Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của một số bệnh nhân điều trị ở bệnh viên đa khoa việt tiệp hải phòng 2010 – 2012

Xác định các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của bệnh nhân điều trị tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp Hải Phòng bằng phương pháp RT-PCR và Luminex/xTAG RVP.. Bệnh viêm đường hô

Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của một số bệnh nhân điều trị ở bệnh viên Đa khoa Việt tiệp Hải Phòng

2010 – 2012 Nguyễn Vũ Sơn

Trường Đại học Khoa học Tự nhiên Luận văn ThS ngành: Vi sinh vật học; Mã số: 60 42 40 Người hướng dẫn: PGS.TS Lê Thị Quỳnh Mai

Năm bảo vệ: 2012

Abstract Xác định các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của bệnh nhân

điều trị tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp Hải Phòng bằng phương pháp RT-PCR và Luminex/xTAG RVP Tìm hiểu đặc điểm di truyền của vi rút cúm thông qua phân tích các vi rút cúm được phân lập Hoàn thiện quy trình chẩn đoán sớm nhiễm vi rút đường hô hấp trên bệnh phẩm lâm sàng bằng kỹ thuật RT- PCR thông dụng

(conventional RT-PCR)

Keywords Vi sinh vật học; Virút; Viêm đường hô hấp cấp; Bệnh viện Đa khoa Việt

Tiệp

Content

ĐẶT VẤN ĐỀ

Hội chứng viêm đường hô hấp cấp (VĐHHC) do căn nguyên là vi rút hoặc vi khuẩn chủ yếu hay gặp tại các nước có kiểu hình khí hậu nóng ẩm, mưa nhiều Một số tác nhân có thể gây nên các vụ dịch lẻ tẻ hoặc thành đại dịch (dịch cúm, vi rút hợp bào hô hấp – Respiratory Sycytial Virus…) [6, 30, 51] Tác nhân vi rút gây bệnh thường gặp là: vi rút

thuộc họ Picornaviridae, Paramyxoviridae (RSV, vi rút á cúm…), Orthomyxoviridae (vi rút

cúm A, B…) [1, 13, 51] Trong đó, vi rút cúm được xem là một trong những căn nguyên quan trọng nhất gây bệnh VĐHHC [50, 59, 79] Hiện nay có khoảng hơn 200 loại vi rút có cấu trúc kháng nguyên khác nhau gây bệnh VĐHHC

Trên thế giới, hội chứng VĐHHC xuất hiện quanh năm ở các vùng ôn đới, nhất là vào thời gian thời tiết lạnh và ẩm Bệnh viêm đường hô hấp cấp do căn nguyên vi rút thường mang tính chất “mùa” - đó là thời gian mà số mắc trong cộng đồng tăng cao, ví dụ: dịch cúm theo mùa, RSV thường tập trung vào mùa đông tại các nước ôn đới thuộc khu vực Bắc bán cầu, á cúm là nguyên nhân chính gây VĐHHC vào mùa thu và đầu đông, trong khi cao điểm của nhiễm vi rút entero lại vào cuối hè… VĐHHC do vi rút có ảnh hưởng lớn tới sức khỏe đặc biệt đối với trẻ em và người già tại các nước đang phát triển Theo báo cáo của tổ chức Y

tế thế giới (WHO) có khoảng 4.5 triệu trẻ em dưới 5 tuổi tử vong hàng năm do VĐHHC và căn nguyên vi rút chiếm 40% trong tổng số đó [86]

Tại Việt Nam, bệnh VĐHHC xảy ra quanh năm, có tỷ lệ mắc đứng đầu trong 10 bệnh truyền nhiễm cấp tính [12] Tuy nhiên, các nghiên cứu về VĐHHC do căn nguyên vi rút cũng như các tác nhân nào chủ yếu và thường gặp còn hạn chế Đặc biệt các nghiên cứu sâu

về vi rút học và các phương pháp chẩn đoán nhanh phòng thí nghiệm bằng các kỹ thuật sinh học phân tử, đặc điểm di truyền, đặc tính kháng nguyên của các tác nhân vi rút gây bệnh VĐHHC hiện chưa được áp dụng rộng rãi, đó là lý do chúng tôi tiến hành nghiên cứu:

“Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của một số bệnh nhân điều

trị ở bệnh viện đa khoa Việt Tiệp - Hải Phòng 2010-2012”

Với mục tiêu:

1 Xác định các tác nhân vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của bệnh nhân điều trị tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp Hải Phòng bằng phương pháp RT-PCR và Luminex/xTAG

RVP

2 Tìm hiểu đặc điểm di truyền của vi rút cúm thông qua phân tích các vi rút cúm

được phân lập

3 Hoàn thiện quy trình chẩn đoán sớm nhiễm vi rút đường hô hấp trên bệnh phẩm lâm sàng bằng kỹ thuật RT- PCR thông dụng (conventional RT-PCR)

CHƯƠNG 1 - TỔNG QUAN TÀI LIỆU

1.1 CÁC VI RÚT ĐƯỜNG HÔ HẤP

Các vi rút gây bệnh VĐHHC thường gặp được ghi nhận từ 5 họ là: Adenoviridae,

Picornaviridae, Coronaviridae, Paramyxoviridae và Orthomyxoviridae Tuy nhiên, trong nghiên

cứu này của chúng tôi các vi rút thuộc 4 họ thông dụng được phân tích đó là:

Bảng 1.1 Các vi rút gây bệnh VĐHHC

1 Orthomyxoviridae - Vi rút cúm A (H1N1, H3N2, H1pdm, H5N1)

- Vi rút cúm B

2 Paramyxoviridae - Vi rút hợp bào đường hô hấp (Respiratory

syncytial virus-RSV)

- Vi rút human Metapneumoviridae (hMPV)

- Vi rút á cúm (vi rút Parainfluenza) phân típ 1, 2,

3

3 Picornaviridae - Vi rút Entero

- Vi rút Rhino

4 Coronaviridae - Vi rút gây hội chứng viêm đường hô hấp cấp tính

nguy hiểm (Severe acute respiratory syndrome coronavirus - SARS-CoV)

1.2 SỰ LƯU HÀNH CỦA VI RÚT GÂY BỆNH VIÊM ĐƯỜNG HÔ HẤP CẤP

1.2.1 Trên thế giới

Các tác nhân gây bệnh VĐHHC trên thế giới vừa có tính lưu hành địa phương vừa có thể gây thành dịch, nhất là dịch vi rút cúm A đã lan rộng đến nhiều nước trên thế giới và trở thành đại dịch Hội chứng này có thể xuất hiện quanh năm ở vùng ôn đới nhưng tần số mắc cao vào mùa thu, mùa đông và mùa xuân, nhất là vào thời gian mà thời tiết lạnh và ẩm Bệnh VĐHHC phát triển mạnh ở nơi mật độ dân số cao Ở vùng nhiệt đới, bệnh VĐHHC xảy ra nhiều hơn vào lúc thời tiết ẩm ướt và lạnh Trong cộng đồng dân cư rộng lớn, một số bệnh do vi rút đường hô hấp thường xảy ra không có tính theo mùa và có thể gây ra các vụ dịch lớn như vi rút adeno, vi rút hợp bào Tỷ lệ mắc hàng năm cao, đặc biệt ở trẻ em và lứa tuổi thiếu niên [1, 11]

Trong thế kỷ XX đã ghi nhận nhiều đại dịch cúm với số mắc và số tử vong cao Đại dịch cúm Tây Ban Nha năm 1918-1919 do vi rút cúm A phân típ H1N1 gây nên ước tính có khoảng

20 triệu người tử vong [59, 68, 75] Dịch cúm Châu Á năm 1957-1958 có nguồn gốc Singapore

do vi rút cúm A phân típ H2N2 gây nên với khoảng 69.800 trường hợp tử vong, trong đó lứa tuổi từ 5-19 tuổi chiếm hơn 50% [59,62,74] Đặc biệt, trong những năm gần đây, năm 1997 xuất hiện cúm A phân típ H5N1 tại Hồng Kông lây từ gia cầm sang người và gây tử vong 6/18 trường hợp mắc Hồng Kông đã phải thiêu hủy hơn 2 triệu con gà, gây một tổn thất kinh tế lớn Cuối tháng 12 năm 2003 và những tháng đầu năm 2004, dịch cúm gia cầm đã gây thiệt hại lớn

về kinh tế cho các nước Châu Á, trong đó Việt Nam và Thái Lan là 2 nước có cúm gia cầm lây truyền sang người gây tử vong 26 trường hợp [38]

Đại dịch cúm năm 2009 do tác nhân là vi rút cúm A/H1N1 là vi rút cúm hoàn toàn mới được tích hợp gen từ vi rtus cúm lợn (H1N1; H3N2), vi rút cúm gia cầm (H5N1), vi rút cúm người (H3N2) lần đầu tiên được xác định vào tháng 3 năm 2009 tại Mexico Trong thời gian ngắn, vi rút cúm A/H1N1pdm/2009 đã lây truyền trên phạm vi toàn cầu Ngày 11 tháng 6 năm 2009, Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) đã chính thức công bố đại dịch cúm toàn cầu, và tại thời điểm đó vi rút đã ghi nhận tại 74 quốc gia, 28.774 người và 144 trường hợp tử vong[64]

Vi rút á cúm phân típ 1- 3 gây bệnh đường hô hấp trên, gặp ở mọi lứa tuổi, tuy nhiên trẻ

em có xu hướng cảm nhiễm nhiều hơn Vi rút này xuất hiện nhiều nơi khác trên toàn thế giới, lây truyền qua đườ ng hô h ấp và lan truyền ở tập thê Vi rút á cúm là căn nguyên của 1/3 số nhiễm khuẩn đường hô hấp và 1/2 số trường hợp nhiễm bê ̣nh được xác định ở trẻ em trước tuổi đi ho ̣c (<6 tuổi) [53] Vi rút á cúm típ 1 và típ 2 thường liên quan đến viêm hầu ho ̣ng -khí-phế quản (bê ̣nh ba ̣ch hầu thanh quản ), bé trai có xu hướng cảm nhiễm nhiều hơn bé gái

Vi rút á cúm típ 3 thường gây nhiễm bê ̣nh đường hô hấp dưới như là viêm tiểu phế quản và viêm phổi Vi rút á cúm típ 4 thường lưu hành ở Châu Phi và gây bệnh nhẹ đường hô hấp trên [13]

Vi rút hợp bào đường hô hấp (Respiratory Syncytial Virus-RSV) là một trong những căn nguyên gây bệnh viêm đường hô hấp chủ yếu ở trẻ nhỏ Dịch thường xảy ra vào mùa đông và mùa xuân RSV phân bố khắp nơi và có những yếu tố dịch tễ riêng, hàng năm có thể bùng phát thành dịch và kéo dài khoảng 5 tháng, từ tháng 12 đến tháng 4, đỉnh dịch thường vào tháng 1 hoặc tháng 2 [29, 30, 50] Ở Anh, nhiễm RSV thường xảy ra từ tháng giêng đến tháng ba và nó có thể thay đổi từ năm này qua năm khác Ở Mỹ, RSV xuất hiện vào mùa đông và kéo dài tới mùa xuân [29] Ở Washington DC, số trẻ em nhập viện có triệu chứng giống RSV, viêm đường hô hấp dưới cao hơn 2,7 lần Dịch lớn có thể dao động và thay đổi từng năm Mặc dù mùa mắc RSV có thể tiên đoán được hàng năm nhưng tính khắc nghiệt của

vụ dịch lại thay đổi

Trẻ em thường mắc vi rút này trong vòng 3 năm đầu của cuộc đời Một nghiên cứu ở Houston, 69% trẻ sơ sinh bị nhiễm vi rút RSV trong năm đầu tiên, 83% nhiễm trong năm thứ hai Các năm tiếp theo (3-4 tuổi) các trường hợp nhiễm bệnh vẫn tiếp tục được ghi nhân do

đó khả năng tái nhiễm của trẻ nhỏ là có thể

1.2.2 Tại Việt Nam

Việt Nam là nước đang phát triển, với dân số trên 80 triệu người, có khí hậu nhiệt đới (miền Nam) và bán nhiệt đới (miền Bắc), duy trì kiều hình nóng, ẩm, mưa nhiều nên bệnh VĐHHC có thể phát hiện quanh năm, nhưng có xu hướng tăng ở những tháng giao mùa Bệnh VĐHHC thường gọi là bệnh cảm cúm xảy ra trên khắp đất nước với tỷ lệ mắc trung bình 5 năm cuối năm của thập kỷ 90 được ghi nhận là 1.627,2/100.000 dân, xếp thứ nhất trong số 10 bệnh truyền nhiễm có tỷ lệ mắc cao nhất ở Việt Nam [11] Tuy nhiên, tỷ lệ mắc khác nhau theo phân vùng địa lý và khí hậu Miền Bắc và Tây Nguyên có nhiều vùng núi cao, khí hậu 4 mùa nên hội chứng VĐHHC phát triển nhiều trong các mùa thu, mùa đông và mùa xuân với tỷ lệ mắc trung bình 5 năm cuối của thập kỷ 90 là 2.298,6/100.000 dân ở miền Bắc

và 3.160/100.000 dân ở Tây Nguyên Tỷ lệ này thấp hơn ở miền Trung và miền Nam nơi duy

trì khí hậu nhiệt đới với hai mùa khô và mùa mưa trong năm Tại hai khu vực này bệnh VĐHHC thường phát triển vào mùa mưa với thời tiết lạnh và ẩm Tại Việt Nam, một số vụ dịch do căn nguyên vi rút cúm, vi rút á cúm, vi rút adeno… đã được ghi nhận ở nhiều địa phương [10] Dịch cúm A/H2N2 lan rộng ra hầu hết các tỉnh thuộc miền Bắc Việt Nam trong những năm 1957-1958 tương tự năm 1968-1969 dịch cúm A/H3N2 tiếp tục được ghi nhận Ngoài ra, năm 2004 vi rút cúm A/H5N1 đã lây từ gia cầm sang người với 22 trường hợp mắc, trong đó 15 trường hợp tử vong được xác định, vi rút cúm A/H5N1 tiếp tục lưu hành trong quần thể gia cầm nuôi và tuyền bệnh sang một số người trong những năm tiếp theo[38]

Sự lây truyền của vi rút cúm A/H1N1pdm/09 đã ảnh hưởng tới Việt nam, trường hợp nhiễm vi rút đầu tiên được xác định vào ngày 31/5/2009 tại thành phố Hồ chí Minh, và nhanh chóng vi rút cúm A/H1N1pdm/09 đã lây truyền trong cộng đồng ( 10/7/2009 Theo báo cáo của Bộ Y tế Việt Nam, tính đến ngày 30 tháng 9 năm 2009, Việt Nam có 9.868 trường hợp mắc cúm A/H1N1-pdm/09, trong đó có 22 ca tử vong

Trong những năm gần đây, đã có nhiều công trình nghiên cứu về căn nguyên gây VĐHHC ở các vùng miền khác nhau trong cả nước Nghiên cứu của GS TS Huỳnh Phương Liên và cộng sự về các chủng vi rút cúm và các vi rút gây VĐHHC ở Hà Nội năm 2001 chủ yếu là vi rút cúm B (74%), sau đó là vi rút cúm A/H1N1 (20,78%), các vi rút gây VĐHHC khác như vi rút họ Picorna (51,28%) và RSV phân típ B là 10,26%[9] Một nghiên cứu khác

ở Tây Nguyên năm 2003 đã cho thấy 13,9% là chủng vi rút cúm A/H3N2, xuất hiện gần như quanh năm và cao nhất vào tháng 9 Ngoài ra, các vi rút gây VĐHHC khác như vi rút hợp bào đường hô hấp (RSV), hMPV và các vi rút đường ruột (họ Picorna) cũng là căn nguyên gây viêm đường hô hấp ở Tây Nguyên (18,2%) [5] Nhóm nghiên cứu gần đây nhất về vi rút gây bệnh VĐHHC ở trẻ em miền Trung Việt Nam năm 2007 đã cho thấy căn nguyên chính là

vi rút rhino (28%), RSV (23%), vi rút cúm (15%), hMPV (4,5%), vi rút á cúm (5% )[84] Tại Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương, tác giả Ngô Hương Giang và cộng sự cũng đã xác định có 9 tác nhân vi rút gây VĐHHC của các bệnh nhân tại miền bắc Việt Nam trong giai đoạn 2007-2009 Kết quả nghiên cứu cho thấy vi rút thuộc họ Picorna là tác nhân gây bệnh có tỷ lệ cao nhât (36.18%), vi rút cúm A/H3N2 cũng là tác nhân của 30,92% các trường hợp nhiễm bệnh, sau đó là vi rút cúm A/H5N1 chiếm 11,18%, RSV 8,55%, A/H1N1 (7,24%),

vi rút cúm B (1,97%), hMPV (1,97%), vi rút á cúm típ 3 (1,32%), vi rút rhino (0,66%)

Việt Nam là nước đang phát triển, ngân sách chi cho chăm sóc sức khỏe ban đầu còn rất hạn hẹp Vì vậy, cùng với tiêu chảy và suy dinh dưỡng, viêm đường hô hấp cấp hiện đang có

tỷ lệ mắc và tử vong cao, đứng đầu trong các bệnh nhiễm trùng cấp tính [66, 71]

Cơ sở lý luận để thiết kế và tiến hành nghiên cứu

Bệnh VĐHHC do căn nguyên vi rút là một trong 10 bệnh truyền nhiễm thường xuyên gây dịch tại Việt nam với tỷ lệ mắc và tử vong cao [4,5,9] Trong giai đoạn 2003-2012, một

số dịch VĐHHC đã được ghi nhận : SARS, cúm gia cầm A/H5N1, cúm đại dịch A/H1N1pdm/09… các vụ dịch này không những gây ảnh hưởng cho sức khoẻ cộng đồng mà còn ảnh hưởng lớn đến kinh tế và xã hội

Các nghiên cứu đã được triển khai trong những năm qua taị Việt Nam đã cho phép có những thông tin cơ bản nhất về sự lưu hành, mức độ nguy hiểm, tính nổi trội của một số tác nhân virút gây bệnh.[4] Sự nguy hiểm, khả năng lây truyền dễ và nguy cơ tiềm tàng của bùng phát dịch của các vi rút gây VĐHHC trong cộng đồng yêu cầu phải có sự chủ động giám sát vi rút học tại các bệnh viện cũng như trong cộng đồng Chương trình giám sát cúm Quốc gia đã được triển khai từ năm 2006, một số nghiên cứu khác cũng tập trung tại các cộng đồng cụ thể (Hà nam, Khánh hoà)…

Bệnh viện đa khoa Việt-Tiệp, Hải phòng là bệnh viện loại 4, tuyến y tế cuối cùng chăm sóc sức khoẻ cho nhân dân thành phố Hải phòng và các tỉnh lân cận thuộc khu vực Đông Bắc bộ: Quảng Ninh, Hải Dương, Thái Bình , đây là một điểm giám sát phù hợp cho các nghiên cứu liên quan đên kiểu hình khí hậu

Để tiếp nối các nghiên cứu đã tiến hành trong giai đoạn trước, đồng thời phát triển các giám sát chủ động trong bệnh viện các vi rút gây VĐHHC, chúng tôi tiến hành xây dựng

nghiên cứu “Tìm hiểu các căn nguyên vi rút gây viêm đường hô hấp cấp của một số bệnh

nhân điều trị ở bệnh viện đa khoa Việt Tiệp - Hải Phòng 2010-2012”

KẾT QUẢ VÀ BÀN LUẬN

Trong thời gian từ tháng 9 năm 2010 đến tháng 4 năm 2012, chúng tôi tiến hành thu

thập được 170 trường hợp VĐHHC nghi nhiễm vi rút tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp - Hải

Phòng

Từ kết quả nghiên cứu, chúng tôi nhận thấy số bệnh nhân nam mắc hội chứng VĐHHC là 116 trường hợp chiếm tỷ lệ 68,2%, bệnh nhân nữ có số mắc là 54 trường hợp (31,8%), kết quả trên cho thấy tỷ lệ mắc bệnh VĐHHC ở nam cao hơn nữ có ý nghĩa thống

kê với p=0,05 (Bảng 3.2 và hình 3.2) Trong nghiên cứu của Ngô Hương Giang về VĐHHC 2007-2009 tại các tỉnh miền bắc, tỷ lệ bệnh nhân VĐHHC ở nam là 61.5% và nữ là 38,5%[4] Như vậy kết quả tương đồng về giới trong giám sát VĐHHC tại bệnh viện bước đầu được ghi nhận Tỷ lệ nam mắc nhiều hơn nữ có thể do tình trạng hút thuốc lá ở Việt Nam tập trung nhiều ở nam giới dẫn tới sự tổn thương ở phổi, dễ dàng cho vi rút VĐHHC xâm nhập Đã có nhiều nghiên cứu về tác hại của việc hút thuốc dẫn tới VĐHHC, đặc biệt là dễ nhiễm vi rút cúm [22, 26, 27, 45, 46]

Trong 170 mẫu bệnh phẩm thu thập tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp trong giai đoạn nghiên cứu ( 10/2009 đến 4/2012), kết quả cho thấy:

Bệnh VĐHHC tập trung nhiều vào lứa tuổi lao động từ 19-60 tuổi với tỷ lệ 50,59% (86 bệnh nhân) tiếp theo là nhóm tuổi trên 60 tuổi có tỷ lệ 45,29% (77 bệnh nhân), lứa tuổi học sinh từ 6-18 tuổi chiếm 4,12% và không có bệnh nhân VĐHHC được nghi nhận ở tuổi 0-6 trong nghiên cứu này Nghiên cứu của Ngô Hương Giang tại miền bắc Việt Nam 2007-2009 cho thấy có 8,65% bệnh phẩm VĐHHC thu thập tại lứa tuổi 0-5[4], kết quả nghiên cứu của chúng tôi phân tích trên một cỡ mẫu thu thập thấp ( 170 mẫu) và chỉ tại 1 điểm giám sát ( bệnh viện đa khoa Việt –Tiệp) nên có sự khác biệt này, vì vậy duy trì giám sát trong thời gian dài và đa dạng điểm giám sát là cần thiết trong các nghiên cứu tiếp theo

Kết quả bảng 3.5 cho thấy tác nhân vi rút được phát hiện trong bệnh phẩm VĐHHC có

tỷ lệ chung là 14,1% bằng phương pháp RT-PCR và 13,5 % bằng phương pháp Luminex/xTAG RVP Tỷ lệ trên tuy không có nhiều sai khác, nhưng phân tích theo từng năm thì có sự khác biệt rõ rệt khi sử dụng 2 phương pháp khác nhau: 11,3% tác nhân vi rút được phát hiện trong năm 2010 bằng phương pháp Luminex/xTAG RVP, trong khi 3,7% được phát hiện bằng phương pháp RT-PCR thông thường, tỷ lệ này lại theo chiều hướng ngược lại trong năm 2012: 20,4% mẫu dương tính với RT-PCR thông thường và 11,4% mẫu dương tính được phát hiện bằng Luminex/xTAG RVP Sự sai khác kết quả có thể do độ nhạy với các tác nhân hoặc họ tác nhân vi rút cụ thể trong từng phương pháp khác nhau, vì vậy kết quả cẩn phải được phân tích và đánh giá sâu để có thể xây dựng được quy trình chẩn đoán cụ thể tại điều kiện Việt Nam

Kết quả trên cho thấy các vi rút thuộc họ Orthomyxoviridae; và Picornaviridae được xác định trong cả 3 năm nghiên cứu, trong khi các vi rút thuộc họ Coronaviridae chỉ phát

hiện trong năm 2012 và bằng phương pháp Luminex/xTAG RVP Các vi rút thuộc họ

Paramyxoviridae lưu hành với tỷ lệ thấp năm 2010 (1,88%) và không phát hiện trong các

mẫu bệnh phẩm thu thập năm 2012, kết quả trên có thể giải thích do mẫu thu thập trong nghiên cứu chỉ bao gồm một số tháng trong 2010 hoặc 2012, vì vậy việc phát hiện các vi rút

thuộc họ Paramyxoviridae tại các năm này có thể chưa phản ánh sự lưu hành các vi rút thuộc

họ này

Kết quả trên cho thấy, có 7 vi rút được xác định là căn nguyên của VĐHHC trong tổng

số 170 mẫu thu thập tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp, Hải phòng trong giai đoạn 10/2010 đến

4/2012 Các vi rút đó được xác định là vi rút cúm A/H1N1pdm/09, vi rút cúm B, vi rút hMPV, vi rút á cúm típ 1, vi rút họ picorna, vi rút Corona 299E và vi rút Corona OC43 Trong tổng số 7 vi rút nói trên vi rút Corona 299E và vi rút Corona OC43 chỉ có thể phát hiện bằng phương pháp Luminex/xTAG RVP Tuy rằng cả 2 phương pháp RT-PCR và Luminex/xTAG RVP đều cho phép phát hiện phần lớn các tác nhân vi rút được thiết kế trong nghiên cứu, tuy nhiên sự chênh lệch về số dương tính thực của vi rút cúm B và vi rút họ picorna cũng được xác định, số mẫu dương tính với vi rút cúm B là 6 khi sử dụng phương pháp RT-PCR thông thường, trong khi chỉ phát hiện được 1 mẫu dương tính với vi rút cúm B bằng phương pháp Luminex/xTAG RVP Số mẫu dương tính với vi rút cúm B (6 mẫu) đều được phát hiện vào tháng 2-4/2011 là thời điểm vi rút cúm B đang hoạt động mạnh tại miền Bắc, Việt Nam ( nguồn GSC quốc gia, chưa công bố) vì vậy kết quả trên của phương pháp RT-PCR có độ tin cây Sự khác biệt rõ rệt kết quả của RT-PCR thông thường và Luminex/xTAG RVP có thể giải thích do độ nhạy thấp của Luminex/xTAG RVP với tác nhân là vi rút cúm B, khi một phương pháp có khả năng phát hiện trong cùng 1 phản ứng 23 tác nhân vi rút khác nhau, thì độ nhạy không đồng đều giữa các tác nhân riêng biệt là có thể,

vì vậy muốn khẳng định một kết quả chẩn đoán trong PTN, việc thực hiện chẩn đoán bẳng 2 phương pháp khác nhau là rất cần thiết, đặc biệt với các tác nhân vi rút đặc biệt như cúm A/H5N1, SARS-CoV

Bảng 3.8 cho thấy vi rút họ picorna được phát hiện trong 10 mẫu bệnh phẩm chiếm tỷ lệ 38,4%, vi rút cúm B được xác định là 23,1%, vi rút cúm A/H1N1pdm/09 có tỷ lệ 15,3%, vi rút á cúm típ 1 đạt tỷ lệ 11,5%, các vi rút khác (hMPV, CoV-229E, CoV-OC43) đều có tỷ lệ 3,8% trong tổng số mẫu được xác định dương tính

Bệnh phẩm thu thập trong nghiên cứu từ tháng 10/2010 đến tháng 4/2012, tuy nhiên trong 8 tháng liên tục (từ tháng 9 đến tháng 4 năm sau) có số lượng bệnh phẩm tập trung nhiều ( bảng 3.1) Kết quả trên dương tính của từng tác nhân vi rút theo tháng (bảng 3.9) cho thấy vi rút cúm A/H1N1pdm/09 đại dịch và cúm B xác định chủ yếu vào các tháng 2, 3, 4 trong năm vi rút họ picorna lưu hành hầu hết trong các tháng thu thập, và đạt cao điểm tại tháng 3,11 Kết quả trên phù hợp kết quả của chương trình giám sát cúm quốc gia trong giai đoạn 2010-2012, vi rút cúm A/H1N1pdm/09 lưu hành vào tháng 1-4/2011 và vi rút cúm B lưu hành mạnh vào tháng 2-4/2011 và tháng 2, 3 năm 2012

Sự đồng lưu hành của nhiều vi rút gây VĐHHC cũng được xác định vào tháng 1 và tháng 3 trong năm 2011, 2012, các tác nhân vi rút lưu hành trong cùng thời điểm được xác định: hMPV, á cúm 1, corona 229E, OC43, họ vi rút picorna, cúm Kết quả trên phù hợp với nghiên cứu của Ngô Hương Giang và một số nghiên cứu khác tại Việt nam trong giai đoạn 2007-2009 cho thấy sự đồng lưu hành của các vi rút gây VĐHHC cũng tập trung vào các tháng 1,2,4,5 là các tháng giao mùa giữa mùa xuân và mùa hè [4] Sự đồng lưu hành nhiều vi rút gây bệnh trong cùng thời điểm là nguyên nhân tăng số bệnh nhân VĐHHC và phù hợp với kết quả phân bố mẫu theo tháng của nghiên cứu này

Kết quả trên cho thấy mọi nhóm tuổi đều có thể cảm nhiễm với vi rút họ Picorna, trong khi vi rút cúm A/H1N1pdm/09 và vi rút cúm B chỉ phát hiện tại các nhóm tuổi trưởng thành (

> 18 tuổi), và các vi rút hMPV, CoV-299E hoặc CoV-OC43 chỉ phát hiện 1 trường hợp trong nghiên cứu nên khó có thể xác định được tuổi cảm nhiễm của các vi rút này Sự cảm nhiễm cao với vi rút họ Picorna của mọi nhóm tuổi cũng như sự lưu hành thường xuyên của họ vi rút này cho phép nghĩ đến môi trường sống, điều kiện sinh hoạt, kinh tế là những nguyên nhân gây nên hiệu ứng cảm nhiễm này Các nghiên cứu của các tác giả khác về các vi rút họ Picorna ( vi rút Rhino, Entero) cũng cho kết quả tương tự.[70]

Tổng số mẫu phân lập thành công là 7/24 mẫu chiếm tỷ lệ 29,1%, tỷ lệ này dao động theo các tác nhân nghiên cứu Kết quả trên cho thấy, vi rút họ Picorna dễ dàng phát hiện bằng phương pháp RT-PCR tuy nhiên hồi phục vi rút trên dòng tế bào cảm nhiễm còn hạn chế (đạt 10%), trong khi các vi rút khác có thể đạt tỷ lệ phân lập cao như hMPV (100%) hoặc cúm

A/H1N1pdm/09 (50%) Kết quả này cũng tương tự với một số kết quả được nghiên cứu trước đó[52,56], trong những nghiên cứu trước tỷ lệ phân lập vi rút cúm luôn ở mức cao hơn so với các tác nhân vi rút khác

Kết quả cho thấy các chủng vi rút cúm phân lập trong nghiên cứu: HP-SARI 20216, HP-SARI

2095 được xác định là cúm A/H1N1pdm/09 bằng phương pháp RT-PCR có phản ứng tốt với kháng huyết thanh chuẩn A/H1N1pdm/09 và đạt hiệu giá HI tương ứng >=1/640, kết quả trên tương đương với hiệu giá ngăn ngưng kết hồng câù (HAI) của vi rút chứng A/California/07/09 (H1N1) là 1/1280 , Tương tự, kết quả phản ứng HAI của 2 chủng vi rút cúm B trong nghiên cứu (HP-SARI

20201, HP-SARI 20154) đều có hiệu giá là 1/320 HAI khi phản ứng với kháng huyết thanh B/ Brisbane/2009, tương đương với hiệu giá HAI của vi rút cúm B chuẩn thuộc dòng B/Victoria Kết quả của giám sát cúm quốc gia giai đoạn 2006-2012 cho thấy, vi rút cúm B lưu hành tại Việt nam đồng thời có đặc tính kháng nguyên của cả 2 dòng Victoria và Yamagata, tuy nhiên trong nghiên cứu của chúng tôi chỉ phát hiện vi rút cúm B mang đặc tính KN giống dòng Victoria, tương tự vi rút cúm B lưu hành tại Australia năm 2009 và là vi rút dự tuyển cho vắc xin cúm mùa 2010 - 2011 và 2011 - 2012 tại khu vực Bắc bán cầu (B/ Brisbane /60/2008 ) [69] Kết quả phản ứng ngăn ngưng kết hồng cầu HAI cho phép kết luận vi rút cúm A/H1N1pdm/09 xác định trong nghiên cứu có đặc tính kháng nguyên tương tự vi rút cúm dự tuyển vắc xin A/ California/07/09 (H1N1) cho cả 2 khu vực địa lý Bắc bán cầu và Nam bán cầu trong giai đoạn 2009-2012 Tương tự,vi rút cúm B xác định trong nghiên cứu có đặc tính kháng nguyên tương tự vi rút cúm B dòng Victoria- đại diện là vi rút dự tuyển vắc xin năm 2010-2011 và 2011-2012 cho khu vực Bắc bán cầu (B/ Brisbane /60/2008 )

Kết quả cây gia hệ HA của chủng cúm A/H1N1 đại dịch cho thấy, virút cúm A/H1N1 đại dịch có thể tách thành 2 nhóm (nhóm I và nhóm II), nhóm II được chia ra thành 4 phân nhóm phụ (phân nhóm IIa, IIb, IIc, IId), trong đó chủng HP-SARI 2095 thuộc phân nhóm IIa

và chủng HP-SARI 20216 thuộc phân nhóm IIb Khi so sánh trình tự gen HA của chủng vắc xin với trình tự HA đã được giải trình tự của 2 chủng cúm H1N1 đại dịch chúng tôi thấy cả 2 chủng có độ tương đồng di truyền cao đạt 99%

So sánh vớí vi rút dự tuyển vắc xin A/California/07/2009 (H1N1), vi rút cúm A/H1N1pdm/09 thu thập được trong nghiên cứu có số nucleotide sai khác được xác định là

12 nucleotide (bảng 3.14), tuy nhiên không có sự khác biệt về đặc tính kháng nguyên (hình 3.7) có thể hiểu rằng sự khác biệt của nucleotide không ảnh hưởng đến cấu trúc protein HA,

vì vậy đặc tính kháng nguyên không có sự khác biệt đáng kể

Kết quả cây gia hệ HA của chủng cúm B cho thấy, virút cúm B phân lập HP-SARI

20154 và HP-SARI 20201 đều thuộc dòng B/Victoria và nhóm vào cùng vi rút cúm dự tuyển

vắc xin B/Brisbane/60/2008 và một số vi rút cúm B lưu hành tại Honkong, Trung quốc, Hàn

quốc… năm 2009-2010

Tương tự số nucleotide khác biệt của vi rút cúm B phân lập trong nghiên cứu với vỉrut

dự tuyển vắc xin B/Brisbane/60/2008 được xác định là 2 nucleotid (HP-SARI 20201) và 12

nucleotide (HP-SARI 20154), sự khác biệt này cũng được khẳng định trên hình ảnh cây gia

hệ khi HP-SARI 20154 có khoảng cách xa hơn vỉrut dự tuyển vắc xin B/Brisbane/60/2008

KẾT LUẬN

Phân tích 170 mẫu bệnh phẩm VĐHHC nghi nhiễm vi rút tại bệnh viện đa khoa Việt Tiệp, Hải Phòng từ tháng 9 năm 2010 đến tháng 4 năm 2012 Chúng tôi rút ra một số kết luận như sau:

1 Tổng số 26 mẫu bệnh phẩm được xác định dương tính với các vi rút gây VĐHHC chiếm

tỷ lệ 15,2%, các mẫu dương tính được phân bố cho 7 tác nhân vi rút gây VĐHHC được xác định:

vi rút cúm A/H1N1pdm/09 (4 mẫu bp); vi rút cúm B(6 mẫu bp), hMPV (1 mẫu bp), á cúm típ 1(3 mẫu bp), vi rút họ Picorna (10 mẫu bp), corona 229E (1 mẫu bp) và corona OC43 (1 mẫu bp) Vi rút họ Picorna phát hiện trong hầu hết thời gian nghiên cứu, chiếm tỷ lệ cao (38,4%) Bệnh phẩm

thu thập nhiều vào tháng 11,12 Các tháng có sự đồng lưu hành của nhiều tác nhân vi rút là tháng

1, tháng 3 trong giai đoạn nghiên cứu

2 Đã phân lập được: vi rút cúm A/H1N1pdm/09, vi rút cúm B, á cúm 1, hMPV và vi rút

họ picorna Tỷ lệ phân lập dương tính đạt 29,1% trong tổng số mẫu được xác định dương tính bằng phương pháp RT-PCR Vi rút cúm A/H1N1pdm/09 phân lập được trong nghiên cứu có đặc điểm di truyền và đặc tính kháng nguyên tương tự vi rút cúm dự tuyển vắc xin A/California/07/09 (H1N1) cho cả 2 khu vực Bắc và Nam bán cầu 2009-2012 Vi rút cúm B có đặc điểm di truyền

và đặc tính kháng nguyên tương đồng với vi rút cúm B/Brisbane/60/08 là vi rút đại diện của dòng kháng nguyên Victoria và là vi rút dự tuyển vắc xin cho khu vực Bắc bán cầu trong mùa cúm 2010-2011 và 2011-2012

3 Quy trình chẩn đoán sớm tác nhân vi rút gây VĐHHC bằng phương pháp RT-PCR thông thường theo các thứ tự ưu tiên sau:

- Các tác nhân vi rút cúm theo nhóm (A; B)

- Các tác nhân vi rút họ Picorna

- Phân típ vi rút cúm và enterovirus, Rhinovirus

- RSV, hMPV, á cúm phân típ 1,2,3, SARS - CoV, CoV - 229E và CoV-OC43

KIÉN NGHỊ

- Tiếp tục duy trì giám sát hội chứng VĐHHC tại bệnh viện đa khoa Việt - Tiệp, Hải phòng, mở rộng giám sát tại các bệnh viện có khu vực địa lý và kiểu hình khí hậu khác nhau

- Tìm hiểu đặc tính vi rút học của hMPV, RSV, á cúm phân típ, Picorna

References

Tiếng Việt

1 Bộ Y tế (2003) Dịch tễ, lâm sàng, điều trị và phòng chống bệnh viêm đường hô hấp

cấp (SARS), Nhà xuất bản Y học, Hà Nội

2 Bộ Y tế, Viện Vệ sinh dịch tễ Trung ương (2009) Báo cáo kết quả hoạt động giám

sát cúm 9 tháng đầu năm 2009 Dự án "Xây dựng hệ thống giám sát cúm tại Việt Nam", Nhà xuất bản Y học, Hà Nội

3 Bộ Y tế (2004), Niên giám thống kê bệnh truyền nhiễm năm 2003, Nhà xuất bản Y

học, Hà Nội

4 Ngô Hương Giang (2010) Tìm hiểu căn nguyên vi rút gây viêm phổi tại miền bắc

Việt Nam 2007-2009, Luận văn Thạc sĩ công nghệ sinh học, Đại học Bách khoa

5 Nguyễn Lê Khánh Hằng, Huỳnh Phương Liên, Nghiêm Kim Hà, Lê Quỳnh Mai,

Võ Thị Hường, Đặng Tuấn Đạt (2005) "Căn nguyên các vi rút gây viêm đường hô

hấp cấp ở Tây Nguyên, 2003-2004," Tạp chí Y học dự phòng, Tập XV, số 5 (76):

17-21

6 Nguyễn Lê Khánh Hằng (2010) Nghiên cứu căn nguyên của các vụ dịch cúm người

đầu những năm 2000 tại miền Bắc, Việt Nam, Luận án Tiến sĩ sinh học, Đại Học

Quốc Gia Hà Nội

7 Trần Thị Thu Hương (2009) Tìm hiểu sự lưu hành của vi rút hợp bào-RSV trên

bệnh nhân nhi dưới 2 tuổi với triệu chứng viêm đường hô hấp, Luận văn Thạc sĩ sinh

học, Đại học Quốc gia Hà Nội

8 Nguyễn Thanh Liêm (2006) Nghiên cứu đặc điểm lâm sàng, dịch tễ học, phương

pháp chẩn đoán sớm, phác đồ điều trị hiệu quả và dự phòng bệnh viêm đường hô hấp cấp do vi rút cúm A/H5N1, vi rút cúm A và vi rút hợp bào đường hô hấp ở Việt Nam,

Đề tài cấp nhà nước, Bệnh Viện Nhi Trung Ương

9 Huỳnh Phương Liên, Nguyễn Lê Khánh Hằng, Nghiêm Kim Hà, Nguyễn Công

Đoàn, Hiroshi Suzuki, Saito Reiko (2005) "Nghiên cứu các chủng vi rút cúm và các

vi rút gây viêm đường hô hấp cấp ở Hà Nội 2001", Y học thực hành (505), Số 3/2005:

23-26

10 Nguyễn Hữu Tâm (2006) Mô tả một số đặc điểm dịch tễ học của các trường hợp

mắc bệnh cúm A/H5N1 ở Miền Bắc Việt Nam, năm 2005, Báo cáo tổng kết khoa học

và kỹ thuật, Đề tài cấp Viện, Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương, Hà Nội

11 Trần Văn Tiến và cs (2001) Thống kê các bệnh truyền nhiễm tr 40

12 Trường Đại học Y Hà Nội, Bộ môn Vi sinh Vật (2003) Vi sinh Y học, Nhà xuất

bản Y học, Hà Nội tr 297-309

13 PGS TS Phạm Văn Ty (2007) Virut học, Nhà xuất bản Giáo Dục, Hà Nội tr 205-

256

14 Nguyễn Thu Vân (2006) Nghiên cứu xây dựng quy trình công nghệ sản xuất vắc xin

cúm A/H5N1 trên tế bào thận khỉ tiên phát ở quy mô phòng thí nghiệm, Đề tài nghiên

cứu khoa học công nghệ nhà nước ĐTDDL-2006/02G, Hà Nội

15 Viện Vệ sinh Dịch tễ Trung Ương (2001) Phân tích số liệu các bệnh truyền nhiễm

ở Việt Nam 1996-2000, Nhà xuất bản Bản Đồ, Hà Nội

Tiếng Anh

16 Anne-Charlotte Sentilhes, Vimatha Xaysitthideth, Sareth Rith, Somvay

Ongkhamme, Thongchanh Sisouk,Darouny Phonekeo, Jean-Jacques Bernatas, Vincent Deubel, Philippe Buchy, Paul Brey, Phengta Vongphrachanh (2011)

"Identification of viruses in Acute Lower Respiratory Infections (ALRI) in Lao

People's Democratic Republic" BMC Proc 2011; 5(Suppl 1): P74

17 Beckett CG., Kosasih H., Ma'roef C., Listiyaningsih E., Elyazar IR., Wuryadi S.,

Yowono D., McArdle JL., Corwin AL., Porter KR (2004) "Influenza surveillance

in Indonesia: 1999-2003", Clinical Infectious Disease, 39: 443-449

18 Besselaar TG, Botha L, McAnerney JM, Schoub BD (2004) "Antigenic and

molecular analysis of influenza A (H3N2) virus strains isolated from a localised

influenza ourbreak in South Africa in 2003", J Med Virol., 73: 71-78

19 Carr J., Ives J., Kelly L., Lambkin R., Oxford J., Mendel D., Tai L., N, Roberts

(2002) "Influenza virus carrying neuraminidase with reduced sensitivity to

oseltamivir carboxylate has altered properties in vitro and is compromised for

infectivity and replicative ability in vivo", Antiviral Res, 54: pp 79-80

20 Centers for Disease Control and Prevention (April 25-29,2005) Modern Methods

for Influenza Detection and Subtyping, Atlanta, Georgia

21 Centers for Disease Control and Prevention (August 13-14, 2003) "Laboratory

Techniques for Influenza Diagnosis", Surveillance Coordinator's Conference Atlanta,

Georgia, US

22 Clinton S Robbins, Carla M T Bauer, Neda Vujicic, Gordon J Gaschler, Brian

D Lichty, Stämpfli., Earl G Brown and Martin R (2006) "Cigarette Smoke

Impacts Immune Inflammatory Responses to Influenza in Mice ", American Journal

of Respiratory and Critical Care Medicine, 174: 1342-1351

23 Echevarria JE, et al (1998) J Clin Microbiol, 36: 1388-1391

24 Ellis JS, Smith JW, Braham S, Lock M, Barlow K, MC, Zambon (2007) "Deign

and validation of an H5 Taqman real-time one-step reverse transcription-PCR and confirmatory assays for diagnosis and verification of influenza A virus H5 infections

in human," J Clin Microbiol, 45(1535-1543)

25 Enders Ko Ng, Preter KC Cheng, Antia YY Ng, Hoang, TL, Lim, and William

WL (2005) "Influenza A H5N1 detection", Emer Inf Dis, 11: 1303-1305

26 Fabrice Carrat, Juliette Deshayes, Isabelle Goderel, Gregory Pannetier,

Valleron., Céline Lazarovici and Alain-Jacques (June 2004) "Factors associated

with intensity of symptoms in patients seeking medical advice for flu", International

Congress Series, 1263: 308-311

27 Fay H Johnston, Anne M Kavanagh, Scott, David M J S Bowman and Randall K

(2002) "Exposure to bushfire smoke and asthma: an ecological study", The Medical

journal of Australia, 176(11): 535-538

28 Gibson UEM, Heid CA., Williams PM.(1996) "A novel method for real time

quantitative RT-PCR", Genome Res, 6: 995-1001

29 Glezen, W P (1977) "Pathogenesis of bronchiolitis: epidemiologic considerations",

Pediatr Res 11: 239 - 243

30 Glezen, W P., F W Denny (1973) "Epidemiology of acute lower respiratory

disease in children", N Engl J Med, 288: 498 - 505

31 Guy Boivin MD.(2002) Update on human metapneumoniavirus, Laval University,

Quebec City, Canada

32 Hampson AW (1999) "Epidemiological data on Influenza in Asian countries",

Vaccine, 17(19-23)

33 Harmon MW., PA Rota, HH Walls, and AP Kendal (1988) "Antibody response in

humans to influenza virus type B host cell-dirived variant after vaccination with

standard (egg-devired) vaccine or natural infection", J Clin Microbiol, 26: 333-337

34 Herlocher ML., Carr J., Ives J., Elias S., Truscon R., Roberts NA., Monto AS

(2002) "Influenza virus carring an R292K mutation in the neuraminidase gene is not

transmitted in ferrets", Antivial Res, 54(p.99-111)

35 Herlocher ML., Truscon R., Elias S., Yen HL., Roberts NA., Ohmit SE., Monto

AS (2004) "Influenza viruses resistant to the antiviral drug oseltamivir: transmission

sudies in ferrets", J Infect Dis, 190: pp.1627-1630

36 Hien T Nguyen, Nila J Dharanb, Mai T.Q Le, Nguyen B Nguyen, Chung T

Nguyen, Dong V Hoang, Huu N Tran, Chien T Bui, Dat T Dang, Dinh N Pham, Hoa T Nguyen, Tu V Phan, David T Dennis, Timothy M Uyeki, Joshua Mottb, Nguyen Yen T (2010) "National influenza surveillance in Vietnam, 2006–

2007", Vaccine, 28: 398-402

37 Higuchi R, Fockler C, Dollinger G, R, and Watson (1993) "Kinetic PCR analysis;

real time monitoring of DNA amplification reaction", Biotechnology (NY),

11(1026-1030)

38 Hiroshi Kida, Yoshihiro Sakoda (2004) "Fortieth Anniversary United States-Japan

cooperative medical science program", p4

39 Hirst GK (1942) "The quantitative determination of influenza virus and antibodies

by means of red cell agglutination", J.Exp.Med., 75: 47-64

40 Holmes EC, E Ghedin, N Miller, J Taylor, Y Bao, KS George, BT Grenfell, SL

Saizberg, CM Fraster, DJ Lipman and JK Taubenberger (2005) "

Whole-genome analysis of human influenza A virus reveals multiple persistent lineages and

reassortment among recent H3N2 viruses", PLoS Biol, 3: 1579-1588

41 http://www.expasy.ch/viralzone/all_by_protein/33.html

42 Hui-Ling Yen, Louise M.Herlocher, Erich Hoffmann, Mikhail N., Matrosovich,

Arnold S.Monto, Roberts G.Webster, and Elena A.Govorkova (2005)

"Neuraminidase Inhibitor-Resistant Influenza Viruses May Differ Substantially

inFitness and Transmissibility", Antimicrob Agents Chemother, 49 (10): 4075-4084

43 Ito., Couceiro JNSS., Kelm S., Baum LG., Krauss S., Castrucci MR., Donatelli I.,

Kida H., Paulson JC., Webster RG., and Kawaoka Y (1998) "Molecular basc of