Postgraduate Research Opportunities at the Telethon Institute for Child Health Research: Student project booklet 2013 docx

The present study is part of the Developmental Pathways in WA Children Project DPP led by the Telethon Institute for Child Health Research.. As part of the DPP it will be able to access

Postgraduate Research Opportunities

at the Telethon Institute for Child Health Research

Student project booklet 2013

Welcome to the

Telethon Institute for Child Health Research

Established in 1990, the Telethon Institute for Child Health Research

exists to improve the health of children, adolescents and their families

We are unique in Australia We adopt a multidisciplinary approach to major childhood illnesses such as cerebral palsy, childhood cancers and leukaemia, asthma and spina bifida This multidisciplinary approach is a key strength of our research programs It also allows the Institute to offer

a wide variety of research opportunities for postgraduate students

The Institute is closely associated with Princess Margaret Hospital for Children and the School of Paediatrics and Child Health at the University

of Western Australia We are also affiliated with UWA through the Centre for Child Health Research and with the state’s other four universities.

You can find out more about areas of research and opportunities for

students at the Institute by:

range of suggested projects and should be considered a guide to the opportunities available, not a definitive list.

Stan and Jean Perron Awards (for research conducted principally at TICHR)

With the support of the Stan Perron Charitable Foundation, since 2005 the Telethon Institute for Child Health Research (TICHR) has established several prestigious awards aimed at supporting exceptional postgraduate research students who are undertaking their research at the Institute

Stan and Jean Perron Scholarships

These Scholarships accompany PhD scholarships which commence in 2013 and are won by the recipients through their enrolling Universities in a separate application process The amount will be $5000 per year each for the duration of the scholarship, paid in conjunction with that scholarship

To be eligible for consideration, a student has to enrol full-time for a research higher degree (PhD or equivalent) at the University, and conduct the research principally within the Institute under the supervision of one or more of the Institute’s researchers This Scholarship is supplementary to a scholarship awarded to the student through the University.Successful applicants must have First Class Honours (or equivalent) and have been awarded an APA At least three awards will be given in 2013 and applications will be judged on merit

For more information or a copy of the application form please contact:

Kathy Vial, Academic Services Manager, Telethon Institute for Child Health Research By mail: PO Box 855 West Perth WA

6872, or by email (kvial@ichr.uwa.edu.au), or by fax (08 9489 7700) (For telephone enquiries: 08 9489 7799)

Application due date: Friday 2nd November 2012

Reminder: Requirement for Concurrent Scholarship Applicants are also required to have submitted an application form for the Australian Postgraduate Awards/University Postgraduate Awards directly to the relevant University Scholarships Office (or equivalent) by the specified closing date (Wednesday 31st October 2012, for UWA)

Stan and Jean Perron Award for Excellence

Students intending to enrol in a PhD at the Institute may be

interested to know of the Stan and Jean Perron Award for

Excellence The Award is designed to recognise outstanding

research performance whilst a student is undertaking

research at the Institute The Award has the value of $5000

for one year, and will be awarded to the research higher

degree student whose performance is deemed the best in

the preceding 12 months More than one award may be

made in any year

Aboriginal healthOur Aboriginal researchers work with Aboriginal communities to help children overcome the many hurdles they face - higher rates of pre-term birth, lower birth weight, SIDS, infectious diseases and emotional and behavioural problems

Bioinformatics and data servicesBioinformatics is an exciting and relatively new field of science, encompassing the branch of life science that applies information technology to the field of biology

to help understand various biological processes The primary goal of bioinformatics is to increase the understanding of biological processes

Child development and wellbeingThere is a broad range of interacting factors that affect children’s development and wellbeing

Thousands of families are helping

us as we investigate language difficulties, school readiness, and pathways to health and wellbeing

Diabetes, obesity and related disorders

Our researchers are conducting research which aims to improve the lives of children and adolescents living with diabetes, obesity and other endocrine conditions Children with Type I diabetes require insulin injections every day for the rest of their lives Related to the increasing rates of childhood obesity is type 2 diabetes in children

Asthma, allergy & respiratory disease

We are looking at the environmental and biological factors that could

be linked to asthma, as well as the effects of UV light and vitamin D on the immune system Our researchers are also working on improved treatments for children with cystic fibrosis and working towards preventing this disease

Children’s cancer and leukaemia

Leukaemia is the most common cancer in children and our research focus is on why some children don’t respond to therapy and relapse We are investigating paediatric brain tumours and ways to reduce their devastating impact We are also looking at the genetic, dietary and environmental risk factors for childhood cancer

Datasets and cohort studiesThe Telethon Institute has a range

of long-term studies to expand our knowledge on all aspects of child health A number of databases underpin our population-based research and these can now be linked

to other datasets to provide a more complete picture of child health

Disability and developmental disorders

From conception through childhood, our research into disabilities and developmental disorders encompasses any condition that disrupts ‘typical’

child development We are looking are Down Syndrome, Rett syndrome, Autism Spectrum Disorders, birth anomalies, cerebral palsy and Fetal Alcohol Spectrum Disorder

Research areas

Drug discoveryOur Drug Discovery Technology Group is focused on developing new therapies to target disease-causing interactions between proteins; both inside and outside of cells, as well

as the development of ‘mimetic’

vaccines against discontinuous epitopes

Genetic impacts on healthOur researchers are world leaders

in the application of genetic and metabolomic approaches to identify biological markers of complex disease, helping us to find better treatments and ways of preventing disease

Modern research tools allow us to look at all of our genes, to identify genetic and metabolic biomarkers of complex diseases like infections and diabetes

Infectious diseaseWorldwide, 10 million children under the age of five die from infection each year Our infectious disease researchers are involved in understanding the inner workings

of disease, including the pathway from immunity to infection; disease surveillance; risk factors in the development

of disease; vaccine development and trials

Pregnancy and maternal health Emerging research is focusing on pregnancy as a crucial time in determining of the future health and wellbeing of the child We are looking

at multiple factors during pregnancy that can influence the way in which the unborn child is programmed

Environmental impacts on health

The physical environment, which includes diet, housing and pollution, can have a large impact on child health and disease These can affect health at all stages of childhood development Our researchers use spatial epidemiology, data linkage and pollution monitoring to better understand environmental influences on childhood health

Impacts on policy and practice

One of the aims of the Telethon Institute is to improve the health

of all children by translating research outcomes to influence public health policy Our impact on health policy and practice in the last decade has been significant including mandatory fortification of breadmaking flour with folate to prevent neural tube defects and the Western Australian Aboriginal Child Health Survey

Mental healthAround one in five Australian children will develop some form

of behavioural problem by the time they reach adulthood Poor mental health in childhood is a significant predictor of mental health problems later in life and also impacts negatively on physical health and school achievement Much of our work is dedicated to understanding how mental health problems develop and working towards mental illness prevention

Table of Contents

ABORIGINAL HEALTH   4 

What leads to good outcomes in health and wellbeing for Aboriginal children and youth?   5 

Connecting culture, curriculum and communities in early year’s Aboriginal education.   6 

Cultural Security in Aboriginal health service delivery: An audit of NMHS   7 

Strengthening social and emotional wellbeing of Australian Aboriginal people: How does  racial identity and related self‐esteem mediate the mental wellbeing of Aboriginal people? . 8  Perinatal mental health for Aboriginal Families: A community initiative   9 

Indicators of success and wellbeing of  'moorditj' urban Indigenous West Australians   10 

ASTHMA, ALLERGY AND RESPIRATORY DISORDERS   11 

Rhinovirus impairs physiological lung development   12 

Predicting the safety of air travel in ex‐premature infants   13 

Dendritic cells and the induction of allergic airways inflammation   14 

Type I Interferon immunomodulation of allergic asthma   15 

Vitamin D deficiency alters lung development   16 

Understanding lung development during puberty   17 

Optimised expression and characterisation of recombinant human rhinovirus capsid     proteins   18 

Immune characterisation of novel cat allergens   19 

Human rhinovirus type C (HRV‐C) immune responses in asthma   20 

The aerobiology of novel cat allergens   21 

Role of IRF7 gene networks in asthma   22 

BIOINFORMATICS AND DATA SERVICES  23 

Evaluations of virtual machine performance for Next Generation Sequencing platforms   24 

Investigating childhood brain tumours by integrating of 'omics platforms using  Bioinformatics   25 

Developing advanced bioinformatics techniques for storing and analysing next‐generation  sequencing data   26 

CHILDREN’S CANCER AND LEUKAEMIA   27 

Paediatric brain tumour model development and preclinical assessment of novel     therapies   28 

Immunity to melanoma   29 

CHILD DEVELOPMENT AND WELLBEING   30 

Pathways to preventable and unexplained deaths in childhood and young adulthood in  Western Australia   31 

The Built Environment and Child Health and Development   32 

Physical Activity in the Early Years   33 

School readiness: The impact of birth, parental and community characteristics   34 

Pathways, Policies and Prevention: Better Educational Outcomes for Western    Australian Children   35 

Long‐term influence of early nutrition on metabolic health OR Analysis of metabolic profiles     in adolescents by mass spectrometry‐based metabolomics: biomarkers for metabolic     consequences of early programming (scientific title)   36 

DATASETS AND COHORT STUDIES (No projects in 2013)   37 

DIABETES, OBESITY AND RELATED DISORDERS   38 

Exploring perinatal complications seen in a contemporary Type 1 Diabetes cohort   39 

Psychological profile of obese adolescents undertaking lifestyle change   40 

Attitudes towards bariatric surgery among parents of children accessing a lifestyle     intervention program for obesity   41 

Analysis of hypoglycaemia unawareness in adolescents during the first 18 months     after diagnosis of type 1 diabetes   43 

Transition of patients with endocrine disease from paediatric and adolescent into     adult care   44 

The impact of the Bioenterics Intragastric balloon on psychological well‐being of obese  adolescents   45 

A study of sleep disturbances, high blood pressure and metabolic abnormalities in     young adults: the ‘Finapres Sleep Study’   46 

DISABILITY AND DEVELOPMENTAL DISORDERS   47 

Accommodation for young adults with Down syndrome   48 

Combining a large sample with a population database – AussieRett and InterRett   49 

Continence and Rett syndrome   50 

How are families of girls with Rett syndrome responding to research suggesting that the     symptoms of Rett syndrome might be prevented or halted with advances in medical      knowledge?   51 

Online survey of gastro‐intestinal issues and management in Rett syndrome   52 

MECP2 duplications: a new cause of intellectual disability   53 

Comparison of parent‐report and Medicare data in a longitudinal study   54 

Longitudinal modelling of Rett syndrome severity using questionnaire and video data  55 

Socio‐economic differences and parental satisfaction with services in Rett syndrome     and Down syndrome   56 

Trends in prevalence of intellectual disability in the Aboriginal population in WA   57 

The cost of childhood intellectual disability and autism spectrum disorder without      intellectual disability in Western Australia: A cost‐of‐illness study   58 

DRUG DISCOVERY (No projects in 2013)   59 

ENVIRONMENTAL IMPACTS ON HEALTH   60 

Spatial analysis of male reproductive congenital anomalies   61 

Sunlight, vitamin D and inflammatory disease   62 

Peel Child health study   63 

The exacerbation of respiratory viruses by geogenic dust  64 

The role of epigenetics in arsenic induced lung disease   65 

The Mental Health of Adults who were Exposed to Asbestos in Childhood   66 

GENETIC IMPACTS ON HEALTH   67 

Mechanisms of parasitic modulation of the human epigenome   68 

Characterising the role of epigenetics in hypospadias   69 

IMPACT ON POLICY AND PRACTICE (No projects in 2013)   70 

INFECTIOUS DISEASE   71 

Functional characterisation of genes associated with otitis media susceptibility     in childhood   72 

Maternal prenatal stress exposure and poor health and wellbeing for offspring in     childhood and early adolescence   73 

Identifying Risk Factors for Severe Otitis Media in Western Australian Children   74 

Immunity to rhinovirus in otitis‐prone children   75 

Antecedents and consequences of invasive pneumococcal disease in Western Australia   76 

Identifying opportunities for preventing respiratory infections in children     through integrating population‐based health and laboratory data   77 

Metabolomics to characterize host‐pathogen interactions in bacterial infections.   78 

MENTAL HEALTH (No projects in 2013)   79 

PRINCESS MARGARET HOSPITAL FOR CHILDREN   81 

Assessment of respiratory function in children with Neuromuscular disease   82 

Evaluation of a pilot group program for paediatric Chronic pain patients   83 

SCHOOL OF PAEDIATRICS AND CHILD HEALTH   84 

Recurrence of human rhinovirus group C in children that suffer multiple asthma attacks   85 

Contribution of gene variations to asthma attack severity   86 

ABORIGINAL HEALTH

in  Western  Australia.    The  present  study  is  part  of  the  Developmental Pathways in WA Children Project (DPP) led by the Telethon Institute for Child Health Research.  The study will build upon the findings of previous research conducted at the Institute and within the DPP on Aboriginal health.  As part of the  DPP  it  will  be  able  to  access  and  link  population  level  data  related  to health, education, disability services, mental health and juvenile justice.

Project suitable for  Honours Masters PhD

Essential Qualifications  For PhD candidates: a minimum of 2A Honours degree or a Masters degree in 

a related field

Essential Skills  Background knowledge in relevant areas, such as Aboriginal health, 

developmental health, psychology, disability, medical sociology/anthropology, social epidemiology and population health.  

Telephone 9489 7754

communities  to  participate  in  an  outdoor  learning  program  that  supports their  wellbeing,  cultural  identity  and  connection  to  country  whilst  enabling educators  to  make  meaningful  links  with  children’s  community,  the  Early Years Learning Framework and the National Curriculum. Outdoor learning in early childhood is a concept that is gaining momentum in Europe, the UK and the  USA.  Few  Western  Australian  schools  adopt  a  rigorous  program  of learning in outdoor environments. This project will investigate the impact of extended  outdoor  learning  opportunities  on  Aboriginal  children’s  wellbeing, cultural identity, curriculum outcomes and attendance.  

Telephone 93602627 

Title of Project  Cultural Security in Aboriginal health service delivery: An audit of NMHS  Key Research Area  Aboriginal health

     Using Coffin’s (2007) scale of cultural security, this project will undertake a mapping  exercise  of  the  Public  Health  Directorate  as  well  as  qualitative interviews.  For the qualitative phase of the project, an interview guide will be developed  to  explore  the  concept  of  “cultural  security”  as  it  applies  in  a health  care  setting  and  with  an  emphasis  on  the  access  to  services  at  the North Metropolitan Health Services

Project suitable for  Honours  Masters  PhD

Telephone 042 777 8086 

Title of Project  Strengthening social and emotional wellbeing of Australian Aboriginal 

people: How does racial identity and related self‐esteem mediate the  mental wellbeing of Aboriginal people? 

17 and adults from 18 years onwards. 

      This  study  will  pilot  a  suite  of  4  psychosocial  instruments  called  I‐RISE (Indigenous Racial Identity and Self‐Esteem) and trial IRISE_C for 8‐12 year old Aboriginal  children.  This  study  will  employ  both  quantitative  and  qualitative methods.   

Project suitable for  Honours   Masters PhD

Telephone 042 777 8086 

Title of Project  Perinatal mental health for Aboriginal Families: A community initiative  Key Research Area  Aboriginal health

Research Group  Pindi Pindi 

Start Date  August 2012 

Chief Supervisor   A/Professor Cheryl Kickett‐Tucker (Pindi Pindi/Murdoch) 

Other Supervisors   Professor Rhonda Marriott (TICHR/UWA)

Project Outline   The  study  is  a  participatory  action  research  design  and  will  have  4  discrete 

phases  ‐  (1)consultation  and  recruitment;  (2)  construct  development  and cultural validation; (3) program development and piloting; and (4)Evaluation. The  study  will  include  a  strong  emphasis  on  prevention,  promotion  and education.  A  major  aim  of  the  study  is  to  build  the  capacity  of  Aboriginal families  and  communities  to  deal  effectively  with  a  range  of  mental  health and other issues associated with new parenthood. Although a core theme of the project is perinatal depression, the prime focus will be on contributors to positive experiences of new parenthood

Project suitable for  Honours  Masters  PhD

Telephone 042 777 8086 

Title of Project  Indicators of success and wellbeing of  'moorditj' urban Indigenous West 

Australians  Key Research Area  Aboriginal health

Research Group  Pindi Pindi 

Start Date  30 July 2012 

Chief Supervisor   A/Professor Cheryl Kickett‐Tucker (Pindi Pindi)

Other Supervisors    

Project Outline   The  principal  purpose  of  the  project  is  to  discover  the  meaning  of  success, 

resilience  and  wellbeing  from  the  perspective  of  'accomplished'  urban Indigenous  West  Australians.    From  this  information,  the  secondary  project aim  is  to  highlight  the  factors  that  contribute  to  wellbeing,  resilience  and success, including the differences and similarities between the constructs.   

Qualitative  inquiry  combined  with  an  interpretive  paradigm  will  be  used  to explore  the  meanings  and  indicators  of  success  and  wellbeing  of 'accomplished'  urban  Indigenous  West  Australians.      To  ensure  we  'capture the essence of meanings", the project will utilise a semi‐structured interview schedule which will be employed in a personal and conversational manner

Project suitable for  Honours Masters PhD

Telephone 042 777 8086 

ASTHMA, ALLERGY AND RESPIRATORY DISEASE

The  general  aim  of  this  project  is  to  investigate  the  links  between  HRV infection  and  impaired  physiological  lung  growth  and  development.  We  will employ  mouse  models  and  an  array  of  sophisticated  techniques  to  identify relationships between early life HRV infection and altered development of the respiratory  system.  By  this  approach  we  will  provide  an  important  first  step towards  the  ultimate,  long‐term  goal  of  our  research  which  is  to  develop strategies to prevent or ameliorate HRV exacerbated respiratory illness. 

Telephone – (08) 9489 7814 

Project suitable for  Honours Masters PhD

Project Outline  Initial  development  of  atopic  asthma  is  strongly  linked  with  viral  infection 

early  in  life,  and  more  recently  delayed  development  of  innate  immunity, including the antiviral cytokine Type I Interferon.  

The  normal  adaptive  immune  response  to  inhaled  antigen  is  initiated  by airway  dendritic  cells  (DC)  and  leads  to  the  generation  of  immunologic tolerance.  During  asthma  the  dendritic  cell  response  to  usually  innocuous antigens/allergens results in airways inflammation and development of a Th2 memory  cell  response.  This  Th2  memory  cell  response  is  the  underlying mechanism responsible for asthma. This project will investigate the impact to type  I  IFNs  on  the  development  of  bone‐marrow  derived  dendritic  cell 

Telephone – 9489 7836  

Current  scientific  evidence  determining  the  reduced  type  I  Interferon expression  in  asthmatics  has  been  limited  to  two  type  I  Interferon  subtypes viz.  IFNa2  and  IFNb.  In  humans,  however,  there  are  over  14  type  Interferon subtypes, including 13 IFNa subtypes and two isoforms of the IFNb.  

This  laboratory  has  a  panel  of  Type  I  IFN  subtypes  for  investigation  of immunomodulation  of  asthmatic  disease  in  a  murine  model  of  asthma.  The efficacy and underlying mechanisms of the IFN subtypes will be investigated.   

Techniques used: 

Animal models of disease; Tissue preparation; Tissue culture; Flow cytometry; Cell  sorting;  Histology;  ELISA;  Immunex  assay;  molecular  biology,  cell signalling; and DNA gene therapy

Telephone – 9489 7836  

Project Outline  The  second  half  of  the  20th  century  saw  a  substantial  increase  in  the 

prevalence  of  asthma  in  western  countries.  Recent  changes  in  lifestyle characterised by a lack of outdoor activity have raised concerns regarding the prevalence of vitamin D deficiency in many countries including Australia. The parallels  in  these  observations,  and  the  importance  of  vitamin  D  in  immune regulation, have lead researchers to suggest that vitamin D deficiency may be 

to  blame  for  the  increase  in  asthma  prevalence.  This  is  supported  by epidemiological studies linking circulating vitamin D levels and lung function and  limited  animal  work  suggesting  that  vitamin  D  is  involved  in  the regulation  of  lung  growth.  The  aim  of  this  project  is  to  investigate  the  link between  vitamin  D  deficiency  and  alterations  in  lung  growth  using  a  mouse model.  We  hypothesise  that  vitamin  D  deficiency  results  in  altered  lung development  by  modulating  the  transforming  growth  factor  β  (TGF‐β) pathway.  

We  will  address  these  aims  using  a  physiologically  relevant  mouse  model  of vitamin  D  deficiency  in  conjunction  with  state  of  the  art  techniques  for measuring lung volume, lung mechanics and lung structure in mice. 

Telephone: 9489 7814 

is  now  clear  that  additional  alveoli  may  appear  into  early  adulthood.  This observation suggests that postnatal lung growth is a dynamic process. 

The  relationship  between  lung  size,  lung  function  and  age  is  typically modelled  as  a  smooth,  monotonic  and  strictly  increasing  relationship whereby  lung  size  and  function  increase  with  age  and  peak  in  early adulthood.  However,  based  on  recent  data,  it  is  clear  that  the  relationship between lung structure, function, body size and age is much more complex. Studies in our laboratory suggest that there may be substantial remodelling in the lung during puberty whereby lung mechanics change significantly without 

a  corresponding  change  in  lung  volume.  This  previously  undescribed phenomenon  has  implications  for  1)  the  current  dogma  that  the  lung  has limited  capacity  to  respond  to  significant  structural  insults  and,  2)  the susceptibility of the lung to insults during puberty. 

In  this  project  the  student  will  have  the  opportunity  to  characterise  and identify  the  mechanisms  controlling  the  changes  in  lung  structure  and function that occur during puberty using a mouse model. 

Project suitable for  Honours Masters PhD

Telephone: 9489 7814 

Title of Project  Optimised expression and characterisation of recombinant human 

rhinovirus capsid proteins  Key Research Area  Asthma, allergy and respiratory disorders

(Escherichia  coli)  and  yeast  (Pichia  pastoris)  expression  systems,  however 

either the yields or the stability of the antigens have been low. 

The aim of this project is to optimise the expression of all viral capsid proteins (VP1,  VP2,  VP3  and  VP4)  of  HRV  and  characterise  the  type  of  immune responses  to  the  viral  proteins  for  each  species  (A,  B  and  C).  The  type  C rhinoviruses cannot be readily cultured, so immunological investigations with HRV‐C fully rely on the use of recombinant capsid proteins. A complete panel 

of  recombinant  viral  capsid  proteins  will  allow  a  comprehensive  sero‐epidemiological  investigation  of  rhinovirus  infection  and  hence  the prevalence  of  infections  in  healthy  people  and  associations  with  diseases, such  as  allergy  and  asthma,  otitis  media  and  chronic  obstructive  pulmonary disease. These studies could lead to the development of a vaccine to reduce the  immunopathology  caused  by  HRV  exacerbating  these  diseases  The knowledge  could  also  be  applied  to  study  HRV  epidemics  in  different locations and populations

Project suitable for  Honours Masters PhD

9489 7871 

Project Outline  Cat‐allergy  affects  about  15%  of  the  population  and  is  an  independent  risk 

factor  for  asthma.  Cat  allergy  is  being  used  as  a  vanguard  for  molecularly defined immunotherapy (IT) using a single allergen Fel d 1. However several studies  show  only  50%  of  the  IgE  response  is  due  to  Fel  d  1,  including  our investigations  with  newly  defined  cat  allergens  that  show  over  30%  of  cat‐allergic subjects produce their highest amount of IgE antibody to non‐Fel d 1 allergens.  

The  project  will  ascertain  the  importance  of  the  different  cat  allergens  in allergy by measuring their ability to cause FcεR1‐mediated mediator release; the  binding  of  IgE  allergen‐complexes  to  the  low  affinity  CD23  IgE  receptor and  the  nature  and  size  of  the  T‐cell  responses  induced  by  the  allergens. These  are  important  functions  for  the  causation  of  allergic  disease  and  are correlates  of  allergen‐induced  hypersensitivity.  The  T‐cell  responses,  which have  been  inadequately  studied  for  cat  allergy,  are  expected  to  identify differences  that  could  be  responsible  for  the  markedly  different  IgE  and  IgG antibody responses to cat compared to HDM allergens.  

A key driving force for the investigation is to enable the current IT trials with the  single  allergen  Fel  d  1  to  be  evaluated  and  analysed  with  knowledge  of the  spectrum  of  allergens  responsible  for  the  disease  within  each  individual patient, and to determine how altering the immune response to one allergen affects the responses to others. Analysis of this will not only be relevant to cat allergy but perhaps even more so to other allergies such as house dust mite (HDM)  where,  from  the  reported  IgE  responses,  it  is  expected  that  the spectrum of allergens will be more complex

Project suitable for  Honours Masters PhD

9489 7871 

in  the  last  few  years  have  shown  that  the  previously  unrecognised  species, HRV‐C, is especially associated with more severe respiratory disease requiring hospitalisation and could have the greatest propensity to exacerbate asthma. Despite  the  clinical  importance  of  HRV,  few  studies  have  measured  HRV‐specific  immune  responses  in  either  children  with  disease,  or  in  the  general population.  

A major obstacle in investigating anti‐HRV immunity is a lack of standardised defined reagents. Rhinovirus isolates cluster into three main species HRV‐A, B and C and our studies have shown high IgG1 antibody titres can be detected with  species‐specific  VP1  capsid  antigens.  This  project  will  use  the  VP1 proteins  representative  of  HRV‐A,  B  and  C  to  measure  species‐specific antibody  and  T‐cell  responses  to  rhinovirus  in  well‐defined  cohorts  that  will define  the  prevalence  of  infection  in  children  and  the  association  with asthma.  Qualitative  and  quantitative  differences  in  the  immune  response  to rhinovirus will be evaluated in  healthy children and in those with atopy and asthma. HRV‐C is unable to be easily cultured so recombinant technology will allow  this  newly  identified  species  to  be  investigated.  These  studies  could lead to the development of a vaccine to reduce the immunopathology caused 

9489 7871 

Project Outline  Allergens  produced  by  cats  are  the  second  most  important  indoor  allergens 

behind  house  dust  mite  (HDM).    Cat‐allergy  affects  about  15%  of  the population and is an independent risk factor for asthma. Cat‐allergic subjects often  have  very  low  titres  of  IgE  antibody  to  Fel  d  1  compared  to  HDM  and the IgG responses to cat and HDM allergens are markedly different. 

The aerobiology of Fel d 1 is also very different compared to the aerobiology 

of  the  major  HDM  allergens  and  may  be  a  significant  factor  in  the  different types of immune responses produced by cat and HDM allergens. About half of the  Fel  d  1  allergen  is  found  in  particles  of  2.5  microns,  a  particle  size  that remains airborne and is readily respirable. This contrasts with HDM allergens, which are mostly found on large particles and are not in undisturbed air. The presence of non‐Fel d 1 allergens in the environment will also be measured to identify whether they are readily found in respirable particles. Fel d 1 is found 

in the saliva, skin and sebum of the anal glands. Since mRNA transcripts of Fel 

d 4, 7 and 8 have been found in the salivary and von Ebner glands but not in the skin or anal gland they may be distributed on different particles.  

Airborne  particles  will  be  collected  using  samplers  that  filter  particles  of various sizes including the respirable fraction, defined as particles <4.7 µm, as well as the extrafine particle fraction (<3.3 µm) that are more likely to deposit 

in the smaller airways. Immunoassays developed in our laboratory will detect the  concentration  of  the  cat  allergens  in  samples  collected  from  houses containing cats and also in environments without cats. The study will provide important  information  on  whether  non‐Fel  d  1  allergens  are  detected  in respirable air and their relative concentrations compared to Fel d 1.   

Project suitable for  Honours Masters PhD

9489 7871 

Project Outline  Human  rhinovirus  infections  are  the  most  frequent  trigger  of  asthma 

exacerbations,  but  the  underlying  mechanisms  are  poorly  understood.  Employing  a  state‐of‐the‐art  systems  biology  approach,  we  recently demonstrated  that  interferon  regulatory  factor  7  (IRF7)  is  a  major  hub  and putative  regulator  of  the  gene  networks  that  underpin  viral  asthma exacerbations  in  children.  However,  the  findings  were  based  on  a computational  analysis  and  do  not  constitute  direct  proof.  The  objective  of this  study  is  to  dissect  the  role  of  IRF7  gene  networks  in  immunity  to rhinoviruses  and  asthma.  The  first  phase  of  the  study  will  entail  comparing the activation of IRF7 gene networks in immune responses to rhinovirus from subjects with or without asthma. In the second phase of the study, the IRF7 gene  will  be  targeted  with  knockout  zinc  finger  nucleases,  to  identify  the network  of  genes  that  are  controlled  by  IRF7.  Finally,  the  role  of  IRF7  in 

regulation of antiviral gene networks and ensuing airways disease in vivo will 

be  investigated  using  IRF7  deficient  mice.  If  successful,  this  research  will further  our  understanding  of  the  molecular  mechanisms  that  determine susceptibility to rhinovirus‐induced asthma exacerbations.     

The  PhD  candidate  will  develop  expertise  in  cell  culture  and  cellular immunology,  mouse  models  of  viral  infection,  state‐of‐the‐art  methods  for assessment  of  lung  function,  Phosphoflow  (BD  Phosflow),  gene  silencing (siRNA),  gene  knockouts  (Zinc  finger  nucleases),  gene  expression  profiling (real  time  qRT‐PCR,  Affymetrix  microarray),  and  computational biology/bioinformatics (Reverse engineering gene networks). 

Project suitable for  Honours Masters PhD

Essential Qualifications  BSc hon 

Essential Skills  The ideal candidate for this project will be a highly motivated and enthusiastic 

individual who is interested in immunology, genomics, and respiratory diseases. Good writing and communication skills are highly desirable. 

Telephone: 0478 079 644   

Dr Alexander Larcombe 

Email: alexanderl@ichr.uwa.edu.au  

BIOINFORMATICS AND DATA SERVICES

Title of Project  Evaluations of virtual machine performance for Next Generation Sequencing 

platforms  Key Research Area  Bioinformatics and data services

Virtual  computing  (or  virtualisation)  refers  to  the  idea  of  running  multiple 

“virtual”  computers  (or  machines)  at  the  same  time  on  a  single  physical computer. This offers an attractive option versus buying physical computers, resulting  in  potential  reduced  financial  costs,  environmental  efficiencies, reduced resources and centralised maintenance.  

Virtualisation  technologies  are  often  benchmarked  and  optimised  for business applications, especially transactional databases. Recent advances in biotechnologies  enable  the  ability  to  generate  enormous  (multiple  gigabyte raw data files) amounts of biological data that need to be efficiently stored, analysed  and  visualised.  We  would  like  to  analyse,  optimise  and  make recommendations  on  the  merits  of  virtual  versus  physical  server  setups  for handling  the  specialised  data  requirements  of  next  generation  sequencing technologies. 

Project suitable for  Honours Masters PhD

Telephone:  08 9489 7907 

Title of Project  Investigating childhood brain tumours by integrating of 'omics platforms 

using Bioinformatics  Key Research Area  Bioinformatics and data services

Over the last few years, scientists have discovered an important new class of small  RNA  molecules,  which  are  involved  in  fundamental  cellular  processes. These  microRNAs  (miRNAs)  have  been  demonstrated  to  play  a  role  in  a variety  of  human  diseases  including  diabetes,  cardiovascular  diseases, psychological  disorders  and  particularly  cancers.  Recent  studies  have highlighted  a  link  between  regulation  of  miRNAs  and  solid  tumours,  such  as primitive  neuroectodermal  tumours  of  the  central  nervous  system  (PNETs)  ‐ the most common type of brain tumour affecting children. 

This  research  project  involves  the  development  of  novel  Bioinformatics methodologies,  algorithms  and  software  for  identifying,  analysing,  and visualising the role that microRNAs play in the development and progression 

of  PNETs.  Critical  to  the  success  of  the  project  will  be  the  development  of methods  for  integrating  other  biotechnology  platforms  (eg  gene  expression, proteomics  etc)  with  miRNA  data  to  develop  a  better  understanding  of  the key biological pathways underlying this terrible disease. 

Project suitable for  Honours Masters PhD

Telephone:  08 9489 7907 

Title of Project  Developing advanced bioinformatics techniques for storing and analysing 

next‐generation sequencing data  Key Research Area  Bioinformatics and data services

Recent  advances  in  biotechnologies  have  enabled  the  ability  to  generate enormous multiple‐gigabyte text data files, that need to be efficiently stored, analysed  and  visualised.  Beyond  somewhat  'standard'  methods  for  image processing,  basecalling,  alignment  and  assembly,  there  are  enormous computational  challenges  to  efficiently  handling,  exploring  and  most importantly,  deriving  information  and  knowledge  from  the  wealth  of  data generate from a single experiment. 

Many of the current algorithms and software programs are unable to handle the  number  and  size  of  the  sequence  reads  that  increase  with  each  new sequencing  technology,  and  must  therefore  be  continually  modified  for effective  use.  We  are  seeking  computationally‐minded  students  to  help develop  innovative  and  cutting‐edge  techniques  for  best  leveraging  these exciting technological platforms. 

Project suitable for  Honours Masters PhD

Essential Qualifications BSc (plus Honours for PhD candidates) in Computer Science, Information 

Technology, Statistics, Molecular Biology or a related field Essential Skills  Medium to advanced computing skills

Telephone:  08 9489 7907 

CHILDREN’S CANCER AND

LEUKAEMIA

Title of Project  Paediatric brain tumour model development and preclinical assessment of 

novel therapies  Key Research Area  Children’s cancer & leukaemia

Research Group  Brain Tumour Research Program

Start Date  Flexible, available immediately

Chief Supervisor   Dr. Raelene Endersby (TICHR)

Other Supervisors   Dr. Nick Gottardo (PMH/TICHR), Dr Peter Dallas (TICHR) 

Project Outline  The  Brain  Tumour  Research  Program  (BTPR)  at  TICHR  is  co‐directed  by  the 

three  investigators  above.  The  overarching  goals  of  our  group  are  to  define the  poorly  understood  basic  biology  of  several  types  of  childhood  brain tumours and improve therapies. We achieve this in the following ways: 

 Elucidate  the  molecular  basis  of  different  brain  tumour  types,  including medulloblastoma and ependymoma among others, through the analysis of primary patient specimens. 

 Improve  understanding  of  the  molecular  events  contributing  to  these diseases,  by  analysing  the  impact  of  altered  signaling  pathway  activity  on the survival, proliferation, invasiveness and tumorigenicity of brain tumour cells. 

 Develop  novel  preclinical  models  of  paediatric  brain  tumours  in  which  to test  new  treatments.  We  utilise  transplantable  xenograft,  allograft,  and genetically  engineered  tumour  models  representative  of  paediatric  brain tumour in our translational research. 

 Obtain and test new therapies in appropriate brain tumour models through collaboration with the TICHR Drug Discovery Unit & drug companies. 

 Translate  our  findings  into  improved  therapies  through  clinical collaborations. 

We  currently  have  project  opportunities  within  the  group  in  several  of  the above streams for a self‐motivated and enthusiastic individual. We invite you 

to meet with us to discuss specific projects that might best suit your interests.The student will develop expertise in a wide range of technologies including: 

 Animal techniques 

 Histology such as paraffin sectioning and immunohistochemistry 

 Cell/tissue culture from mouse and human specimens, including viral vector production 

DC populations drive a more productive T cell response during melanoma progression and that this knowledge provides the foundation for translation studies targeting maximal antitumor responses

Project suitable for  Honours Masters PhD

(08) 9489 7833 

CHILD DEVELOPMENT AND

WELLBEING

Title of Project  Pathways to preventable and unexplained deaths in childhood and young 

adulthood in Western Australia  Key Research Area  Child development and wellbeing

Project Outline  The  study  aims  to  elucidate  and  quantify  the  pathways  to  premature  and 

unexplained  mortality  among  children  and  youth  in  Western  Australia, including those in disadvantaged groups.  

 The Telethon Institute has had a long‐term, active involvement in ascertaining the patterns and trends in mortality of Aboriginal and non‐Aboriginal infants, children  and  young  people  in  Western  Australia  since  1980.  This  study  will extend on this work, and apply a quantitative methodology to explore specific pathways  to  death,  including  unexplained  deaths.  It  will  draw  upon  unique, individually  linked  population‐level  administrative  data  from  Western Australia’s statutory and health data collections (that include information on cause  of  death,  births  registrations,  hospitalisations,  juvenile  justice,  child protection)  and  utilise  a  range  of  designs  (e.g.  case‐control)  and  analytic techniques (e.g. multivariate analysis and modelling).  

The  study  forms  part  of  a  collaboration  with  Professor  Fiona  Stanley  and Professor  Ruth  Gilbert  (University  College  London)  that  aims  to  guide  the development of practical interventions and population health strategies that can prevent poor health and death in the early life course.  

Project suitable for  Honours Masters PhD

Essential Qualifications  For PhD candidates: a minimum of 2A Honours degree or a Masters degree in 

a related field

Essential Skills  Background knowledge in relevant areas, such as developmental health, 

epidemiology and population health.  Knowledge of quantitative data analyses is essential

Telephone: 9489 7773 

While research on the impact of the built environment on health in adults has increased  rapidly  over  the  past  decade,  little  is  known  of  the  effect  of  the built  environment  on  early  childhood  health  and  development.  This  is important because efforts to create environments that support healthy child development  could  have  a  large  impact  on  the  health  of  children  over  their lifetime and are especially critical for the overall health and wellbeing of the community.  Only  a  handful  of  studies  have  examined  the  role  of  physical neighbourhood  characteristics  on  child  health  and  development  outcomes. More evidence is required to determine what is a child‐friendly environment 

in  the  context  of  neighbourhoods  and  what  are  optimal  levels  of  built environmental features (e.g., density, connectivity, mixed‐use) for early child health and development?

Project suitable for  Honours Masters PhD

Essential Qualifications  For PhD candidates: minimum of 2A Honours degree

For Masters candidates: degree in public health, epidemiology, or related field. 

Project Outline  The  main  aim  of  this  research  is  to  examine  the  influence  of  the  physical, 

social  and  policy  environment  on  young  children’s  physical  activity  and sedentary  behaviour  while  attending  childcare.  This  project  will  provide information  on  how  best  to  create  healthy  childcare  environment.    The project  will  involve  qualitative  research  with  children,  parents,  staff  and  key stake  holders  in  the  childcare  setting,  objectively  measuring  the  physical activity  and  sedentary  behaviour  of  young  children  and  the  physical,  policy and social environment of childcare centres. This research will form the basis for an intervention study. 

There  is  growing  interest  in  built  environment  interventions  targeted  at increasing  children’s  physical  activity  because  of  their  potential  reach  and impact on the health and well‐being of future generations. In the last decade there  has  been  a  20%  increase  in  the  number  of  0‐4  year  olds  in  Western Australia  (WA)  with  63%  of  WA  2‐3  year  olds  attending  some  type  of  child care. The child care setting is where children spend a considerable portion of their time, thus this is an important setting in which children should have the opportunity to accumulate physical activity and other forms of unstructured physical play. 

Project suitable for  Honours Masters PhD

Essential Qualifications  For PhD candidates: minimum of 2A Honours degree

For Masters candidates: degree in public health, epidemiology, or related field. 

Telephone: 6488 8501 

Title of Project  School readiness: The impact of birth, parental and community 

characteristics  Key Research Area  Child development and wellbeing

by the Australian Early Development Index (AEDI).   

This study will be able to achieve this with the existing and new data linkages created  through  the  DPP  with  the  DOHWA  and  other  collaborating government  agencies.    The  data  linkages  provide  a  unique  resource  to examine  school  readiness  for  WA  children  with  population  data  on  parental characteristics  such  as  age,  employment,  mental  health,  and  morbidity; community characteristics such as area level socioeconomic disadvantage and community profile information such as proportion of single parent families; as well  as  a  wealth  of  birth  characteristics  including  parity,  birth  defects  and disability, growth etc

Project suitable for  Honours Masters PhD

Essential Qualifications  For PhD candidates: a minimum of 2A Honours degree or a Masters degree in 

a related field

Essential Skills  Background knowledge in relevant areas, such as developmental health, 

education, psychology, disability, epidemiology and population health.  Knowledge of quantitative data analyses

Telephone 9489 7754 

Title of Project  Pathways, Policies and Prevention: Better Educational Outcomes for 

Western Australian Children  Key Research Area  Child development and wellbeing

Research Group  Developmental Pathways Project 

Start Date  August 2012 

Chief Supervisor   Professor Cate Taylor (TICHR)

Other Supervisors   Professor  Nicholas de Klerk, Dr Rebecca Glauert, Dr Erika Hagemann (TICHR)

Project Outline  The  present  study  is  part  of  the  Developmental  Pathways  in  WA  Children 

Project  (DPP)  led  by  the  Telethon  Institute  for  Child  Health  Research.    The study  will  build  upon  the  findings  of  previous  research  conducted  at  the Institute and within the DPP on educational outcomes.  It will further examine causal  pathways  related  to  child  health,  developmental  and  educational outcomes.    With  the  collaboration  of  government  agencies  and  a  Directors’ General  steering  committee,  it  is  anticipated  that  the  study  will  inform government  agencies’  intervention  and  prevention  strategies  to  improve outcomes;  influence  policy  development  and  frameworks;  and  enable evaluation  and  monitoring  of  existing  initiatives  and  policies  that  affect  the health  and  well  being  of  children,  youth  and  their  families,  specifically  in regard to education. 

This study will be able to achieve this with the existing and new data linkages created  through  the  DPP  with  the  DOHWA  and  other  collaborating government  agencies.    The  data  linkages  provide  a  unique  resource  to examine educational outcomes for all WA children at specific points in time, 

by  combining  data  on  student  school  readiness,  as  measured  by  the Australian  Early  Development  Index  (AEDI);  school  attendance;  assessment results  in  literacy  and  numeracy,  as  measured  by  the  National  Assessment Program at years 3, 5, 7, and 9; student school completion with the Western Australian  Certificate  of  Education;  with  population  data  on  area  residents, hospitalisations, disability etc

Project suitable for  Honours Masters PhD

Telephone 9489 7754