Khóa luận tốt nghiệp đề tài nghiên cứu đặc tính sinh học phân tử các chủng marek lưu hành tại việt nam trong năm 2022

BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP Đề tài Nghiên cứu đặc tính sinh học phân tử các chủng Marek lưu hành tại Việt Nam trong năm 2022 Sinh viên thực hiện Lớp Mã sinh viên Giảng vi.

BÁO CÁO KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP

ch ng Marek l u hành t i Vi t Nam trong năm 2022 ủng Marek lưu hành tại Việt Nam trong năm 2022 ưu hành tại Việt Nam trong năm 2022 ại Việt Nam trong năm 2022 ệt Nam trong năm 2022

Sinh viên thực hiện:

Lớp:

Mã sinh viên:

Giảng viên hướng dẫn:

Bộ môn:

Vũ Thu Hằng TYC-K62 623105 PGS.TS Lê Văn Phan

VI SINH VẬT TRUYỀN NHIỄM

Nội dung báo cáo

nghị

và phương pháp nghiên cứu

01

Đặt vấn đề

03

Kết quả và thảo

luận

PH N I: ẦN I:

Đ T V N Đ ẶT VẤN ĐỀ ẤN ĐỀ Ề

1.1 Tính cấp thiết của đề tài

Nghiên c u đ c tính ứu đặc tính sinh học phân tử các ặc tính sinh học phân tử các sinh h c phân t các ọc phân tử các ử các

ch ng Marek l u ủng Marek lưu hành tại Việt Nam trong năm 2022 ưu hành tại Việt Nam trong năm 2022 hành t i Vi t Nam ại Việt Nam trong năm 2022 ệt Nam trong năm 2022 trong năm 2022

Bệnh xuất hiện tại một số trang trại

và công ty chăn nuôi gà lớn trong

năm 2021

Tỷ lệ mắc bệnh và tử vong

cao

Các nghiên cứu giám sát đang lưu

hành các chủng vi rút Marek ngoài

thực địa trong nước rất hạn chế

1.2 Mục đích đề tài

Khảo sát và xác định đặc điểm sinh học phân tử của một số chủng Marek gây bệnh trên gà tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam trong năm 2022

Khảo sát và xác định đặc điểm sinh học phân tử của một số chủng Marek gây bệnh trên gà tại một số tỉnh miền Bắc Việt Nam trong năm 2022

PH N II: ẦN I:

2.1 Đối tượng, thời gian và địa điểm

Nh ng m u b nh ph m c a gà nghi m c b nh ững mẫu bệnh phẩm của gà nghi mắc bệnh ẫu bệnh phẩm của gà nghi mắc bệnh ệnh phẩm của gà nghi mắc bệnh ẩm của gà nghi mắc bệnh ủa gà nghi mắc bệnh ắc bệnh ệnh phẩm của gà nghi mắc bệnh

Marek gây ra đ ược thu thập trong năm 2022 c thu th p trong năm 2022 ập trong năm 2022

Đối tượng nghiên cứu

Tháng 03/2022 – 08/2022

Thời gian

Địa điểm

Phòng Virus - Phòng thí nghi m tr ng đi m công ngh sinh ệnh phẩm của gà nghi mắc bệnh ọng điểm công nghệ sinh ểm công nghệ sinh ệnh phẩm của gà nghi mắc bệnh

h c thú y - khoa Thú y - H c vi n Nông Nghi p Vi t Nam ọng điểm công nghệ sinh ọng điểm công nghệ sinh ệnh phẩm của gà nghi mắc bệnh ệnh phẩm của gà nghi mắc bệnh ệnh phẩm của gà nghi mắc bệnh

2.2 Nội dung nghiên cứu

Thu thập mẫu

bệnh phẩm của

gà nghi mắc

bệnh Marek

Chẩn đoán bệnh Marek trong các mẫu bệnh phẩm bằng phương pháp PCR

Giải trình tự và phân tích trình

tự vùng gen Meq của chủng gây bệnh Marek

2.3 Phương pháp nghiên cứu

Thu th p và x lý m u b nh ph m ập và xử lý mẫu bệnh phẩm ử lý mẫu bệnh phẩm ẫu bệnh phẩm ệnh phẩm ẩm

D a theo TCVN 8400-30: 2015ựa theo TCVN 8400-30: 2015

Ph ương pháp tách chiết DNA ng pháp tách chi t DNA ết DNA

Kit Patho Gene-spinTM DNA/RNA

Ph ương pháp tách chiết DNA ng pháp PCR

S d ng c p m i c a Ola Hassanin/2013ử dụng cặp mồi của Ola Hassanin/2013 ụng cặp mồi của Ola Hassanin/2013 ặp mồi của Ola Hassanin/2013 ồi của Ola Hassanin/2013 ủa gà nghi mắc bệnh

Ph ương pháp tách chiết DNA ng pháp đi n di ệnh phẩm

Gel agarose

Ph ương pháp tách chiết DNA ng pháp gi i trình t ải trình tự ự

Công ty 1st BASE – Malaysia DNAstar - Bioedit

Phương pháp

PCR

Tên mồi Trình t m i (5’ – 3’) ự ồi (5’ – 3’)

Kích

th ước c (bp) Tác giải trình tự

Bảng 3 1 Thông tin cặp mồi được sử dụng trong nghiên cứu

PH N III: ẦN I:

K T QU VÀ TH O LU N ẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Ả VÀ THẢO LUẬN Ả VÀ THẢO LUẬN ẬN

STT Tên m u ẫu bệnh phẩm Lo i b nh ph m ại bệnh phẩm ệnh phẩm ẩm Lo i gà ại bệnh phẩm Đ a đi m ịa điểm ểm Th i gian ời gian

thu th p ập và xử lý mẫu bệnh phẩm

1 VNUA 1 Gan, lách, não Gà đẻ B c Giangắc bệnh 29/03/202

2

3 VNUA 3 Tuy n cến ức ức Gà th tịt B c Giangắc bệnh 16/04/202

2

4 VNUA 4 Gan, lách, túi

Fabricius Gà đẻ Thái Nguyên

17/04/202 2

5 VNUA 5 Da lông Gà th tịt Vĩnh Phúc 10/05/202

2

3.1 K t qu thu th p m u b nh ph m đ ch n đoán vi rút gây b nh Marek (MD) ết DNA ải trình tự ập và xử lý mẫu bệnh phẩm ẫu bệnh phẩm ệnh phẩm ẩm ểm ẩm ệnh phẩm

B ng 4 1 Thông tin m u đã thu th p đ ải trình tự ẫu bệnh phẩm ập và xử lý mẫu bệnh phẩm ược sử dụng trong nghiên cứu ử lý mẫu bệnh phẩm ụng trong nghiên cứu c s d ng trong nghiên c u ứu

3.2 K t qu ch n đoán vi rút gây b nh Marek b ng ph ết DNA ải trình tự ẩm ệnh phẩm ằng phương pháp PCR ương pháp tách chiết DNA ng pháp PCR

Hình 4 1 K t qu ph n ng PCR ết DNA ải trình tự ải trình tự ứu

Chú thích: S n ph m PCR d ản phẩm PCR dương tính ẩm PCR dương tính ương tính ng tính

có kích th ước là 1020bp; Giếng M: DNA c là 1020bp; Gi ng M: DNA ếng M: DNA

ladder 1 kb; Gi ng 1 - 5: Các m u b nh ếng M: DNA ẫu bệnh ệnh

ph m t ẩm PCR dương tính ương tính ng ng v i 5 m u b nh ứng với 5 mẫu bệnh ớc là 1020bp; Giếng M: DNA ẫu bệnh ệnh

ph m đ ẩm PCR dương tính ược mô tả trong bảng 4.1; c mô t trong b ng 4.1; ản phẩm PCR dương tính ản phẩm PCR dương tính

(+) : Đ i ch ng d ối chứng dương sử dụng chủng ứng với 5 mẫu bệnh ương tính ng s d ng ch ng ử dụng chủng ụng chủng ủng

vi rút Marek t vacxin nh ừ vacxin nhược độc thị ược mô tả trong bảng 4.1; c đ c th ộc thị ị

tr ường CIV-988; ng CIV-988;

(-) : Đ i ch ng âm s d ng n ối chứng dương sử dụng chủng ứng với 5 mẫu bệnh ử dụng chủng ụng chủng ước là 1020bp; Giếng M: DNA c tinh

khi t ếng M: DNA

STT Tên m u ẫu bệnh phẩm Lo i b nh ph m ại bệnh phẩm ệnh phẩm ẩm Lo i gà ại bệnh phẩm Đ a đi m ịa điểm ểm Th i gian thu th p ời gian ập và xử lý mẫu bệnh phẩm K t qu ết DNA ải trình tự

1 VNUA 1 Gan, lách Gà đẻ B c Giangắc bệnh 29/03/2022 +

3 VNUA 3 Tuy n cến ức ức Gà th tịt B c Giangắc bệnh 16/04/2022

-4 VNUA 4 Gan, lách, túi

Fabricius Gà đẻ Thái Nguyên 17/04/2022 +

B ng 4.2 Thông tin k t qu ch n đoán b nh Marek b ng ph n ng ải trình tự ết DNA ải trình tự ẩm ệnh phẩm ằng phương pháp PCR ải trình tự ứu

PCR

3.2 K t qu ch n đoán vi rút gây b nh Marek b ng ph ết DNA ải trình tự ẩm ệnh phẩm ằng phương pháp PCR ương pháp tách chiết DNA ng pháp PCR

Hình 4.2 K t qu gi i trình t nucleotide và acid amin vùng gen ết DNA ải trình tự ải trình tự ự

Meq c a các ch ng vi rút thu th p đ ủa các chủng vi rút thu thập được ủa các chủng vi rút thu thập được ập và xử lý mẫu bệnh phẩm ược sử dụng trong nghiên cứu c

3.3 K t qu phân tích trình t vùng gen Meq ết DNA ải trình tự ự

B ng 4 3 S t ải trình tự ự ương pháp tách chiết DNA ng đ ng v trình t Amino acid và nuclotide gi a các ch ng ồi (5’ – 3’) ề trình tự Amino acid và nuclotide giữa các chủng ự ữa các chủng ủa các chủng vi rút thu thập được

l u hành t i Vi t Nam và ch ng tham chi u ư ại bệnh phẩm ệnh phẩm ủa các chủng vi rút thu thập được ết DNA

3.3 K t qu phân tích trình t vùng gen Meq ết DNA ải trình tự ự

  Tỷ lệ tương đồng về nucleotide (%)

STT Ký tự 1 2 4 5 6 7 8 9 10 11 12

1 VNUA 1   100 99,22 99,02 84,63 84,63 98,92 84,63 84,54 84,54 99,9

2 VNUA 2 100   99,22 99,02 84,63 84,63 98,92 84,63 84,54 84,54 99,9

4 AF493551 98,23 98,23   99,8 84,8 84,8 98,73 84,63 84,54 84,71 99,12

5 AY243334 97,64 97,64 99,41   84,63 84,8 98,73 84,46 84,38 84,88 98,92

6 AY362707 83,67 83,67 84,67 84,17   99,83 84,21 99,67 99,67 99,75 84,54

7 AY362708 83,67 83,67 84,67 84,67 99,5   84,38 99,5 99,5 99,92 84,54

8 AY362725 97,35 97,35 97,05 97,05 82,91 83,17   84,21 84,13 84,29 98,82

9 EF523771 83,92 83,92 84,17 83,67 98,99 98,49 82,91   99,67 99,42 84,54

10 EF523773 83,67 83,67 84,17 83,67 99,25 98,74 82,91 99,25   99,42 84,46

11 EU032468 83,42 83,42 84,42 84,92 99,25 99,75 82,91 98,24 98,49   84,46

12 HQ638141 99,71 99,71 97,94 97,35 83,42 83,42 97,05 83,67 83,42 83,17  

  Tỷ lệ tương đồng về amino acid (%)

3.4 K t qu phân tích cây ph h c a các ch ng vi rút gây b nh Marek ết DNA ải trình tự ải trình tự ệnh phẩm ủa các chủng vi rút thu thập được ủa các chủng vi rút thu thập được ệnh phẩm

Hình 4.3 Cây ph h (phylogenetic tree) d a trên ải trình tự ệnh phẩm ự trình t vùng gen Meq c a vi rút gây b nh Marek ự ủa các chủng vi rút thu thập được ệnh phẩm

PH N IV: ẦN I:

K T LU N VÀ KI N NGH ẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN ẬN ẾT QUẢ VÀ THẢO LUẬN Ị

 B ng kỹ thu t PCR đã ch n đoán đ ằng kỹ thuật PCR đã chẩn đoán được ật PCR đã chẩn đoán được ẩm PCR dương tính ược mô tả trong bảng 4.1; c

4/5 m u b nh ph m c a gà d ẫu bệnh ệnh ẩm PCR dương tính ủng ương tính ng tính

v i vi rút Marek ớc là 1020bp; Giếng M: DNA

 K t qu gi i trình t gen và phân tích ếng M: DNA ản phẩm PCR dương tính ản phẩm PCR dương tính ự gen và phân tích

trình t vùng gen Meq c a vi rút Marek ự gen và phân tích ủng

cho th y các ch ng vi rút Marek trong ấy các chủng vi rút Marek trong ủng

nghiên c u này có m c đ t ứng với 5 mẫu bệnh ứng với 5 mẫu bệnh ộc thị ương tính ng đ ng v i ồng với ớc là 1020bp; Giếng M: DNA

nhau v trình t nuclotide dao đ ng t ề trình tự nuclotide dao động từ ự gen và phân tích ộc thị ừ vacxin nhược độc thị

99,9% và v trình t aa dao đ ng t ề trình tự nuclotide dao động từ ự gen và phân tích ộc thị ừ vacxin nhược độc thị

99.71%.

 K t qu phân tích cây ph h cho th y các ếng M: DNA ản phẩm PCR dương tính ản phẩm PCR dương tính ệnh ấy các chủng vi rút Marek trong

ch ng vi rút gây b nh Marek trong nghiên ủng ệnh

c u này n m cùng nhánh v i ch ng vi rút ứng với 5 mẫu bệnh ằng kỹ thuật PCR đã chẩn đoán được ớc là 1020bp; Giếng M: DNA ủng

đ c l c cao DY01 c a Trung Qu c ộc thị ự gen và phân tích ủng ối chứng dương sử dụng chủng

KẾT LUẬN

 Ti p t c thu th p m u t gà nghi m c ếng M: DNA ụng chủng ật PCR đã chẩn đoán được ẫu bệnh ừ vacxin nhược độc thị ắc

b nh Marek t i các đ a ph ệnh ại các địa phương khác ị ương tính ng khác trên c n ản phẩm PCR dương tính ước là 1020bp; Giếng M: DNA c đ ph c v đi u tra d ch ể phục vụ điều tra dịch ụng chủng ụng chủng ề trình tự nuclotide dao động từ ị

t h c, gi i trình t đ s m phát hi n ễ học, giải trình tự để sớm phát hiện ọc, giải trình tự để sớm phát hiện ản phẩm PCR dương tính ự gen và phân tích ể phục vụ điều tra dịch ớc là 1020bp; Giếng M: DNA ệnh các bi n đ i trong ki u gen và ch n ếng M: DNA ổi trong kiểu gen và chẩn ể phục vụ điều tra dịch ẩm PCR dương tính đoán, xác đ nh b nh s m ị ệnh ớc là 1020bp; Giếng M: DNA

 Phân l p vi rút Marek ph c v vi c ật PCR đã chẩn đoán được ụng chủng ụng chủng ệnh nghiên c u, phát tri n và s n xu t các ứng với 5 mẫu bệnh ể phục vụ điều tra dịch ản phẩm PCR dương tính ấy các chủng vi rút Marek trong

lo i vacxin phòng b nh hi u qu , ki m ại các địa phương khác ệnh ệnh ản phẩm PCR dương tính ể phục vụ điều tra dịch soát t t d ch b nh và k p th i h n ch ối chứng dương sử dụng chủng ị ệnh ị ờng CIV-988; ại các địa phương khác ếng M: DNA thi t h i v kinh t cho ng ệnh ại các địa phương khác ề trình tự nuclotide dao động từ ếng M: DNA ường CIV-988; i chăn nuôi.

KIẾN NGHỊ

CẢM ƠN THẦY CÔ GIÁO VÀ CÁC BẠN

ĐÃ LẮNG NGHE !