoro G, Guadagnolo D, Khaleghi

Hashemian N, Marchionni E, Traversa A,

Pizzuti A Molecular Approaches in Fetal

Malformations, Dynamic Anomalies and Soft

Markers: Diagnostic Rates and Challenges—

Systematic Review of the Literature and

Meta-Analysis Diagnostics 2022;12(3):575

doi:10.3390/diagnostics12030575

3 Patel A, Cheung SW Application of DNA

Microarray to Clinical Diagnostics Methods

Mol Biol Clifton NJ 2016;1368:111-132

doi:10.1007/978-1-4939-3136-1_9

4 Xiang J, Ding Y, Song X, et al Clinical

Utility of SNP Array Analysis in Prenatal

Diagnosis: A Cohort Study of 5000

Pregnancies Front Genet 2020;11:571219 doi:10.3389/fgene.2020.571219

5 Huang H, Cai M, Xue H, Xu L, Lin N

Single nucleotide polymorphism array in genetic evaluation of fetal ultrasound abnormalities: a retrospective follow-up study Am J Transl Res

2022;14(5):3516-3524

6 Manning M, Hudgins L Array-based

technology and recommendations for utilization in medical genetics practice for detection of chromosomal abnormalities Genet Med 2010;12(11):742-745 doi:10.1097/GIM.0b013e3181f8baad

7 Shaffer LG, Rosenfeld JA, Dabell MP, et al

Detection rates of clinically significant genomic alterations by microarray analysis for specific anomalies detected by ultrasound Prenat Diagn 2012;32(10):986-995 doi:10.1002/pd.3943

8 Srebniak MI, Boter M, Oudesluijs GO, et

al Genomic SNP array as a gold standard for

prenatal diagnosis of foetal ultrasound abnormalities Mol Cytogenet 2012;5(1):14 doi:10.1186/1755-8166-5-14

9 Donnelly JC, Platt LD, Rebarber A, Zachary J, Grobman WA, Wapner RJ

Association of Copy Number Variants With Specific Ultrasonographically Detected Fetal Anomalies Obstet Gynecol

2014;124(1):83-90 doi:10.1097/AOG.0000000000000336

10 Armour CM, Dougan SD, Brock JA, et al

Practice guideline: joint CCMG-SOGC recommendations for the use of chromosomal microarray analysis for prenatal diagnosis and assessment of fetal loss in Canada J Med

doi:10.1136/jmedgenet-2017-105013