NGUYEN TAT THANHTHỤC HỌC - THỤC HÀNH - THỤC DANH - THỤC NGHIỆP KHÓA LUẬN TÓT NGHIỆP ĐẶC ĐIÈM HÌNH THÁI, PHÂN TỬ VÀ ĐẶC TÍNH XÂM NHIỄM, SINH HỌC CỦA TÁC NHÂN GÂY BỆNH TEO ĐẦU LÁ NHA ĐAM
Tình hình sản xuất và che biến nha đam trên Thế Giới và Việt Nam
Tình hình sản xuất và chế biến nha đam trên Thế Giới
Nha đam (Aloe vera), hay Lô Hội, là một loài thuộc chi Aloe và họ Liliaceae, có khoảng 400 loài; Aloe vera dễ trồng cho năng suất cao với lá xanh thẫm, bẹ lá to, không cuống, mọc thành vành rất sít nhau, dày và mép răng cưa thô Cây có thân ngắn, gồ ghề, và cụm hoa dài khoảng 1 m, mọc thành chùm với hoa màu vàng xanh lục nhạt lúc đầu rồi đứng sau rũ xuống; quả nang hình trứng thuôn, lúc đầu xanh sau chuyển sang nâu và dai Nha đam chịu được thời tiết khô nóng và có nguồn gốc từ châu Phi Nha đam chứa nhiều vitamin A, B1, B2, B6, B9, C và E; các loại đường như galactose, mannose và glucuronic; các enzyme như catalase, amylase, oxidase và amirase; và khoáng chất như kẽm, magie, sắt, natri, canxi và mangan.
Khoảng 4000 năm trước, nha dam được sử dụng trên thế giới như một loại cây dược liệu có tác dụng nhuận tràng, sau đó được sử dụng rộng rãi hơn trong lĩnh vực y học với nhiều công dụng khác nhau 3 Lá nha dam chứa hàm lượng gel rất cao, gel này được báo cáo là rất hiệu quả trong điều trị đau và vết thương, ung thư da, bệnh ngoài da, cảm lạnh và ho, táo bón, nhiếm trùng đống và nấm3’5 Trong khi Davis và Moro (1989)
6 báo cáo rằng gel nha dam có the sử dụng đe điều trị bệnh hen suyễn, loét và tiếu đường Trong đời sống hàng ngày, nha dam có những công dụng đáng kể cho sức khỏe như: ức chế đau, giảm viêm, làm lành vết thương và tẩy sạch các tế bào sừng trên da, tăng cường giải độc cho cơ thể nhờ tăng cường chuyển hóa tại gan và thận, ngăn ngừa ung thư và được coi là “thần dược” trong lĩnh vực chăm sóc sắc đẹp hiệu quả Thêm vào đó, một số thành phần trong cây nha dam cũng mang lại những giá trị đáng kể cho cơ thể.
Nha đam là cây chịu khí hậu khắc nghiệt, có khả năng trồng được ở các khu vực khô hạn trên thế giới từ vùng nhiệt đới Bắc Mỹ, Caribe, Châu Phi, Nam Á, Đông Nam Á đến Australia; khoảng 4000 năm trước công nguyên, người Ả Rập ở Trung Đông đã biết dùng nha đam để phục vụ cho cuộc sống và sau đó cây xuất hiện ở nhiều nước như Ấn Độ, Trung Quốc, Malaysia, Mexico, Cuba Hiện nay, Mỹ là nước sản xuất nha đam lớn nhất thế giới với diện tích lên tới 20.000 ha và là nguồn nguyên liệu đầu vào cho các nhà máy chế biến thực phẩm, mỹ phẩm Nha đam phát triển tốt trên đất phì nhiêu, chịu được độ pH và nồng độ muối Na+, K+ cao; tuy nhiên nó phát triển nhanh hơn trên đất thịt có độ phì nhiêu trung bình như đất đen nhiệt đới ở Ấn Độ Trên thế giới, nha đam thường được canh tác trên đất mùn pha nước hoặc mùn pha cát có độ phì vừa phải và có pH lên đến 8,5 Đất trồng nha đam không cần phải cày xới quá sâu vì bộ rễ ăn sâu khoảng 20–30 cm, nhưng đất cần tơi xốp, thoát nước tốt để tránh ngập úng do độ mặn cao Nha đam sinh sản bằng cây con từ đầu mút rễ hoặc từ thân rễ Mặc dù chịu hạn tốt, nha đam vẫn phát triển tốt nhất trên đất ấm vừa phải; người ta thường gieo trồng vào mùa mưa từ tháng 7–8 và nếu có hệ thống tưới tiêu ổn định thì có thể trồng quanh năm trừ mùa đông Thực tế cho thấy nha đam đáp ứng rất tốt với phân hữu cơ như phân chuồng, phân ủ, và nên bón định kỳ 15–20 ngày/lần; sau 18 tháng kể từ lúc gieo hạt, có thể thu hoạch nha đam.
5 năm trước khi phải gieo trồng lại toàn bộ ở Án Độ, mức thu hoạch nha đam hữu cơ khoảng 12 tấn trọng lượng tươi/ha 7.
Tình hình sản xuất và chế biến nha đam tại Việt Nam
Ở nước ta, nha đam mọc hoang dại ở các tỉnh miền Nam Trung Bộ như Phú Yên, Khánh Hòa, Ninh Thuận, Bình Thuận và ở các vùng đất cát ven biển; ngoài ra cũng có nhiều cây lô hội trồng ở miền Bắc, Huế, Quảng Trị có lá ngắn hơn, chưa ra hoa, chủ yếu trồng làm cảnh Điều kiện thổ nhưỡng thích hợp cho nha đam là vùng đất cát khô hạn ven biển các tỉnh Nam Trung Bộ và có thể mở rộng trồng trên đất cát và đất đồi núi trọc vùng thấp dọc ven biển các tỉnh Bắc Trung Bộ Đất trồng có độ pH từ 5–7,5, thành phần cơ giới nhẹ đến trung bình nhưng phải thoát nước tốt, không bị ngập úng Nha đam có thể trồng bằng hạt, nhưng hiệu quả nhất là sử dụng giống sinh dưỡng Cây một năm tuổi trở lên sẽ mọc nhiều chồi nhánh từ gốc, trung bình mỗi cây có 3–4 chồi nhánh, cắt những chồi này sát với thân mẹ để làm giống trồng Nha đam được trồng chủ yếu vào đầu mùa mưa khi đất đã đủ ẩm Mật độ trồng khoảng 6.700 đến 10.000 cây/ha, khoảng cách 1,5 x 1,0 m hoặc 1 x 1 m Bón lót cho mỗi hố trồng 1,5–2 kg phân chuồng hoai, có thể trộn thêm 1–2% đạm ure với phân chuồng để bón lót Không nên bón quá nhiều phân hóa học, tuy làm cây xanh tốt hơn nhưng chất lượng sản phẩm kém Mỗi năm chăm sóc 1–2 lần, chủ yếu vun xới đất quanh gốc Hiện nay có nhiều doanh nghiệp đã nghiên cứu và đưa vào sản xuất các sản phẩm chiết xuất từ cây nha đam tại Việt Nam như Rita, Dona Newtower, Nhật Hồng và Tribeco, kem mặt nạ nha đam E100, kem E-nha đam của Đại Việt Hương (Cần Thơ), sữa chua nha đam của Vinamilk, đặc biệt Công ty CNSH Việt - Mỳ - Úc (V.U.A) là một trong những doanh nghiệp đi đầu trong sản xuất các sản phẩm từ cây nha đam ở Việt Nam (theo Sở Nông Nghiệp và Phát Triển Nông Thôn Tỉnh Ninh Thuận).
Thực trạng trồng nha đam tại Ninh Thuận 9
Ninh Thuận được xem là xứ sở của nắng và gió, với khí hậu bán khô hạn và nhiệt độ trung bình hàng năm vào khoảng 26–27°C, tổng lượng nhiệt lên tới 9.500–10.000°C Gió nhiều và đất dạng cát pha là điều kiện thuận lợi cho nha đam phát triển và mở rộng quy mô sản xuất tại vùng đất này.
Cây nha dam được trồng lâu trên địa bàn tỉnh Ninh Thuận và được xem là sản phẩm nông nghiệp đặc thù của tỉnh, bên cạnh nho, táo, tỏi, măng tây và mủ trôm; đây là loại cây dễ trồng, có năng suất cao và cho hiệu quả rất lớn ở những vùng đất ven biển Diện tích trồng nha dam năm 2015 đạt 387 ha, năng suất đỉnh 39 tấn/ha/tháng và sản lượng 181 tấn/ha/năm, tập trung ở thành phố Phan Rang - Tháp Chàm với 333,1 ha; diện tích trồng hàng năm biến động lớn, từ 200-400 ha, năng suất khoảng 35-39 tấn/ha/tháng Năm 2016, Phan Rang trồng 402 ha và sản lượng đạt 59.791 tấn; hiện tại do mở rộng quy hoạch đô thị, diện tích trồng nha dam đang dần thu hẹp Bên cạnh đó, canh tác nha dam còn nhiều khó khăn trước biến đổi khí hậu và thời tiết thất thường, mưa kém kéo dài khiến cây bị úng và nhiễm bệnh gây thiệt hại cho người trồng Để phát triển diện tích trồng, cần nhiều giải pháp kết hợp với chính sách và quy hoạch về diện tích của tỉnh, đồng thời quy trình canh tác cần được chuẩn hóa hướng tới phát triển bền vững theo Sở Nông Nghiệp và Phát Triển Nông Thôn tỉnh Ninh Thuận. -**Support Pollinations.AI:** -🌸 **Ad** 🌸Powered by Pollinations.AI free text APIs [Support our mission](https://pollinations.ai/redirect/kofi) to keep AI accessible for everyone.
Bệnh hại trên cây nha đam
Theo Kunal Mandal và Satyabrata Maiti (2005), bệnh thối mềm lá nha đam được phát hiện lần đầu ở Ấn Độ vào năm 2000 do vi khuẩn Pectobacterium chrysanthemi gây ra Triệu chứng của bệnh bắt đầu trên lá dưới dạng những đốm sũng nước, sau đó lan rộng ra bẹ lá và gây thối nhũn rất nhanh chỉ trong vòng 2–3 ngày.
Năm 2008, Kamalakannan và cộng sự công bố kết quả xác định tác nhân gây bệnh đốm lá trên nha dam là nấm Alternaria alternata Triệu chứng điển hình là lá xuất hiện đốm nhỏ tròn hoặc oval, màu nâu tối, đường kính trung bình khoảng 1,0 mm Vết bệnh bắt đầu từ đầu lá, lan xuống dưới làm giảm diện tích quang hợp và ảnh hưởng đến sinh trưởng cũng như năng suất của nha dam.
Ở Indonesia, kết quả nghiên cứu của Retno Kawuri và cộng sự (2012) xác định Fusarium oxysporum là tác nhân gây hại chính trên nha dam 12 Theo Anita Rani Shutrodhar và Shamim Shamsi (2013), có 8 tác nhân gây bệnh thán thư và đốm lá trên cây nha dam là: Alternariapluriseptata, Aspergillus tĩiger, Cladosporium oxysporum, Colletotrichum gloeosporioides, Nigrospora oryzae, Penicillium sp và Pestalotiopsis guepinii Những loại nấm này xâm nhập vào mô lá nha dam qua vết thương xây sát, vết thương do côn trùng cắn phá, lan truyền theo nước mưa, nước tưới, từ cây bệnh sang cây khỏe trong ruộng Ngoài ra, các loại nấm Curvularia brachyospora cũng được nhắc tới trong các nghiên cứu về bệnh trên nha dam.
Epicoccum purpurascens và Sclerotium sp cũng được ghi nhận hiện diện trên cây nha đam bị bệnh Trong các tác nhân gây bệnh trên nha đam, nấm Colletotrichum gloeosporioides là tác nhân chính gây bệnh thán thư, nấm Epicoccum purpurascens và Pestalotiopsis guepinii gây bệnh đốm lá trên nha đam Bệnh thán thư trên lá nha đam do nấm Colletotrichum gloeosporioides cũng được Shubhi Avasthi và cộng sự báo cáo là gây hại nghiêm trọng trên lá nha đam ở Ấn Độ trong giai đoạn 2011-2014.
Theo Shubhi Avasthi và cộng sự (2015), ở Ấn Độ trên lá nha đam trồng xuất hiện một loại bệnh với các đốm nhỏ gây hoại tử trên bề mặt lá, có màu nâu tối Kết quả cho thấy tác nhân gây bệnh là nấm Curvularia lunata và Curvularia ovoidea; nấm xâm nhập qua vết thương cơ giới trong quá trình canh tác và lây lan theo nước mưa, nước tưới.
(2015) báo cáo rằng, nha đam trồng tại Án Độ bị nhiễm bệnh đốm lá rất nghiêm trọng
Bệnh được xác định là do nấm Cladosporium sphaerospermum và Curvularia lanata gây ra, gây hại từ giai đoạn cây mới trồng trong hai năm 2010–2011 Nghiên cứu của Goner (2016) cho biết các tác nhân gây đốm lá trên cây nha đam trồng tại Iraq gồm Alternaria alternata, Fusarium oxysporum và Fusarium solani, cho thấy sự đa dạng của các tác nhân gây bệnh và tầm quan trọng của việc xác định đúng nguyên nhân để áp dụng biện pháp quản lý phù hợp.
Fungal pathogens such as Nigrospora oryzae, Stemphylium botryosum, Cladosporium herbarum, Aspergillus niger, and Penicillium sp have been identified as common agents affecting crops Among them, Alternaria alternata, Fusarium oxysporum, Fusarium solani, Nigrospora oryzae, and Stemphylium botryosum are the primary pathogens that frequently appear and cause significant damage during the rainy season.
Bệnh thối mềm do vi khuẩn Pectobacterium chrysanthemi gây ra là một bệnh hại nghiêm trọng trên các ruộng nha đam tại Bangladesh Bệnh này xuất hiện gây hại suốt cả năm.
2016 trên cây nha dam từ 2 năm tuổi (Perver và cộng sự, 2016) '7.
Có 3 loại bệnh hại chính thường xuất hiện trên cây nha đam ở Ấn Độ được báo cáo là: bệnh thối rễ (Root rot) - đầu rễ xuất hiện các đốm nâu nhỏ, gây thối rễ và vàng lá, làm giảm năng suất; bệnh rỉ sắt (Aloe rust) - xuất hiện đốm tròn màu vàng nâu trên lá; và bệnh thối mềm (Soft rot) - trên lá xuất hiện các đốm nước, dần lan rộng thối các mô lá và làm bẹ lá bị nhũn.
Bệnh thối bẹ lá nha đam là một trong những bệnh hại phổ biến trên nha đam do nấm Fusarium oxysporum gây ra và trở nên nghiêm trọng hơn vào mùa mưa, đặc biệt ở những chân ruộng trũng, cỏ nhiều và thoát nước kém Kết quả nghiên cứu cho thấy sử dụng các loại thuốc hóa học ở liều lượng khuyến cáo như Carbendazim, Propiconazole, Mancozeb và dịch trích thảo mộc từ Neem, tỏi và húng quế ở nồng độ 5% đem lại hiệu quả kiểm soát nấm tốt.
Fusarium oxysporum (Susheed Kumar và cộng sự, 2017) 18.
Bệnh đốm lá trên cây nha đam (Aloe vera) do nấm Nigrospora oryzae gây ra được ghi nhận lần đầu tại Pakistan theo nghiên cứu của Theo Alam và cộng sự (2017) Triệu chứng ban đầu gồm các đốm nhỏ khoảng 1–2 mm màu nâu đỏ, sau đó lan rộng lên 3–5 mm và chuyển sang màu nâu tối sau khoảng 7 ngày Bệnh làm lá nha đam bị khô cháy, làm giảm diện tích quang hợp và ảnh hưởng tới sinh trưởng của cây.
Ở Việt Nam, số lượng nghiên cứu về bệnh hại trên cây nha đam còn hạn chế, nhưng đã có một số ghi nhận về các bệnh hại nha đam như bệnh thối nhũn do vi khuẩn Erwinia carotovora (Nguyễn Văn Giang, 2016) Tại Ninh Thuận, một số loại bệnh hại thường gặp trên cây nha đam bao gồm bệnh thối nhũn do vi khuẩn.
Pectobacterium chrysanthemỉ gây ra, bệnh thán thư do nâm Collectotrichum gloeosporioides và bệnh đôm lá do nâm Alternaria alternata hoặc Helminthosporỉum
Bệnh teo đầu lá
Bệnh teo đầu lá do nấm Stemphylium botryosum gây ra được xác nhận qua nhiều nghiên cứu Triệu chứng là lá nhiễm teo ở phần đầu ngọn, khô dần xuống gốc, làm cây chậm phát triển và có thể dẫn tới chết Khi phát hiện bệnh, nên cắt bỏ phần ngọn lá khô và tiêu hủy; nếu bệnh nặng cần nhổ bỏ để ngăn lây lan Theo một số nghiên cứu trên thế giới, nấm Stemphylium botryosum còn gây bệnh trên nhiều đối tượng thực vật khác Gần đây, các nghiên cứu cho thấy phạm vi gây hại của nấm này có thể rộng hơn và ảnh hưởng đến nhiều loài cây trồng khác nhau.
Vào năm 1980, W A Cowling và cộng sự đã nghiên cứu nấm Stemphylium botryosum gây bệnh trên hành ở Bắc Mỹ Nấm thuộc họ Dematiaceae, bộ Monilales Bệnh phát triển mạnh khi thời tiết âm u, sương mù và sương muối xuất hiện, với nhiệt độ từ 22–25°C Bệnh chỉ gây hại trên lá; vết bệnh ban đầu thường xuất hiện ở phần giữa lá tại các vết nứt tự nhiên của lá hành Nấm xâm nhập và lan rộng dọc theo lá, hình thành vết bệnh hình bầu dục dài, màu thâm đen và vàng trên nền xám trắng; sau 5–7 ngày, lá hành gãy ở giữa và khô lụi Chiều dài vết bệnh có thể kéo dài 10–30 mm.
Theo các tác giả Hildebrend P.O và Subton J.C tại Viện INRA (Pháp, 1984), bệnh sương mai hành tây được mô tả là ký sinh lần đầu bởi nấm Peronospora sp., sau đó nấm Stemphylium botryosum W thực hiện ký sinh thứ hai Sợi nấm đa bào có hình trụ, phân nhánh nhiều, màu từ vàng đậm đến nâu nhạt, đường kính 2–9 µm Cành bào tử phân sinh đa bào có dạng hình trụ ngắn, hơi gấp khúc, màu nâu nhạt, kích thước khoảng 2–9 × 6–7 µm.
Trên đỉnh có 2–3 bào tử phân sinh gắn với nhau Bào tử phân sinh có hình củ lạc hoặc hình hạt đậu không đều, đa bào với 8–13 vách ngăn ngang, dọc và xiên chia bào tử thành các ngăn.
9 - 14 tế bào. ớ Việt Nam, vần chưa có nghiên cứu nào về bệnh teo đầu lá nha đam cũng như trong công tác quản lý dịch bệnh.
Nấm Curvularia sp là tác nhân gây bệnh được xác định ở nhiều nước khác nhau Theo nghiên cứu của Avasthi và cộng sự năm 2015, nấm Curvularia lunata và các loài liên quan được ghi nhận là tác nhân gây bệnh trong nhiều bối cảnh sinh học, cho thấy sự phân bố rộng rãi của nhóm nấm này và tầm quan trọng của việc nhận diện cũng như kiểm soát chúng.
Curvularia ovoidea gây bệnh đốm lá trên nha đam và thể hiện qua các tổn thương hình tròn ngâm nước ở đầu và trên mặt lá; theo thời gian, kích thước tổn thương mở rộng và chuyển sang màu đỏ nhạt Khi bệnh tiến triển, các vết thương bị lõm và có màu nâu hạt dẻ; ở giai đoạn sau, chúng khô, hoại tử và chuyển sang màu hạt dẻ đậm.
Một nghiên cứu khác ở Cuba, Curvularia sp là một trong những tác nhân chính gây bệnh trên cây lúa, gây bệnh bạc lá, bệnh đốm lá và đốm hạt 24’25.
Vào năm 2012, Cui RỌ và CN Xt đã phát hiện bệnh đốm lá trên cây sen do nấm
Curvularia sp gây ra triệu chứng ban đầu là những đốm nâu tím nổi lên trên bề mặt lá với đường kính 0,5–3 cm; sau đó trung tâm trở nên màu trắng xám và xuất hiện mô hình dải màu nâu đen ở mép viền Các tổn thương thường liên kết với nhau để tạo thành vùng hoại tử lớn, chiếm hơn 70% diện tích bề mặt lá và có thể góp phần gây chết cây.
Tuy nhiên vần chưa có nghiên cứu trong và ngoài nước nào, nghiên cứu về bệnh teo đầu lá nha dam do nấm Curvularia sp gây ra.
1.5 Xác định tác nhân gây bệnh thông qua đặc điểm hình thái
Nấm Curvularia sp có sắc tố màu nâu sậm ở vùng trung tâm của đĩa môi trường và màu nâu nhạt dần ở rìa vùng trung tâm; một vài chủng nấm hình thành từ hai đến ba vòng đồng tâm ở phần ngược đĩa Tốc độ tăng trưởng của nấm là 3,56 ± 0,61 cm/ngày Bào tử đặc trưng có hình trứng, hình bầu dục, hình thoi hoặc hình tròn ở hai đầu, ba đến sáu bào tử được xác định và đo kích thước từ 16,53–27,50 μm × 6,31–7,87 μm.
Hệ sợi nấm màu nâu, xám hoặc đen, có kết cấu bông hoặc mịn Quả thể ngoài có dạng đĩa, hình cầu hoặc hình elip, màu nâu đến đen Cuống bào tử phân nhánh, hình trụ Các đặc điểm hình thái được xác định theo tiêu chí do Sivanesan đề xuất.
1.6 Xác định tác nhân gây bệnh thông qua đặc điểm phân tử
PCR, hay phản ứng khuếch đại chuỗi polymerase, là công nghệ phân tử được nhà khoa học Kary Mullis và cộng sự công bố vào tháng 10 năm 1985 và được xem là một bước ngoặt của sinh học phân tử Nó cho phép khuếch đại nhanh chóng và tiết kiệm chi phí một đoạn DNA tồn tại trong ống nghiệm PCR dựa trên nguyên lý biến tính, hồi tính của DNA và nguyên lý tổng hợp DNA, với sự tham gia của DNA polymerase để sao chép các mạch DNA Quá trình này diễn ra qua 20–40 chu kỳ nhiệt lặp lại, gồm các pha gia nhiệt và làm mát nhằm tạo điều kiện sao chép DNA Mỗi chu kỳ làm tăng số lượng DNA mục tiêu lên gấp đôi, dẫn đến khuếch đại DNA theo cấp số nhân.
Nguyên lý hoạt động của một chuồi phản ứng PCR liên tục có ba giai đoạn và nhiều chu kỳ nối tiếp nhau (Hình 1.1).
Giai đoạn biến tính diễn ra ở nhiệt độ 94–96 °C: ở nhiệt độ này liên kết hydro giữa hai sợi DNA bị phá vỡ, khiến DNA sợi đôi tách thành DNA sợi đơn Những sợi DNA đơn này đóng vai trò khuôn mẫu cho sự gắn của các đoạn mồi và hệ enzyme, với DNA polymerase xúc tác tổng hợp các chuỗi DNA mới.
Trong giai đoạn bắt cặp của quá trình khuôn DNA, nhiệt độ được điều chỉnh sao cho phù hợp với nhiệt độ nóng chảy (Tm) của mồi, cho phép các mồi ghép đúng với trình tự đặc hiệu trên DNA khuôn và từ đó đảm bảo độ đặc hiệu cũng như hiệu quả của quá trình khuếch đại.
PCR là kỹ thuật khuếch đại DNA bằng enzyme taq polymerase, hoạt động ở các mức nhiệt được tối ưu để tổng hợp DNA từ các nucleotide cung cấp sẵn Quá trình này diễn ra qua các chu kỳ nhiệt độ và thời gian của mỗi chu kỳ phụ thuộc vào độ dài của trình tự DNA cần sao chép; thông thường, thời gian cho mỗi chu kỳ dao động từ vài chục giây đến vài phút, cho phép tổng hợp các đoạn DNA ở kích thước nhất định.
Hình 1.1 Các giai đoạn phản ứng PCR
(Ghi chủ: 1 - Biến tính, 2 - Bắt cặp, 3 - Kéo dài Trích: Giới thiệu kỹ thuật PCR và Real - Time PCR Nguồn: bmshptyh.pnt.edu.vn)
Mồi (Primers) là yếu tố cốt lõi để đe nhân một đoạn DNA bằng phản ứng PCR Để thực hiện PCR một cách hiệu quả, cần có một cặp mồi đặc hiệu với khuôn DNA; cặp mồi này gồm mồi xuôi F (Forward) và mồi ngược R (Revert).
Phương pháp phân loại tác nhân gây bệnh dựa vào trình tự rRNA, hoặc rDNA (trình tự mã hóa cho rRNA) vì rDNA là vật liệu dễ thu nhận, có tính bền cao hơn RNA và xây dựng cây phân loại.